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[COVID-19] オミクロン株 – スパイクタンパク質に30か所の変異 [2021/11/29]

[COVID-19] オミクロン株 – スパイクタンパク質に30か所の変異 [2021/11/29]
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オミクロン(ο)株

これまでに、懸念された変異株は、アルファ(α)、ベータ(β)、ガンマ(γ)およびデルタ(δ)がありましたが、今回、オミクロン(ο)株の感染が確認され、その拡大が懸念されています。

ο株は、そのスパイクタンパク質の30か所に変異があるとのことです。その他のタンパク質にも2か所の変異(根拠情報は未確認)も確認されているとされます。更に、ο株では実験データが殆どないこともあり、世界各国で懸念が広がっており、入境制限の強化を実施する国が増えています。

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日本は、水際対策として11/30から外国からの入国を原則禁止すると発表しました。

NHKニュース7, 2021/11/29

https://www.nhk.jp/p/news7/ts/YV1K1Z3YV8/

スパイクタンパク質のアミノ酸変異

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ゲノムシーケンシングデータ(B.1.1.529)では、この変異体は、スパイクタンパク質への30以上の変化が含まれています。変更の多くは、デルタやアルファなどの変異株で発見されている部分で、感染力の増強、感染を防御する抗体を回避する能力に関連しているとのことです。

Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert – Nature –

https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w

国立感染症研究所

  • 基準株と比較して
  • スパイクタンパク質に30か所のアミノ酸置換(以下、便宜的に「変異」と呼ぶ。)
  • 3か所の小欠損と1か所の挿入部位を持つ
  • このうち15か所の変異は受容体結合部位(Receptor binding protein; RBD; residues 319-541)に存在する(ECDC. Threat Assessment Brief)。
  • オミクロン株に共通するスパイクタンパク質の変異のうち、H655Y、N679K、P681HはS1/S2フリン開裂部位近傍の変異であり、細胞への侵入しやすさに関連する可能性がある。
  • nsp6 (non-structural protein-6; ウイルスの構造に関係しないタンパク質のこと、スパイクタンパク質はウイルスの構造に関係するタンパク質)における105-107欠失はアルファ株、ベータ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在する変異であり、免疫逃避に寄与する可能性や感染・伝播性を高める可能性がある。
  • ヌクレオカプシドタンパク質におけるR203K (配列番号203のアルギニン(R)がリジン(K)に変異)、G204R変異(同様にグリシン(G)がアルギニン(R)に変異)はアルファ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在し、感染・伝播性を高める可能性がある(Department Health, South Africa. SARS-CoV-2 Sequencing & New Variant Update 25)。

SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統について(第1報)

https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2551-cepr/10790-cepr-b11529-1.html

SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統(オミクロン株)について(第2報)

https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2551-cepr/10792-cepr-b11529-2.html

検査方法

変異株の検査は検査キットの開発がない現在、その方法の概要は、以下の手順で実施されるゲノム開設が必要です。

  1. スクリーニング(新型コロナウイルスに感染しているかどうか)
  2. 判定(新型コロナウイルスが陽性である場合は、以下の検査を実施)
  3. ゲノム解析(全ての遺伝の配列を読む)
  4. 判定(変異株の配列と比較して、変異株のいずれに当たるか判定する)

感染が広がる国と地域

2021/11/30現在、以下の国と地域で新型コロナウイルスのオミクロン株の感染が確認されています。同日、日本でもオミクロン株が初めて確認された。

Australia: 2 cases, Austria: 1 case, Belgium: 1, case, Botswana: 19 cases, Canada: 3 cases, Czech Republic: 1 case, Denmark: 2 cases, Germany: 3 cases, Hong Kong: 3 cases, Israel: 1 case, Italy: 1 case, Netherlands: 13 cases, Portugal: 13 cases, South Africa: 77 cases, Spain: 1 case, United Kingdom: 9 cases

CNN

https://edition.cnn.com/2021/11/29/world/covid-omicron-variant-countries-list-cmd-intl/index.html

ギリシャ文字

No.大文字小文字英表記読み
1Ααalphaアルファ
2Ββbetaベータ
3Γγgammaガンマ
4Δδdeltaデルタ
5Εεepsilonイプシロン
6Ζζzetaゼータ
7Ηηetaイータ
8Θθthetaシータ
9Ιιiotaイオタ
10Κκkappaカッパ
11Λλlambdaラムダ
12Μμmuミュー
13Ννnuニュー
14Ξξxiクサイ
15Οοomicronオミクロン
16Ππpiパイ
17Ρρrhoロー
18Σσsigmaシグマ
19Ττtauタウ
20Υυupsilonウプシロン
21Φφphiファイ
22Χχchiカイ
23Ψψpsiプサイ
24Ωωomegaオメガ

編集履歴

2021/11/29, Mr.Harikiri
2021/11/30, オミクロン株の感染が見つかった国

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