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  • [WordPress] Easy Table of Contents – プラグインの導入  [2019/12/08]

    [WordPress] Easy Table of Contents – プラグインの導入 [2019/12/08]

    Easy Table of Contents

    見出し(H1~)を自動的に、最初の見出しの前に、自動的に目次を挿入してくれる

    AMP (Accelerated Mobile Pages )で動作する

    Table Conctentsのプラグインは、ここで紹介したプラグインと比較して甲乙付けがたいのですが、2020/04時点で、「Table of Contents Plus」を使っています。

    編集履歴
    2020/02/23 更新
    2020/04/08 現在「Table of Contents Plus」プラグんインを使用していることを追記
  • [Bio-Edu] 遺伝子組換え技術でタンパク質サンプルを得るまでのフローと装置 : 培養→精製→分析→保管 – ID9802 [2019/12/08]

    [Bio-Edu] 遺伝子組換え技術でタンパク質サンプルを得るまでのフローと装置 : 培養→精製→分析→保管 – ID9802 [2019/12/08]

    原材料

    • 遺伝子組み換えによるタンパク質の製造に使用する原材料は以下の記事を参照してください。

    USP(培養)

    バイオロジクスではUp Stream Process (USP)は、細胞の培養です。

    • 培養
      • 浮遊培養(バッチ式)
      • 連続培養
      • 培養するための原材料
        • media
        • nutrient
      • 装置
        • ambr system (培養条件初期検討)
        • フラスコ培養システム (種培養)
        • Media Preparation
        • WAVE System (~20L; 拡大培養)
        • Bioreactor (10L, 50L, 1000L, 2000L; プロダクション培養)

    DSP(精製)

    バイオロジクスでは、Down Stream Process (DSP)は、培養工程で得られたプロダクトの精製です。

    分析

    • 精製検討を目的とした分析
      • SDS-PAGE
      • RP-HPLC (for quantitative)
      • GP-HPLC
      • DNA (Picogreen)
      • HCP ELISA
    • 製造におけるインプロセス試験(IP test)
      • SDS-PAGE
      • OD
    • 高度な分析と装置
      • MFI
      • DLS
      • AEX-HPLC
      • RP-HPLC
      • アミノ酸配列分析
      • 糖鎖分析
      • Endotoxin測定
      • HCP測定
      • Aggregates測定
      • 等電点測定 (糖鎖脱落、脱アミド、酸化)
      • MS
      • CDスペクトル
      • SDS-PAGE
    • 一般装置
      • HPLC System
      • 電気泳動装置(with パワーサプライ、ゲル振とう器)
      • 96穴蛍光光度およびUV測定計

    保管

    • インプロセスにおける保管の条件(短期保管)
      • 5℃保管
      • -20℃保管
      • 室温保管
    • 長期保管の条件
      • -60℃~-80℃
    • 必要な装置
      • 冷蔵庫
      • 冷凍庫(Freezer, Deep Freezer)
    一過性発現培養
    フラスコ培養装置

    for GMP

    Class 2 area for media preparation

    編集履歴

    2019/12/08, Mr.Harikiri
    2024/01/02,サイト内リンク訂正

  • [WordPress] 会員限定ページや会員のみが閲覧できるページやページ内に会員のみ閲覧できるブロックを作る – 調査編 [2019/12/08]

    [WordPress] 会員限定ページや会員のみが閲覧できるページやページ内に会員のみ閲覧できるブロックを作る – 調査編 [2019/12/08]

    はじめに

    調査を結果、Ultimate Memberプラグインをインストールしています。

    当サイトは、Ultimate Memberプラグインを試験的に導入しています。よろしければ、「いたずら」してみて下さい。使い勝手などがわかると思います。どれだけの堅牢性(ロバストネス)があるか知りたいと思っているので、ぜひどうぞ。

    よく海外からの「ヒヤカシ」があります。ユーザー登録はしていただけるのですが、その登録したe-mailに対して、自動で送られてくるリンク付きのe-mailの処理をしてくれません。そのリンクをクリックすれば、登録したe-mailは実在し且つロボットではないと、おおよそ判断できるので、登録が完了します。登録の削除もできるはずです。

    メール一覧から、ステータスが確認できます。「ヒヤカシ」の場合、「メールアドレスの確認待ち中」と表示されています。メールの確認が完了すば、「承認済み」になります。以上、これらの挙動は、Ultimate Member -> 設定 -> Emailから設定します。

    はじめに

    以下のサイトをまとめると、WordPressで会員限定ページを無料のプラグインで構築することは、必要十分のようで、有料版までは必要なさそうです。

    TCD Themeを購入することも考えたが、機能は、プラグインで達成するか、購入したテーマに組み込まれた機能で達成するかの違いであり、それぞれの開発力からすると、専門的に開発している個別プラグインから調達する方が、機能的に高いもので構築できると考えられる。

    ただ、バランス面からするとオールインワンのThemeを調達する方が良いとも言える。

    考えたあげく、出費を抑えて茨の道を行くかもしれないプラグインのインストールの方法を選択することにした。

    必要な機能(要求仕様)

    必要な機能を以下に上げてみた。こりらを全て無料のプラグインで実現できるかは分からない。

    • 会員サイトがアクセスした際の会員登録を促す
    • 会員登録の内容を不適切な登録(ユーザー名として電話番号など)はできない
    • 会員でない場合、そのアクセスしたページは一部だけを表示する閲覧制限を付けることができる
    • パスワードを忘れたユーザーに対する自動対応機能
    • メール送信機能(単純型、メルマガ型)
      • TCDテーマのプレミアムプライスでもメルマガ型はサポートしない)
    • マイページ
    • botによる不正なユーザー登録の抑制

    必要な機能が全て満たされているかは、プラグインの機能を十分に理解していないため不明だが、bot対策があるUltimate Memberには、bot対策のためのプラグインとして、Ultimate – reCAPTCHAが、2018年以降追加されたらしい。これも同時に導入するのがよい。

    WordPressプラグイン|Ultimate Memberでユーザー管理、コミュニティー投稿サイトにする方法、wano.jp – さんの記事

    WordPress(ワードプレス)で会員サイトを簡単に作成できるプラグイン10選

    WordPressで会員サイトを作るには?おすすめプラグインまとめ【2019年度最新版】

    無料で会員サイトが作れるWP-Membersの使い方を紹介

    会員サイトに必要な機能を一通り実装できるUltimate Memberについて紹介!、ページのブロック設定を参考

    「Mailchimp(メールチンプ)」の評判と実態|15個のメール配信システムを試したアイミツが徹底比較!

    WordPressで掲示板を作るならbbPress!使い方の完全マニュアル

    CTDテーマによる(2017)、WordPressで会員限定向けコンテンツが配信できる「パスワード付き保護ページ」が作れるテーマ

  • [Bio-Edu] バイオロジクス製品をステンレスBioreactorおよびシングルユースBioreactorで設備設計と経済性を見積もる – ID3834 [2019/12/03]

    [Bio-Edu] バイオロジクス製品をステンレスBioreactorおよびシングルユースBioreactorで設備設計と経済性を見積もる – ID3834 [2019/12/03]

    mAb製造における

    Single Useシステムをベースとして、設備設計、経済性分析を、Biopharm Service Ltdのソフトウェア BioSolve cost-modeling software, version 4.0を使って実施した文献について紹介する。

    Single-Use Technology
    and Modular Construction Enabling Biopharmaceutical Facilities of the Future
    (2013) – BioProcess International –

    試算前提

    前提は、培養は2000Lのプロダクションスケール、Depth FilterのでHarvest、3カラム精製をデザインとする。Drug Product (DP)は10mL ガラスバイアル。培養生産性は、5g/Lの高発現として(5g/L x 2000L=10kg)、精製バルクは、7kg/batchを取得、Vial fillingで60,000 vialsを取得できるとする。

    見積もる項目

    • Stainless Steal(SS) & Single Use Bioreactor(SUB)
      • 2000L
      • Stainlessタンクでは、Clean In Place (CIP)などの洗浄システム、蒸気滅菌システムなど配管システムが必要となる
    • Media & hold tank
      • 培地調整用のhold tankについては、特に高い無菌性が必要であり、Stainlessタンクでは、洗浄・滅菌に付随する機能と作業が必要
      • 因みに、培地を液体で蒸気滅菌するには、日本では1種圧力容器が必要
    • Buffer & buffer hold tank
      • Stainlessタンクでは、洗浄・滅菌に付随する機能と作業が必要
    • process water & water for injection (WFI)
      • 自家で精製水製造システムを持つか、購入すること考慮が必要
    • 63cm diameter columns packed to 20cm bed heights
      • Pre-packedカラムでは、カラムの性能試験は済んでいるが、自家でパッキングする場合、性能試験の実施作業などが必要
    • Cell culture time is 32 days
      • Cell bankのvial thaw、拡大培養及び本培養の期間
    • SSおよびSUBで15 batch/year, 1回の培養失敗
      • 培養の失敗回数を見積もる
    • Stainless Stealでは2週間かそれ以上の洗浄と滅菌が必要
    • 2 weeks shut-down in a year
      • 定期点検の期間が必要
    • Protein A回収率 : 70%

    試算結果

    SS: $23,620,868, $1,574,725/batch, $225/g
    SUB: $18,324,748, $1,221,650/batch, $175/g

    編集履歴

    2019/12/03, Mr.Harikiri
    2024/01/02, 文言整備、一部追記

  • 気になる企業 – ProteNova – 日本のベンチャー企業 – ID3820 [2020/11/28]

    気になる企業 – ProteNova – 日本のベンチャー企業 – ID3820 [2020/11/28]

    ProteNova

    ProteNovaは、従業員7名、徳島県発のバイオ関連ベンチー企業です。

    抗体のアフィニティ精製用担体の製造に使用するリガンドの開発に特化して開発を行ったいるようです。Protein AやProtein Lをベースに改変を加えて工業的な使用耐え得るリガンドの開発を進めています。

    一方で、糖鎖分析などの受託業務も行っています。

    感想

    日本のバイオベンチャー及びそれを支えるバイオ関連ベンチーには、頑張って欲しいと強く思っています。世界3位のGDPを誇る日本でも、バイオの世界では、世界から置いてきぼりです。バイオ医薬品は、様々な分野の技術が密に組み合わせって、その結果、高度なバランスで作られる非常に高性能な製品です。ProteNovaは、その一躍を担っており、目的タンパク質の精製、特に、抗体医薬品の最初の精製ステップであるキャプチャリングに関わる精製担体のリガンドを開発・販売しています。

    しかし、近時、世界のバイオ医薬品における抗体医薬品は、もう既にコモドディティ化が進んでおり、参入障壁は急激に下がって来ています。ある意味、誰でも、抗体医薬関連分野に参入することが可能であり、競争が激しい段階に入りました。

    世界のバイオ医薬品は、遺伝子治療に舵(がじ)を切っています。世界の大手医薬品メーカー、大手製造受託会社(CDMO)は、遺伝子治療用の医薬品の開発を独自で進めてきたベンチャー企業の買収や、その技術導入をほぼ完了してしまいました。今後は、目的物質であるAAV Vectorという病原性の無いウイルスパーティクルのアフィニティー・リガンドについて、大手の部材メーカー二より開発が、進められるでしょう。何故なら、AAV Vectorの精製方法は、まだ確立されておらず、誰どても高度に精製できるものでは無いためです。しかしながら、すでに、Thermo Fisherは、AAV selectという血清型に依存する事なく、高いアフィニティー特性を持つラクダ型抗体を開発し、レジンにカップリングした精製用担体を販売しています。この分野でもCytivaが一番乗りだったものの、性能面では、後発のThermo Fisherの製品が優れているようです。Thermo Fisherが一人勝ちの様相を示していますが、今後は、この精製用担体についても、抗体医薬品の時と同じ様に、更なる高性能を求め、競合他社がひしめき合う状態が、必ず来るはずです。数年もしないうちに。

    プロテノバ、徳島県、日本

    編集履歴
    2020/11/28 Update, Harikiri(Mr)
  • [Bio-Edu] 抗体のFc Domainに強い結合親和性を持つStaphylococcus aureus protein A (通称 Protein A)について – ID3817 [2019/12/03]

    [Bio-Edu] 抗体のFc Domainに強い結合親和性を持つStaphylococcus aureus protein A (通称 Protein A)について – ID3817 [2019/12/03]

    Protein A

    抗体のFc領域に強い結合親和性を持つStaphylococcus aureus protein Aを一般にProtein Aと呼んでいる。ここでは、Pronte A (SpA)と称する。

    SpAは、IgMのFabに対しても結合親和性がある。

    Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein A domain complexed with the Fab fragment of a human IgM antibody: Structural basis for recognition of B-cell receptors and superantigen activity

    2次構造

    E-D-A-B-C

    3次構造

    • Protein A 3D構造 :
      • 1DEE : SpA bound to human IgM Fab
    • Protein A (B-domain)
      • 1BDD : SpA B-domain (3 x Helix)
      • 5U4Y : SpA B-domain (3 x Helix) bound to IgG Fc
      • 1BDD : SpA B-domain (3 x Helix)
      • 4NPF : Two tandem B-domain
    • Protein A (C-domain)
      • 4WWI : bind to IgG Fc
  • [抗体医薬] デュピクセント; dupilumab – アトピー性皮膚炎 –  Regeneron/Sanofi、個人的には画期的な医薬品と思ったが、薬価はそうは判断していない – ID3809 [2020/05/21]

    [抗体医薬] デュピクセント; dupilumab – アトピー性皮膚炎 – Regeneron/Sanofi、個人的には画期的な医薬品と思ったが、薬価はそうは判断していない – ID3809 [2020/05/21]

    デュピルマブ

    SanofiとRegeneronの製品。適応症は重症のアトピー性皮膚炎

    • 抗体医薬
    • IgG4
    • 炎症性サイトカインのIL-4とIL-13の過剰な働きを抑制する、抗IL-4/IL-13受容体抗体 source: pmda 非臨床概要
      • IL-4Rαサブセットに対する抗体
      • IL-4Rαに結合することで、I型受容体とII型受容体によるシグナル伝達を疎外する
      • I型受容体(IL-2RγとIL-4Rα複合体)
      • II型受容体(IL-13Rα1とIL-4Rα)
      • IL-4シグナル伝達、IL-13シグナル伝達を阻害する
    • ステロイド外用薬との併用も可能

    アトピー性皮膚炎に抗体医薬登場 (引用、日経メディカルより)

    Regeneron 社(売上高約80億ドルInvesting.com調べ)が開発したデュピルマブ(商品名デュピクセント皮下注300mgシリンジ, 薬価83152円, 2019/12現在、サノフィ販売)は、アトピー性皮膚炎治療薬(AD)として、2018年1月19日に製造販売承認がなされた。用法用量は、成人に対して初回は600mgを投与し、その後2週間隔で300mgを投与する。

    IL-4, IL-13の受容体

    • Th2細胞がIL-4とIL-13を放出
    • 刺激を受けたB細胞は、IgEを放出
    • IgEはマスト細胞に結合し、そのIgEにアレルゲンが結合
    • 刺激を受けたマスト細胞は、Histamine, Leukotrieneを放出
    • 気道過敏を生じる source, 2003

    EUでは、

    2017/09/28, SanofiとRegeneronは、EUで重症のアトピー性皮膚炎の成人患者に対する抗体医薬としてdupilumabの承認取得を発表したsource

    ジュピクセント

    (150mg/mL x 2mL, 300mg)

    薬価

    2019/12現在¥83,152
    2020/03改定¥66,356
    https://www.kegg.jp/medicus-bin/japic_med?japic_code=00067283

    Advice

     AD (atopic dermatitis)は、掻くことで更に増悪し、2型炎症反応による皮膚の炎症反応、活性化Th2細胞から産生されるサイトカイン(IL-4、IL-13)によって、引き起こされる。

    参考情報

    デュピルマブと同じ適用症(アトピー性皮膚炎)を狙ったAnaptysBio社が開発していた「エトキマブ」は、Phase 2b (ATLAS)で主要評価項目を達成できなかった(2019/11/8発表)ため、開発が中止された。

    編集履歴

    2019/12/03 はりきり(Mr)
    2020/05/21 追記(薬価改定)
    2020/06/25 追記 (I及びII型受容体、EUでの承認取得)
  • [Synology] Router 「RT2600ac」- ネットワーク攻撃にも余裕でブロック – ET WEB_SPECIFIC_APPS ECSHOP user.php SQL INJECTION via Refererとは

    [Synology] Router 「RT2600ac」- ネットワーク攻撃にも余裕でブロック – ET WEB_SPECIFIC_APPS ECSHOP user.php SQL INJECTION via Refererとは

    RT2600ac

    NASとRouter

    Synology社のRT2600acは、協力なセキュリティ機能を持つ高速ルーターです。パッケージセンターに、無料のセキュリティソフト「Threat Prevention」があります。導入することをお勧めします。

    RT2600acハードウェアインストールガイド

    RT2600acユーザーガイド(SRM 1.2)

    もしも、ローカルネットワークにNASを立ち上げて、インターネットからNASにアクセスしたり、WordPressを立ち上げている場合には、不正がアクセスが増加します。是非、「Threat Prevention」をインスートルして下さい。

    • NASを構築している場合
    • Blogサイトを構築している場合

    当サイトでは、Synology社のDSシリーズNASにWordPressを導入しています。

    • Synology DS918+
      • ホームサーバー
    • Synology DS920+
      • WordPress

    SynologyのNASでのポートに関わる設定は、同社のルーター製品への連携機能により社の製品であるため自動で設定できます。具体的には、ネットワークのポート番号の設定では、NASのツールから設定すれば、rt2600acのルーターのポート転送に反映されます。

    Threat Preventionは、不正なアクセスからローカルネットワークを強力に守ってくれます。

    Threat Prevention

    インストール

    Synology Router「RT2600ac」にログインして、パッケージセンターからThreat Preventionをインストールします。

    Threat Preventionをインストールした初期状態でも、セキュリティとして重大性が「大」ものは、自動判定して「ドロップ」してくれます。

    設定により、重大性が「中」、「小」についてもドロップの設定も可能です。

    Threat Preventionが、怪しいアクセスを察知してドロップした時には、指定したE-mailアドレスに知らせてくれるように設定することも可能です。

    「侵入を試みる」ログ

    Threat Preventionを運用していて,以下のようなログが残っていることがよくあります.

    ET WEB_SPECIFIC_APPS ECSHOP user.php SQL INJECTION via Referer

    ESSHOP?

    ECSHOPというのは,e-コマースショップということで,電子商取引のことを意味するようです.要するにWeb Shopのことですね.

    どうやら、Web Shopに向けた攻撃のようです。

    WordPressのセキュリティ関連をネットで調べてみると、WordPressに実装されているデータベースが、攻撃の標的になりやすいとの事でした。

    あと、Web Shopでメンバーシップを構築するために、パスワードで管理されたページを作れるプラグイン「Ultimate Member」があるのですが、数年前に不正攻撃の標的として結構な数があったと、ある記事にありました。

    WordPressの稼働数は全世界的であり、最も多いサイトのサーバーです。当然、絶対数が多ければ標的になる数が多くなるのは仕方がないことだと思います。

    話はもどって。

    Referer? / Injection?

    侵入しようとしてるハッカーは,Refererというヘッダーに記載された内容で注入(Injection)することで,ターゲットのサイトの脆弱性(OSのコマンドをPHP経由で実施できるかどうか)を検査しているようです.

    ログによれば、このパケットを「Threat Prevention」が感知した訳です.

    用語の解説は,以下サイトにあったので参考にさせて頂きました.
    ペネトレ検証-ECサイトに侵入 – Shooting!!!より

    侵入される原理がよくわからないので,直接的な対策はよくわからないのですが,完全にお任せしてよいです。だだし、重大性が「中」のものは、「ドロップ」設定にした方がよいと、少なくとも「Threat Prevention」はログにアラートを残しているので、定期的にログを確認して、そのIPアドレスを「ドロップ」に設定にしておきます。

    実は、重要性「中」及び「小」についても、運用後、2年ほどになりますが、「ドロップ」設定には余りしたことがありません。

    というのも、「中」のログでも、結構な数になかるらです。重要度「大」のドロップで必要十分かも知れません。

    まとめ

    まあ、何が起こるがわからないので、定期的なログの確認は行いましょう。

    以上

    編集履歴
    2020/03/05 追記 WordPressのデータベースが標的になりやすいこと、数年前にUltimate Memberプラグインが標的になったこと。
    2020/04/17 追記 定期的なログの確認について
    2023/07/11 文言整備