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[Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – ID24561 [2020/11/04]

[Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – ID24561 [2020/11/04]
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ウイルスの等電点(pI or IEP)

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以下,文献によるとウイルスの表面電荷は,およそ酸性から中性です(2.1~8.3).平均値は,5.0±1.3です.ウイルス精製は,陰イオン交換体クロマトグラフィ(AEX)による吸着/溶出で可能です.等電点とは,環境pHに応じて電気的に中性となるpHを等電点(pI or IEP: isoelectric point)という.この文献では,公開されているウイルスのIEPを再度検証しています.1938年以降に行われた104のウィルスのIEPのデータがある.

図1. タンパク質上のカルボキシル基とアミノ基の電荷の変化
環境のpHに応じて,カルボキシル基とアミノ基の電荷が変化する.
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ウイルスの等電点の検証結果の詳細

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表1. ウイルスのIEP
Host kingdomVirus speciesStrainIEP(s)MethodPurityReference
AnimaliaAdeno‐associated virus – 4Adeno‐associated virus – 42·6IEF‐DAHighSalo and Mayor (1978)
AnimaliaAlastrimButler3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaCowpoxBrighton4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaCowpoxBrighton (egg)4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
AnimaliaCowpoxBrighton (rabit)4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
AnimaliaCowpoxKampen5·4IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaCowpoxLeuwarden5·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus L8·1 and 4·6IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus M4·4 and 6·3IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus M8·4 and 4·6IEF‐PAHighChlumecka et al. (1977)
AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus S4·6 and 6·8IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
AnimaliaFeline panleukopenia virusCanine parvovirus5·0IEF‐A?Weichert et al. (1998)
AnimaliaHepatitis A virusHepatitis A virus2·8IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
AnimaliaHuman adenovirus CHuman adenovirus 54·5EM‐LS?Trilisky and Lenhoff (2007)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman coxsackievirus B 54·75 and 6·75IEF‐DALowButler et al. 1985
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 15·6 and 5·1IEF?Murray and Parks 1980
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 14·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (4CH‐1)5·5IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (R115)6·2IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V212)6·4IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V239)5·3IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V248)5·0IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaHuman enterovirus CHuman coxsackievirus A 216·1 and 4·8IEF?Murray and Parks (1980)
AnimaliaHuman rhinovirus AHuman rhinovirus 26·8CIEFLowSchnabel et al. (1996)
AnimaliaHuman rhinovirus AHuman rhinovirus 26·4IEF‐DALowKorant et al. (1975)
AnimaliaInfluenza A virusH1N1 (Leningrad)4·5, 4·35, 4·25, 4·0*EM‐LMHighMolodkina et al. (1986)
AnimaliaInfluenza A virusH3N16·5–6·8IEF‐PALowBrydak (1993)
AnimaliaInfluenza A virusH3N2 (Leningrad)5·0EM‐LMHighMolodkina et al. (1986)
AnimaliaInfluenza A virusPR85·3EM‐LMLowMiller et al. (1944)
AnimaliaInfluenza A virusInfluenza A virus6·5–7·0EDN‐FET?Patolsky et al. (2004)
AnimaliaMammalian orthoreovirusSerotype 3 (Dearing)3·8EM‐LMLowTaylor and Bosmann (1981b)
AnimaliaMammalian orthoreovirusSerotype 3 (Dearing)3·9IEF‐DALowFloyd and Sharp (1978)
AnimaliaMonkeypoxChimpanzee Paris6·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaMonkeypoxCopenhague6·5IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaMonkeypoxDenmark3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaNeuro‐VacciniaLevaditi4·2EM‐LMHighDouglas et al. 1969
AnimaliaNorwalk virusFunabashi5·9CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaNorwalk virusHawaii virus6·0CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaNorwalk virusKashiwa5·5CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaNorwalk virusNarita5·5CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaNorwalk virusNorwalk virus5·9CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaNorwalk virusSeto6·0CIEF?Goodridge et al. (2004)
AnimaliaPapillomavirusPapillomavirus5·0AggregationHighBeard and Wyckoff (1938)
AnimaliaPoliovirusPV‐17·4 and 4·0IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
AnimaliaPoliovirusPV‐16·9IEF?Brioen et al. (1985)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunender7·4 and 3·8IEF‐DA?La Colla et al. (1972)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunhilde7·1IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunhilde7·1 and 4·5IEF‐DAHighMandel (1971)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 Chat7·5 and 4·5IEF‐PA?Ward (1978)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·6IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·6??Murray and Parks (1980)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·75 and 4·1IEF‐DALowButler et al. (1985)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·75 and 4·5IEF‐DALowButler et al. (1985)
AnimaliaPoliovirusPV‐1 Mahoney8·3IEF‐DALowFloyd and Sharp (1978)
AnimaliaPoliovirusPV‐2 Sabin T26·5 and 4·5IEF?Murray and Parks (1980)
AnimaliaRotavirus ASimian rotavirus A/SA118·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
AnimaliaSmallpoxButler5·7IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxDjibouti5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxHarvey5·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxHarvey3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaSmallpoxMoloya5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxSidi Amock5·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxTeheran5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaSmallpoxVannes5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaVacciniaChaumier5·0IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaVacciniaConnaught4·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaVacciniaLister5·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaVacciniaLister3·9EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaVacciniaLister (egg)3·7EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
AnimaliaVacciniaLister (rabit)3·0EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
AnimaliaVacciniaRabbitpox (Utrecht)2·3EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaVacciniaWR4·8EM‐LMLowTaylor and Bosmann (1981b)
AnimaliaWhite cowpoxBrighton2·8EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
AnimaliaWhitepocks64.72.555·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaWhitepocks64.72.754·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaWhitepocksChimp 94·8IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaWhitepocksMK7.735·3IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaWhitepocksRZ.10.715·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
AnimaliaWhitepocksRZ.38.755·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
BacteriaAcholeplasma phage O1Acholeplasma phage O14·0??Pawlitschek et al. (1962)
BacteriaActinomycetes phage MSP8Actinomycetes phage MSP83·5IEF‐AHighKolstad and Bradley (1966)
BacteriaBacillus phage φ29Bacillus phage φ294·2Moving boundaryLowRubio et al. (1974)
BacteriaEnterobacteria phage BZ13Enterobacteria phage GA2·1, 2·3*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
BacteriaEnterobacteria phage F1Enterobacteria phage SP2·1, 2·6*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage f24·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·5EM‐LSHighPenrod et al. (1995)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·1, 3·9*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9Moving boundaryHighOverby et al. (1966)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS22·2, 3·3, 3·5*EM‐LSLowYuan et al. (2008)
BacteriaEnterobacteria phage PRD1Enterobacteria phage PR7223·8–4·2ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
BacteriaEnterobacteria phage QβEnterobacteria phage Qβ2·7, 1·9*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
BacteriaEnterobacteria phage QβEnterobacteria phage Qβ5·3Moving boundaryHighOverby et al. (1966)
BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T24·2Aggregation?Sharp et al. (1946)
BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T42·0EM‐LS?Aronino et al. (2009)
BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T44·0–5·0IEF‐PALowChilds and Birnboim (1975)
BacteriaEnterobacteria phage λCI473·8EM‐LSHighPenrod et al. (1995)
BacteriaEnterobacteria phage μ2Enterobacteria phage μ24·0IEF‐PALowPiffaretti and Pitton (1976)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage S137·0?HighAach (1963)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Mutants7·4?HighAach (1963)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Wild type6·6?HighAach (1963)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·0–7·0ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1742·6EM‐LS?Aronino et al. (2009)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·6CIEFLowHorkáet al. (2007)
BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·6AggregationHighSinsheimer (1959)
BacteriaPM 2PM 27·3IEF?Schaefer et al. (1974)
BacteriaPseudomonas phage PP7Pseudomonas phage PP74·3–4·9ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
PlantaeBelladonna mottle virusBelladonna mottle virus6·3IEF‐ALowPetrzik (1993)
PlantaeCowpea chlorotic mottle virusCowpea chlorotic mottle virus3·8EM‐LSHighSuci et al. (2005)
PlantaeErysimum latent virusErysimum latent virus4·7IEF‐ALowPetrzik (1993)
PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype A5·0IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype B4·8IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype C4·6IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
PlantaeScrophularia mottle virusAnagyris4·4IEF‐ALowHonetslegrova et al. (1994)
PlantaeScrophularia mottle virusCzech isolate3·9IEF‐ALowHonetslegrova et al. (1994)
PlantaeScrophularia mottle virusScrophularia mottle virus4·0IEF‐ALowPetrzik (1993)
PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 16·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 25·6IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 35·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 44·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
PlantaeTobacco mosaic virusCucumber virus 44·9AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusGreen aucuba4·5AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusHolmes’ masked3·9AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusHolmes’ rip‐gras4·5AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusJ14D14·2AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusOrdinary3·9AggregationLowOster (1951)
PlantaeTobacco mosaic virusYellow aucuba4·6AggregationLowOster (1951)
PlantaeTurnip yellow mosaic virusTurnip yellow mosaic virus3·6IEF‐ALowPetrzik (1993)

Isoelectric points of viruses – B. MichenT. GrauleFirst published: 09 July 2010 https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2010.04663.xCitations: 63 –

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1365-2672.2010.04663.x
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AAV1~AAV10のpI計算

以下の文献には,表面構成タンパク質について個別にpIを算出されているが,ウイルス粒子を構成した天然の状態でのpIは,表面に出ているアミノ酸の分布割合に依存するため,正確なpIが算出されているとは考えにくい.やはり,実際にAEXなどのクロマト法などで検定されている結果の方が信頼できる.

しかし,組換えAAVでは,以下の「AAV8, AAV9のpI」で示したようにEmpty/FullでpIが異なる.すなわち,GOIの配列によってもpIは異なると考えられる.単純計算ではいかないようだ.

Calculated pI values for AAV1 to AAV12.

https://www.researchgate.net/figure/Calculated-pI-values-for-AAV1-to-AAV12-The-histogram-of-the-pI-values-for-the-AAV_fig1_235682725
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AAV8, AAV9のpI

AAV8とAAV9のpIを分析カラムメーカーSCIEX社が報告しています.

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  • AAV8 : 約pI9
  • AAV9 : pI7.1~7.6

Determination of Full, Partial and Empty Capsid Ratios

for Adeno-Associated Virus (AAV) Analysis

Tingting Li, Tie Gao, Hongxu Chen, Zuzana Demianova, Fang Wang, Mukesh Malik, Jane Luo,

Handy Yowanto, Sahana Mollah

SCIEX, Brea, CA

https://sciex.com/Documents/tech%20notes/2019/AAV-Full-Partial-Empty.pdf
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AAV tree

参考まで,AAV系統樹について示しておきます.pIの関連があるかも知れません.今後調査するかもです.

Expanded Repertoire of AAV Vector Serotypes Mediate Unique Patterns of Transduction in Mouse Brain

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1525001616320755
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用語の解説、関連タグ付き投稿の抽出

iEP

[Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – ID24561 [2020/11/04]

pI

[Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – ID24561 [2020/11/04]
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Update ID21920

BIOLOGICS, gene-therapy
[Gene Therapy] AAV Vectorの特徴、および他のベクターとの比較 / その他、参考文献 / ID444 [2021/01/04]

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[Bio-Vector] 人工染色体を目的細胞に導入して安定発現細胞株を作る – AAVベクターの生産株として適用できるのか? – chromocenter/TaKaRa – ID26979 [2021/01/15]

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key-word
[用語] 善玉コレステロール: HDL-C – ID24633

目次1 HDL-C2 HDLとLDLの比較3 参考文献4 編集履歴 HDL-C 善玉コレステロールと考えられてきたHDL-Cは、高くても低くても良くないことが分かってきた。悪玉であるLDL-C: low-density […]

plugin, Synology, WordPress
[WordPress] Glossary / Tooltip プラグインを導入すべきか – ID7146 [2020/04/20]

説明したい用語について、末尾に説明しておき、投稿内でアンカーを貼るのもいい。しかし、記事を読んでいる途中で用語の意味を知りたくてジャンプしてしまうと読書性が低下する。 それなら、吹き出し式のGlossaryかToolti […]

english
今日の英語 – AOB : any other business (他の案件) – ID14014 [2020/04/22]

AOB : Any other business プレゼンテーション中で、他の案件などを意味する

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[Bio-Edu] 核酸の抽出 – QIAGEN製品 – ID21335 [2020/08/17]

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[Virus-Edu] 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の感染機序 – ID20003 [2020/07/27]※

目次1 新型コロナウイルスの感染機序1.1 1a Fusionでの感染1.2 1b 貪食での感染 新型コロナウイルスの感染機序 新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) 感染のある過程で、以下に説明する薬剤の臨床試験 […]

BIOLOGICS, education
[Bio-Edu] mAbの不安定性について – ID17993 [2020/07/31]

目次1 mAbの不安定性1.1 IgG抗体の構造1.2 抗体の種類1.2.1 アイソタイプ1.2.2 サブタイプ1.2.3 翻訳後修飾の違い2 不安定化の局面2.1 原因2.2 結果3 不安定化のメカニズム mAbの不安 […]

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目次1 HDL-C2 HDLとLDLの比較3 参考文献4 編集履歴 HDL-C 善玉コレステロールと考えられてきたHDL-Cは、高くても低くても良くないことが分かってきた。悪玉であるLDL-C: low-density […]

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