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  • [WordPress] 高速化プラグイン「AMP」と定期的に全てのページの静的キャッシュ作成プラグイン-「WP Super Cache」で再構成した  [2021/11/05]

    [WordPress] 高速化プラグイン「AMP」と定期的に全てのページの静的キャッシュ作成プラグイン-「WP Super Cache」で再構成した [2021/11/05]

    ID22640

    はじめに

    このblogは、レンタル・サーバーではなくSynology NASを使っています。やはり、性能的にはレンタル・サーバーに勝てません。そこで、自宅のNASを使ったblogでは、以下のような工夫が必要になってきます。

    • ベージ表示などのレスポンスの改善
    • セキュリティの確保
    • NASの管理を含めたWordPressの管理

    この記事では、ページのレスポンスを向上させる2つのプラグインとして、「AMP」と「キャッシュ」・プラグインを組み合わせてについて解説しています。以前は、AMP対応をせずにページレスポンスの改善を目指していたので、AMPプラグインを使用せず、Autoptimizeプラグインを使用していました。現在では、AMP対応にしてページのレスポンスの改善を図っています。

    • AMPプラグイン
    • WP Super Cache
    • WP Optimize
    • WP Rocket

    ついでに、AMPプラグインで何度も生じている「検証済み」の問題についても経験談を載せています。

    これらのページレスポンスの向上プラグインなどのSoftwareの適用以前に、ネットワーク回線やHardwareスペックアップの問題もありますが、ここでは述べていません。

    ページのAMP化のみでもレスポンス改善は十分高い

    AMPプラグインは、HTMLを高速化するために元のHTML文やJavaScriptなどをサブセットに変換します。それがblogのページになります。投稿/ページの編集を終えて、「公開」すると、このタイミングでAMP化の変換が行われます。変換時間は、AMP化を適用していない場合と比較して、5~10秒程度余分の時間を要します。変換時間を要しただけのレスポンス改善は、目を見張ります。当サイトでは、モバイルの場合、GoogleのSpeedPage Insightsを使って測定すると、5~10倍のポイントアップが見られました。それでも、当サイトのMobileで閲覧した場合、30~40%でした。100%が最高値なのでまだまだです。PCでは、80%程度です。

    更にレスポンス改善するには、「キャッシャ」プラグインを追加します。そうすると、Mobileでは、50~60%に改善されました。キャッシュ・プラグインには、WP Super Cacheプラグイン、WP-Optimizeプラグインがありますが、主に、WP-Optimizeを使っています。

    今回の記事では、WP Super Cacheにするメリットについて解説します。

    AMP

    キャッシュプラグインを追加する

    キャッシュプラグインにも種々ありますが、これまでに色々試しました。その結果、ここ半年間使用し続けたのは、「WP-Optimize」プラグインでした。WP-Optimzieでは、データベースの最適化やデータベース・テーブルがアントールされているテーブルなのか、無効化されているプラグインのデータベース・テーブルなのか、すでに削除されているプラグインに関するデータベース・テーブルなのか、を示してくれます。この情報を確認しながら、データベース・テーブルを削除したり管理することができます。WP-Optimizeは、データベース管理プラグインであると認識するのが妥当です。WP-Optimizeは、キャッシュ機能もありますが、これまでに試したキャッシュ・プラグインの中で僅差ですが、最もレスポンス改善効果があったため、今回まで、キャッシュ機能も有効にしていました。

    プラグインは専用機能がいい

    WP-Optimizeプラグインには、多数の機能が搭載されています。キャッシュ機能には「プリロード」機能も使えます。全ての投稿/ページのキャッシュする機能です。

    今回、WP-Super Cacheプラグインをネットで発見して、キャッシュ・プラグインとして使用することにしました。その理由は、プラグインは多機能でない方が管理がし易いと考えているからです。それに、付属的な機能では、微調整ができないことが大です。WP-Optimizeのプリロード機能では、繰り返すプリロードの時間設定しかできず微調整ができません。もう少しでも攻め込みたい。やはり、専用機能に特化したプラグインを指向したいと思います。

    ただし、ネットで調べてみると、WP Super Cacheのプリロード機能、その他の機能は使用しないことを推奨しているようです。WP-Optimizeのブリロード機能を使用しても、キャッシュ機能が効いていないようです。と言うのは、WP-Optimizeでブリロードした後に、PageSpeed Insightsでランダムにベージ/投稿を選んで測定したところ、モバイルで50程度、PCで80程度とPCの測定値が低くなりました。間髪入れず、もう一度測定すると、モバイル50程度、PCで95程度と改善しました。何度やってもこの傾向は、どのページでも同様でした。

    結論としては、WP-OptimizeもWP Super Cacheも、プリロード機能は、使用しない方が良いということです。

    WP Super Cacheの設定のほんとのところ

    • プリロード機能は使用しない
      • 理由 : 古いキャッシュの表示が起こる場合がある
    • 投稿またはページが公開されたときにすべてのキャッシュファイルをクリアする機能は使用しない
      • 理由 : 新しい投稿を作成するたびに、WPスーパーキャッシュが数分間効果的に無効になってしまうためです

    WP Super Cacheの推奨設定

    結局推奨設定は、以下の図の通りになります。プリロードの使用を推奨していないのは残念です。

    上記推奨設定のサイト

    https://translate.google.co.jp/translate?hl=ja&sl=en&u=https://support.tigertech.net/wp-super-cache&prev=search&pto=aue

    WP Super Cache

    WP Super Cacheプラグイは、プラグインのキャッシュ/ブリロードに特化しています。多数の設定項目があり微調整も可能です。初心者には優しくて、デフォルトの設定についての解説もわかりやすいです。プリロードのキャッシュファイルの圧縮の設定もできます。

    繰り返すプリロードの時間の設定は、ももちろん可能です。初期値は600分です。プリロード処理が開始される時、及び100や200毎に、メールを飛ばす機能もあります。機能していることが分かるので安心ですし管理に役立っています。

    今回、WP Super Cacheの試用を開始しましたが、これまで使用していたWP-Optimizeの設定は、キャッシュを無効化し、データベース管理機能のみを使用している状態に設定しました。

    SpeedPage Insightsによるレスポンスの測定結果は、従前の設定の場合と比較して同等の結果でした。しばらく攻め込んでみたいと思います。結果は、随時、追記していきます。

    WP-Optimize

    WP-Optimizeは、キャッシュ機能だけではなく、データベース管理、イメージ圧縮などの複数の機能を備えています。

    WP Rocket

    kinstaというレンタルサーバーがあります。日々、パフォーマンス改善を進めていて、WP Rocketによるキャッシュ機能に関する記事がありました。その記事では、プリロード機能は、逆にパフォーマンス低下になるので、有効化しないことを推奨しています。プリロード機能は、理想としては良い機能なのですが、実際には、技術として実用化はまだのようです。

    Kinsta and WP Rocket: Now Speeding up WordPress Together, 2020/10

    https://translate.google.co.jp/translate?hl=ja&sl=en&u=https://kinsta.com/blog/wp-rocket/&prev=search&pto=aue

    WP Super CacheとWP-Optimizeの比較

    約900ある投稿とページをプリロードする時間を比較しました。先ず、全ての投稿とページについて、AMPで再検証します。全てが完了してから、ブリロード機能を実行しました。その結果、WP Super Cahceでは約50分、WP-Optimizeでは約25分でした。WP-Optimizeの方が高速でした。

    設定の際に思いもよらず得られた懸案の解決

    AMPの再検証エラー問題

    AMPプラグインを使用していて、数ヶ月前の9/21に投稿/ページの「再検証」が、以下のエラーログと共に不可になっていました。

    • cURL error 28: Operation timed out after 15001 milliseconds with 0 bytes received. Please check your Site Healthto verify it can perform loopback requests. If you are stuck, please search the support forum for possible related topics, or otherwise start a new support topic including the error message, the URL to your site, and your active theme/plugins. Please include your Site Health Info.

    ネットで調べてみましたが、DNSが悪いので、ローカルにDNSを立ち上げろとか、AMPのサポートでは、AMPプラグインによる不具合ではないとか、結局、原因を見つけることは、できずにいました。

    WP Super Cacheのワーニングのお陰

    WP Super Cacheを導入後、blogのフォルダーにパーミッション設定がおかしいので修正するように、というようなワーニングが出ました。そこで、NASにログインして、chmodコマンドで、そのフォルダーのパーミッションを設定して確認をしている時に、それは起きました。

    WordPressの管理者画面の左のメニューが、突然シンプルになりました。原因は、プラグインの全てが無効になっていた事でした。パーミッションの設定を間違えたことで、WordPressがプラグインにアクセスできなくなり、それを受けてWordPressが全てのプラグインを無効化したものと考えられました。

    その後の対応

    パーミッションを元に戻して、プラグインが認識されるようにしました。無効化になっているプラグインの全てを1つ1つ有効化していきました。

    その結果

    AMPプラグインで不可であった「再検証」が問題なく機能するようになっていました。これまでは、なんだったのか?

    キャッシュのブリロード

    再検証を完了した後は、WP Super Cacheによる「ブリロード」を実行しました。

    広告表示の確認

    Advanced Adsは、AMPページ対応の広告表示プラグインです。色々な設定が可能です。これらの表示について、実際の投稿/ページを表示させて確認しました。

    まとめ

    今回は、AMPプラグイン導入していることを前提に、キャッシュ・プラグインの変更について解説しました。また、相変わらず、AMPプラグインにおける「検証済み」において検証ができない記事があります。また、リストにすら表示されない問題もあります。その問題となる要因は、画像数が多かったり、記事が大きかったり、など色々と考えられます。一方で、シンプルな文字のみの投稿、文書量が少ない、埋め込みリンクがない場合には、ほとんどは問題が生じることはありません。マシンのパワー不足があるのかもしれません。今後も検討を続けます。

    以上

    編修理歴

    2020/11/07、はりきり(Mr)
    2020/11/15、追記 (プルロード機能は使えない)
    2020/12/11、追記 (文言整備)
    
  • [用語] 善玉コレステロール: HDL-C

    [用語] 善玉コレステロール: HDL-C

    HDL-C

    善玉コレステロールと考えられてきたHDL-Cは、高くても低くても良くないことが分かってきた。悪玉であるLDL-C: low-density lipoprotein cholesterol は、低い方が良く、スタチンなどの薬剤が使用される。

    コレステロールは、細胞膜の形成に必要な成分であり、ホルモンや胆汁酸の出発材料でもある「あぶら」である。しかし、エネルギーとして消費されない。

    コレステロールは疎水性であり、水に溶けることはなく油玉の状態になるため、血中においても同様に油玉となり生命にとってよろしくない。そこで、体内でのあぶらの扱いは、lipoproteinと呼ばれるある種のタンパク質があぶらを包み込み、そのlipoproteinのタンパク質としての親水性を活かして、血中での問題とならない状態にしてくれている。その状態の時をHDL-CやLDL-Cと表現する。(H: high, D: density, L: lipoprotein , C:cholesterol)

    HDLとLDLの比較

    • HDL
      • High Density Lipoprotein
      • 抹消組織の過剰なコレステロールを運び出し、直接的、間接的に肝臓に取り込ませる
      • 比重が1.063 ~ 1.210
      • 直径 : 7~10nm (LDLの半分程度)
      • 構成成分
        • Apo-Lipoprotein (A-I, A-II, E)
        • cholesterol
        • リン脂質
        • トリグリセライド (TG)
      • あぶら成分が少ないため、LDLより比重が大きい
    • LDL
      • 粒子が不均一
      • Low Density Lipoprotein
      • 抹消組織へのコレステロールの供給
      • 比重が1.019 ~ 1.063
      • 直径 : 18 ~ 25 nm
      • 構成成分
        • Apo-Lipoprotein B (分子量540 kDa)
        • cholesterol
        • りん脂質
        • トリグリセライド (TG)
      • 泡沫細胞 : 大量のコレステロールを蓄積した細胞
        • 酸化などの修飾を受けた変性LDLがマクロファージのスカベンジャー受容体を介して取り込まれる
      • 亜群
        • small dense LDL
          • 粒子径が小さい
          • 大きい比重
        • large buoyant LDL
          • 粒子径が大きい
          • 小さい比重
          • 動脈硬化惹起性が高い

    参考文献

    HLDはまだ死んでいない – 生物工学 第98巻 第10号 (2020) p536 –

    総コレステロール(TC)、HCLC、LDL-C

    http://www.jrcla.or.jp/kensanohanashi/img/h24_06.pdf

    Small dense LDL – 心臓 Vol. 43 No.4 (2011)

    https://www.jstage.jst.go.jp/article/shinzo/43/4/43_444/_pdf

    編集履歴

    2020/11/06 Mr.Harikir
  • [用語] ゲノム刷り込み

    [用語] ゲノム刷り込み

    ゲノム刷り込み

    両親から受け継いだ同じ遺伝子は、通常、どちらも発現する。しかし、ゲノム刷り込み: genomic imprintingは、両親のうちのどちらかの遺伝子が発現している。その仕組みはDNAのメチル化やアンチセンスなどが知られている。知られているゲノム刷り込みの遺伝子は偶然発見されたもので規則性はない。

    参考文献

    ゲノム刷り込み

    https://ja.wikipedia.org/wiki/ゲノム刷り込み
    編集履歴
    2020/11/05 Mr.Harikir
  • 気になる企業 – Bayer

    気になる企業 – Bayer

    Bayer; バイエル

    ドイツのバイエルも、米Asklepios BioPharmaceutical社を買収することで、遺伝子治療の分野に本格的に参入するようです。もともとバイエル社は、遺伝子細胞治療薬(CGT)の開発を推進していました。

    • Asklepios BioPharmaceutical
      • AAVベクター遺伝子治療の基盤技術を持つ
        • カプシド、プロモーター、製造がプラットフォーム
        • カプシドライブラリと評価(in vitro, in vivo)
        • プロモーター開発は、Synpromics社の技術を使っている(機械学習エンジン:PromPTとデータによる遺伝子発現の制御)
        • AAV製造 : Pro10, 無結成培地、高発現
      • 自社開発 : Zolgensma開発成功し脊髄性筋萎縮症(SMA)に承認されている(AveXisは非独占権を取得し開発させた)、ポンペ病(P1/2)
      • 導出 : デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)のGTはPfizer、血友病GTは武田へ
      • CDMO事業 (AAV)
      • Synpromics社を買収
    • BlueRock Therapeutics
      • 2019年にバイエルの傘下になっている
      • 細胞医薬開発

    HomePage

    Bayer acquires Asklepios BioPharmaceutical to broaden innovation base in cell and gene therapy, 2020/10/26

    バイエルの細胞および遺伝子治療プラットフォームは、アンメットニーズの高い複数の疾患領域の患者に緊急に必要な治療をもたらすために、 AskBioの業界をリードするAAVベースの遺伝子治療プラットフォームを取得。ポートフォリオには、神経筋、中枢神経系、ポンペ病、パーキンソン病、うっ血性心不全の治療薬などの心血管疾患および代謝性疾患の治療のための治験中の前臨床および臨床段階の開発候補が含まれています。血友病およびデュシェンヌ型筋ジストロフィーのアウトライセンス臨床候補/買収により、高効率のPro10™細胞株に基づく収益を生み出す契約開発および製造事業が確保されます/ AskBioが独立企業間原則で運営されます/購入価格USD 20億ドルの前払い、最大20億米ドルの成功ベースのマイルストーン支払い

    https://media.bayer.com/baynews/baynews.nsf/id/Bayer-acquires-Asklepios-BioPharmaceutical-to-broaden-innovation-base-in-cell-and-gene-therapy
    編集履歴
    2020/11/05 Mr.Harikiri
  • [用語] パーキンソン病

    [用語] パーキンソン病

    パーキンソン病

    世界のSLE患者数は、500万人と言われている。中脳にある黒質のドパミン神経細胞が変性し神経伝達物質ドパミンの産生が減少することが原因です。

    田辺三菱製薬のドパミン製剤開発

    Viceroy社の記事より

    2017/8当時の記事です。競合となるアッピィ社のポンプ製剤既存薬との比較、ニューロダーム社の技術、適応症患者数の見積もり、など総合的に評価しています。Viceroy社の結論は、ニューロダーム社の評価はゼロドルであり、この買収案件は、顛末予想とて全額減損となると評価していた。

    https://viceroyresearch.org/2017/08/30/田辺三菱製薬は大きな間違いを犯している:-ニュ/

    指定難病6

    https://www.nanbyou.or.jp/entry/169
    編集履歴
    2020/11/05 Mr.Harikir
  • [Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – 分離精製は工業化の課題である[2021/02/23]

    [Bio-Edu] ウイルスの等電点(pI) – 組換えAAVでは,empty/fullの違いでpIは異なる – 分離精製は工業化の課題である[2021/02/23]

    はじめに

    遺伝子治療用のウイルス・ベクターとしてAAVを使用した場合、目的通りに目的の遺伝子をAAVの殻にパッケージングできるとは限りません。導入する遺伝子の大きさが大きい程、その導入効率は低下してくると考えられます。実際に、動物細胞または昆虫細胞に対して、遺伝子導入試薬を使って目的の遺伝子を導入させ(トランスフェクション)、AAVベクターを作る時、目的遺伝が含まれないAAVも多数産生されます。

    AAVはヒトにとって病原性が無く最もよく使われるウイルス・ベクターですが、ウイルスの殻は別です.殻を構成するたんぱく質などの抗原性が問題になるため、極力、目的遺伝子を含まないAAVベクター(Empty)については精製で除去すべきです。

    目的遺伝子を含むAAVベクター(Full)との分離には、AAVベクターとしての等電点(pI)の違いを利用することが多く、陰イオン交換体を使用したカラムクロマトグラフィが使用できます。

    なぜ、FullとEmptyとで、電荷が異なるかについては明確にはわかっていませんが、遺伝子であるDNAのパッケージの有無に関わることから、DNAのマイナス電荷の有無に関わるものと考えられます。完全にパッケージされているなら、その電荷がウイルスの殻の外に影響するとは考えにくいのですが、完全に否定することはできません。パッケージされることでウイルスの殻を構成していカプシドタンパク質のアミノ酸レベルで、プラスチャージのアミノ酸が殻の内側に向くこともあり得ます。その結果、殻の表面の電荷が変化することもあるでしょう。

    また、完全にハッケージされる場合と全くされないという二極化をイメージしてはいけません。物理現象は、連続的なので、そのような短絡的なイメージではなく、途中の状態も存在することも考えてみましょう。例えば、殻が、完全な閉鎖形になっていなくて、例えば、映画「スターウォーズ」の「デススター」のように、表面が欠けている場合です。その欠け方も範囲の小さいものから大きいものまであると考えるべきです。そうすると、一部の遺伝子DNAが殻の隙間から飛び出ているAAV粒子もあることは想像できます

    以上、多様な粒子としてAAVベクターが産生されており、その中からFullのみを分離精製することが、医薬品を作り上げていく上で、downstream; 精製工程における工業化の課題となる訳です。一方、upstream; 生産工程における工業化の課題は、パッケージング効率と産生量が工業化の課題となります。

    ウイルスの等電点(pI or IEP)

    以下,文献によるとウイルスの表面電荷は,およそ酸性から中性域にあります(2.1~8.3).平均値は,5.0±1.3です.ウイルス精製では,陰イオン交換体クロマトグラフィ(AEX)による吸着/溶出で可能です.等電点とは,環境pHに応じて電気的に中性となるpHを等電点(pI or IEP: isoelectric point)と言います.今回紹介する文献では,公開されているウイルスのIEPを再度検証しています.1938年以降に行われた104のウィルスのIEPのデータがまとめられています.

    図1. タンパク質上のカルボキシル基とアミノ基の電荷の変化
    環境のpHに応じて,カルボキシル基とアミノ基の電荷が変化する.

    ウイルスの等電点の検証結果の詳細

    表1. ウイルスのIEP
    Host kingdomVirus speciesStrainIEP(s)MethodPurityReference
    AnimaliaAdeno‐associated virus – 4Adeno‐associated virus – 42·6IEF‐DAHighSalo and Mayor (1978)
    AnimaliaAlastrimButler3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaCowpoxBrighton4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaCowpoxBrighton (egg)4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
    AnimaliaCowpoxBrighton (rabit)4·3EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
    AnimaliaCowpoxKampen5·4IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaCowpoxLeuwarden5·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus L8·1 and 4·6IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
    AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus M4·4 and 6·3IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
    AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus M8·4 and 4·6IEF‐PAHighChlumecka et al. (1977)
    AnimaliaEncephalomyocarditis virusMengovirus S4·6 and 6·8IEF‐PAHighChlumecka et al. (1973)
    AnimaliaFeline panleukopenia virusCanine parvovirus5·0IEF‐A?Weichert et al. (1998)
    AnimaliaHepatitis A virusHepatitis A virus2·8IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
    AnimaliaHuman adenovirus CHuman adenovirus 54·5EM‐LS?Trilisky and Lenhoff (2007)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman coxsackievirus B 54·75 and 6·75IEF‐DALowButler et al. 1985
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 15·6 and 5·1IEF?Murray and Parks 1980
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 14·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (4CH‐1)5·5IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (R115)6·2IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V212)6·4IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V239)5·3IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaHuman enterovirus BHuman echovirus 1 (V248)5·0IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaHuman enterovirus CHuman coxsackievirus A 216·1 and 4·8IEF?Murray and Parks (1980)
    AnimaliaHuman rhinovirus AHuman rhinovirus 26·8CIEFLowSchnabel et al. (1996)
    AnimaliaHuman rhinovirus AHuman rhinovirus 26·4IEF‐DALowKorant et al. (1975)
    AnimaliaInfluenza A virusH1N1 (Leningrad)4·5, 4·35, 4·25, 4·0*EM‐LMHighMolodkina et al. (1986)
    AnimaliaInfluenza A virusH3N16·5–6·8IEF‐PALowBrydak (1993)
    AnimaliaInfluenza A virusH3N2 (Leningrad)5·0EM‐LMHighMolodkina et al. (1986)
    AnimaliaInfluenza A virusPR85·3EM‐LMLowMiller et al. (1944)
    AnimaliaInfluenza A virusInfluenza A virus6·5–7·0EDN‐FET?Patolsky et al. (2004)
    AnimaliaMammalian orthoreovirusSerotype 3 (Dearing)3·8EM‐LMLowTaylor and Bosmann (1981b)
    AnimaliaMammalian orthoreovirusSerotype 3 (Dearing)3·9IEF‐DALowFloyd and Sharp (1978)
    AnimaliaMonkeypoxChimpanzee Paris6·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaMonkeypoxCopenhague6·5IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaMonkeypoxDenmark3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaNeuro‐VacciniaLevaditi4·2EM‐LMHighDouglas et al. 1969
    AnimaliaNorwalk virusFunabashi5·9CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaNorwalk virusHawaii virus6·0CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaNorwalk virusKashiwa5·5CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaNorwalk virusNarita5·5CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaNorwalk virusNorwalk virus5·9CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaNorwalk virusSeto6·0CIEF?Goodridge et al. (2004)
    AnimaliaPapillomavirusPapillomavirus5·0AggregationHighBeard and Wyckoff (1938)
    AnimaliaPoliovirusPV‐17·4 and 4·0IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
    AnimaliaPoliovirusPV‐16·9IEF?Brioen et al. (1985)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunender7·4 and 3·8IEF‐DA?La Colla et al. (1972)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunhilde7·1IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 Brunhilde7·1 and 4·5IEF‐DAHighMandel (1971)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 Chat7·5 and 4·5IEF‐PA?Ward (1978)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·6IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·6??Murray and Parks (1980)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·75 and 4·1IEF‐DALowButler et al. (1985)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 LSc2ab6·75 and 4·5IEF‐DALowButler et al. (1985)
    AnimaliaPoliovirusPV‐1 Mahoney8·3IEF‐DALowFloyd and Sharp (1978)
    AnimaliaPoliovirusPV‐2 Sabin T26·5 and 4·5IEF?Murray and Parks (1980)
    AnimaliaRotavirus ASimian rotavirus A/SA118·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
    AnimaliaSmallpoxButler5·7IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxDjibouti5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxHarvey5·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxHarvey3·4EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaSmallpoxMoloya5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxSidi Amock5·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxTeheran5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaSmallpoxVannes5·6IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaVacciniaChaumier5·0IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaVacciniaConnaught4·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaVacciniaLister5·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaVacciniaLister3·9EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaVacciniaLister (egg)3·7EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
    AnimaliaVacciniaLister (rabit)3·0EM‐LMHighDouglas et al. (1966)
    AnimaliaVacciniaRabbitpox (Utrecht)2·3EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaVacciniaWR4·8EM‐LMLowTaylor and Bosmann (1981b)
    AnimaliaWhite cowpoxBrighton2·8EM‐LMHighDouglas et al. (1969)
    AnimaliaWhitepocks64.72.555·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaWhitepocks64.72.754·9IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaWhitepocksChimp 94·8IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaWhitepocksMK7.735·3IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaWhitepocksRZ.10.715·1IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    AnimaliaWhitepocksRZ.38.755·2IEF‐DALowMouillot and Netter (1977)
    BacteriaAcholeplasma phage O1Acholeplasma phage O14·0??Pawlitschek et al. (1962)
    BacteriaActinomycetes phage MSP8Actinomycetes phage MSP83·5IEF‐AHighKolstad and Bradley (1966)
    BacteriaBacillus phage φ29Bacillus phage φ294·2Moving boundaryLowRubio et al. (1974)
    BacteriaEnterobacteria phage BZ13Enterobacteria phage GA2·1, 2·3*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
    BacteriaEnterobacteria phage F1Enterobacteria phage SP2·1, 2·6*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage f24·0IEF‐DALowButler et al. (1985)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9IEF‐A?Zerda and Gerba (1984)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·5EM‐LSHighPenrod et al. (1995)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·1, 3·9*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9Moving boundaryHighOverby et al. (1966)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS23·9IEF‐DA?Nasser et al. (1992)
    BacteriaEnterobacteria phage MS2Enterobacteria phage MS22·2, 3·3, 3·5*EM‐LSLowYuan et al. (2008)
    BacteriaEnterobacteria phage PRD1Enterobacteria phage PR7223·8–4·2ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
    BacteriaEnterobacteria phage QβEnterobacteria phage Qβ2·7, 1·9*EM‐LSHighLanglet et al. (2008b)
    BacteriaEnterobacteria phage QβEnterobacteria phage Qβ5·3Moving boundaryHighOverby et al. (1966)
    BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T24·2Aggregation?Sharp et al. (1946)
    BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T42·0EM‐LS?Aronino et al. (2009)
    BacteriaEnterobacteria phage T4Enterobacteria phage T44·0–5·0IEF‐PALowChilds and Birnboim (1975)
    BacteriaEnterobacteria phage λCI473·8EM‐LSHighPenrod et al. (1995)
    BacteriaEnterobacteria phage μ2Enterobacteria phage μ24·0IEF‐PALowPiffaretti and Pitton (1976)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage S137·0?HighAach (1963)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Mutants7·4?HighAach (1963)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Wild type6·6?HighAach (1963)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·0–7·0ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1742·6EM‐LS?Aronino et al. (2009)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·6CIEFLowHorkáet al. (2007)
    BacteriaEnterobacteria phage ϕX174Enterobacteria phage ϕX1746·6AggregationHighSinsheimer (1959)
    BacteriaPM 2PM 27·3IEF?Schaefer et al. (1974)
    BacteriaPseudomonas phage PP7Pseudomonas phage PP74·3–4·9ChromatofocusingLowBrorson et al. (2008)
    PlantaeBelladonna mottle virusBelladonna mottle virus6·3IEF‐ALowPetrzik (1993)
    PlantaeCowpea chlorotic mottle virusCowpea chlorotic mottle virus3·8EM‐LSHighSuci et al. (2005)
    PlantaeErysimum latent virusErysimum latent virus4·7IEF‐ALowPetrzik (1993)
    PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype A5·0IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
    PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype B4·8IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
    PlantaeRed clover necrotic mosaic virusSerotype C4·6IEF‐ALowGallo and Musil (1984)
    PlantaeScrophularia mottle virusAnagyris4·4IEF‐ALowHonetslegrova et al. (1994)
    PlantaeScrophularia mottle virusCzech isolate3·9IEF‐ALowHonetslegrova et al. (1994)
    PlantaeScrophularia mottle virusScrophularia mottle virus4·0IEF‐ALowPetrzik (1993)
    PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 16·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
    PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 25·6IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
    PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 35·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
    PlantaeSouthern bean mosaic virusVariant 44·0IEF‐DAHighMagdoff‐Fairchild (1967)
    PlantaeTobacco mosaic virusCucumber virus 44·9AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusGreen aucuba4·5AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusHolmes’ masked3·9AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusHolmes’ rip‐gras4·5AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusJ14D14·2AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusOrdinary3·9AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTobacco mosaic virusYellow aucuba4·6AggregationLowOster (1951)
    PlantaeTurnip yellow mosaic virusTurnip yellow mosaic virus3·6IEF‐ALowPetrzik (1993)

    Isoelectric points of viruses – B. MichenT. GrauleFirst published: 09 July 2010 https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2010.04663.xCitations: 63 –

    https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1365-2672.2010.04663.x

    AAV1~AAV10のpI計算

    以下の文献には,表面構成タンパク質について個別にpIを算出されていますが,ウイルス粒子を構成する天然の状態でのpIは,表面に出ているアミノ酸の分布割合に依存します。そのため、正確なpIが算出されているとは考えにくと考えられます.やはり,実際にAEXなどのクロマト法などで検定されている結果の方が信頼できると思われます.

    しかし,組換えAAVでは,以下の「AAV8, AAV9のpI」で示したようにEmpty/Fullの違いでpIが異なることが知られています.すなわち,GOIの配列によってもpIは異なると考えられます.単純計算ではいかないようですね.

    Calculated pI values for AAV1 to AAV12.

    https://www.researchgate.net/figure/Calculated-pI-values-for-AAV1-to-AAV12-The-histogram-of-the-pI-values-for-the-AAV_fig1_235682725

    AAV8, AAV9のpI

    AAV8とAAV9のpIを分析カラムメーカーSCIEX社が報告しています.

    • AAV8 : 約pI9
    • AAV9 : pI7.1~7.6

    Determination of Full, Partial and Empty Capsid Ratios

    for Adeno-Associated Virus (AAV) Analysis

    Tingting Li, Tie Gao, Hongxu Chen, Zuzana Demianova, Fang Wang, Mukesh Malik, Jane Luo,

    Handy Yowanto, Sahana Mollah

    SCIEX, Brea, CA

    https://sciex.com/Documents/tech%20notes/2019/AAV-Full-Partial-Empty.pdf

    AAV tree

    参考まで,AAV系統樹について示しておきます.pIの関連があるかも知れません.今後調査するかもです.

    Expanded Repertoire of AAV Vector Serotypes Mediate Unique Patterns of Transduction in Mouse Brain

    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1525001616320755

    編集履歴

    2020/11/04 Mr.Harikiri
    2021/02/08 文言整備
    2021/02/23 追記 (「はじめに」を追加し、工業化の課題について言及)
  • [アニメ]  氷菓 (2012) – 高校生の文化祭はこう楽しむべきだったのか – 今更に擬似体験して満足する  [2020/11/04]

    [アニメ] 氷菓 (2012) – 高校生の文化祭はこう楽しむべきだったのか – 今更に擬似体験して満足する [2020/11/04]

    氷菓

    2012年、TV全22話、京都アニメーションの作品です。神山高校の文化祭を中心にして、エルが「興味があります」に逆らえない同級の男子高校生が謎を推理していく。中々面白く視聴できました。よく似たシチュエーション設定のアニメとして、「やはり俺の青春ラブコメはまちがっている。」があります。これも一度どうぞ。

    編集履歴
    2020/11/04 Mr. Harikiri
  • [アニメ]  ザ・サード〜蒼い目の少女〜 (2006) – 3つ目の眼を額にもつ「ザ・サード」が人類を管理している世界 [2020/10/20]

    [アニメ] ザ・サード〜蒼い目の少女〜 (2006) – 3つ目の眼を額にもつ「ザ・サード」が人類を管理している世界 [2020/10/20]

    ザ・サード

    2006年、TV全24話、人類が犯した過ちを2度と起こさせないために、3つ目の眼を額に持つ「ザ・サード」と呼ばれる存在から管理されている人類。ソードダンサーと呼ばれる少女がいました。この世界では、技術革新は許されず、高度な進歩は、人類には許されないのでした。でも、人工知能はソードダンサーのbuddyだったりします。

    本編に出てくる砂漠を走る戦車が、かっちょ良いです。僕が幼少の頃、こんな頑丈な乗り物で、どこへでもいけて、中では寝泊まりや食事もできる、そんな乗り物中心の生活に漠然と憧れていたことを思い出します。後半では、この戦車は3Dグラフィックで描かれています。クラフトしたくなります。

    編集履歴
    2020/10/20 Mr. Harikiri
  • [アニメ]  終わりのセラフ  – 人対吸血鬼 – 大人の事情と子供の理想は相ゆずれない [2020/10/28]

    [アニメ] 終わりのセラフ – 人対吸血鬼 – 大人の事情と子供の理想は相ゆずれない [2020/10/28]

    終わりのセラフ

    2015年、TV全24話、吸血鬼が世界を支配している世界と、一部の人の軍隊組織は、吸血鬼から人の世界を取り戻そうとしており、その攻防を背景に、家族というテーマを描いてます。しかし、大人の事情は、子供たちの家族の理想などには、お構いなしに推し進められていくのでした。

    編集履歴
    2020/10/28 Mr. Harikiri
  • 今日の英語 – we are excited to announce ~ – 報告できることを嬉しく思っている表現 [2020/10/28]

    今日の英語 – we are excited to announce ~ – 報告できることを嬉しく思っている表現 [2020/10/28]

    We are excited to announce {目的句}

    「目的句」に対してエキサイトしています。
    例文 : Today we are excited to announce the launch of a new feature in our product.