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  • [WordPress] 自宅サーバーのWordPress – プラグインで致命的なエラーにより管理画面(ダッシュボード)に入れなくなった場合の対処法

    [WordPress] 自宅サーバーのWordPress – プラグインで致命的なエラーにより管理画面(ダッシュボード)に入れなくなった場合の対処法

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    プラグインによる致命的なエラー

    どなんプラグインでも起こり得ることだか、今回、初めてのプラグイン関連の致命的なエラーを経験をしたので、詳細をのこします。

    エラーしたプラグイン

    エラーしたのは、Cool Timelineというタイムラインを簡単に作れるWordPressのプラグインです。ライト版のCool Timelineと正式版のCool Timeline Proがあります。

    最初にライト版で試用して、正式版に乗り換えましたが、今まで、ライト版も停止状態で残していました。今回、削除しようとして誤って有効化のボタンに触れたことで、致命的なエラーが生じたと表示が出て、ログインもサイト表示もできなくなってしまいました。

    復旧

    これまでに、Synology NAS用のパッケージソフトであるバックアップ・アプリを2種類をインストールしていたので、そのバックアップ・ファイルから復元を試みました。

    しかし、復元しても、やはりダッシュボードには入れず、サイトの表示もエラーが出てできませんでした。

    WordPressの裏口から

    以下のメールがWordPressのシステムから来ていました。それを知らずに色々していた訳です。

    そのメールの「リカバリーモード」のリンクからダッシュボードにはいり、エラーしているCool Timelineを削除することで、ログイン時にエラーする現象から復旧できました。

    分かったこと

    しかし、最初に「リカバリモード」を使わず、バックアップ復元による方法による復旧を試したことから、以下のことがわかりました。

    • バックアップファイルから復元したファイルには、プラグインの有効化/停止の状態を保存しているファイルはないこと。
    • おそらく、それ以外のところ(Maria DB)に保管されているのではないかと思われます。今回の復元は、DBアプリを含めずblogのデータのみを対象にたことから、そのように考察しています。

    復旧手順が書かれた受信メール

  • [アニメ]「Dr.STONE」より，化石の世界から携帯電話をつくる・・・語録，ワインの樽に付着したピンクの粒 + 焼いた海草 + お湯に溶かす → ロッシェル塩; 音を電気に変える/1年後、2期の放送が開始された [2021/01/16]

    [アニメ]「Dr.STONE」より，化石の世界から携帯電話をつくる・・・語録，ワインの樽に付着したピンクの粒 + 焼いた海草 + お湯に溶かす → ロッシェル塩; 音を電気に変える/1年後、2期の放送が開始された [2021/01/16]

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    Dr.STONE

    2期

    2021/01から二期が始まりました。少し撮りためてから視聴しようと思っています。

    1期

    サイエンティストの血を騒がせるアニメ。Dr.STONEは、毎週楽しみにしている(2019/12)。

    人類最初のプラスチック: 石炭の燃えカス + 水酸化ナトリウム + ホルマリン → フェノール樹脂

    亜鉛 + マンガン + 炭 → マンガン電池

    ワインの樽に付着したピンクの粒 + 焼いた海草 + お湯に溶かす → ロッシェル塩 （Rochelle salt） 正式名称：(＋)-酒石酸ナトリウムカリウム四水和物 ; 音を電気に変える

    by Dr.STONE シリーズ1, エピソード23 – 科学の波 –

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    2021/02/22 Mr.Harikiri
  • [Town] blogのメンテ – 天王寺MIOにて – ID4367 [2019/12/15]

    [Town] blogのメンテ – 天王寺MIOにて – ID4367 [2019/12/15]

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    天王寺 MIO

    天王寺のMIO本館には3Fと8Fにスターバックスがある．今日は、8Fからblogのメンテでした。

    • coffee
  • [Bio-Edu] タンパク質を精製用のカラムにロードする量 – ID4318 [2019/12/14]

    [Bio-Edu] タンパク質を精製用のカラムにロードする量 – ID4318 [2019/12/14]

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    ロード量

    タンパク質の精製には，樹脂への吸着を多用する．吸着に吸着する目的のタンパク質は，効率性の面から出来るだけ多くを吸着させるべきである．

    しかし，吸着可能な最大量で吸着させるべく，目的タンパク質を含む溶液をカラムにロードしていくと，最大吸着容量に達するまでに，乗除に吸着できずに漏れ出てくる．

    漏れ出てくる量は，合理的に見積もりロードを決定すなければならない．求められた吸着容量をBinding Capacityという．

    Break Through Point

    ResinのBinding Capacityを求めるには、カラムクロマトにおいて、目的物を含む溶液をカラムにロードしなから、カラムから出てくる液をフラクションとして回収していく。ある時点のフラクションを測定し、目的物の濃度が、ロードサンプルの濃度(100%)と比較して、その濃度が5%を超えた時点のロード量をBreak Through Pointという．

    Binding Capacity

    Break Through Pointのロード量を更に、一般的には70%~80%にした値をBinding Capacityと定義する．Protein Aカラムを使用する抗体の精製では、これがベストプラクティスである。

    イオン交換クロマトの2つの方法

    イオン交換クロマトでは、精製を優先した場合、Binding Capacityのロード量で行うクロマトは一般的ではない。一方、少なめのロード量(30% Binding Capacity)で吸着させて，溶出バッファのグラジェント効果を高める方法がラボ精製では良く使われる．

    グラジェント精製

    インタラクションに強度の高低を持たせることができるイオン交換クロマトなどの場合、グラジェントによる精製は純度を上げるには効果的である(page 2)．

    少ないロード量では、カラムの上部にしか、目的物が吸着していない状態とすることができる。その状態からバッファグラジェントを開始すると、カラムの上から下まで移動していくにつれて，初期の吸着物集合体は、Resinとの相互インタラクションに違いがあればある程，それぞれの成分は、分離されていく．

    ステップワイズ精製

    グラジェント精製は，実製造スケール(スケールアップされた)では，同一のクロマトを実施して品質を一定に管理すことは，一般的に難易度が高い。そのため，実製造では、グラジェント精製は行われることは少ない．

    そこで、グラジェント精製に極力近づけたステップワイズ精製が選択されることが多い(page 3)．

    ステップワイズ精製のロード量は，精製効率が犠牲になる場合があるものの、ロード量をBinding Capacityに近づけられる可能性もあり、COGs改善の可能性も考えられる(page 3)．

    Break Through Point for Capturing

    カラムの吸着容量
  • [WordPress] Post SMTP Mailer/Email Log プラグインを導入

    [WordPress] Post SMTP Mailer/Email Log プラグインを導入

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    機能

    サイト外へのメールをWordPressから飛ばせなかったが、このプラグインのお陰で無事に飛ばせるようになった。

    自宅NASサーバーのメール関係に設定不良があることが、WordPressからサイト外にメールを飛ばせない原因かも知れません。

    Ultimate Memberプラグインでは、ユーザー認証のために、登録を要求してきたメールアドレスに対して、確認メールを送ります。その時にサイト外へのメールの送信が必要になります。

    Post SMTP – WordPress SMTP Plugin with Email Logs and Mobile App for Failure Notifications – Gmail SMTP, Office 365, Brevo, Mailgun, Amazon SES and more
    [Synology] NAS – WordPressからサイト外にメールを送信する [2020/09/13] ID4235
    編集履歴
2019/12/14 Mr.HARIKIRI
  • [Synology] NAS – WordPressからサイト外にメールを送信する [2020/09/13]

    [Synology] NAS – WordPressからサイト外にメールを送信する [2020/09/13]

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    この記事は、少し古いです。代わりに以下の記事をご覧ください。この記事は、参考資料として「Appendix」を保存するために、このまま維持することにしました。
代わりの記事では、2020/09の時点において、Synology NASに立ち上げているWordPressから、外にメールを送れるように、「WP Mail SMTP by WPForms」プラグインとGMAIL APIを使って可能にする内容です(2020/09/13)。
    [WordPress] Synology (新)NASに立ち上げたWordPressから外へメールを飛ばす – WP Mail SMTP by WPFormsプラグインとGMail APIの設定 [2020/09/13] ID22422

    概要

    メール送信の手段は、以下のとおり2つある。

    1. SMTPにるメール発信

    このSMTPとは、WordPressが導入されてるいサーバーで可動しているSMTPである。SynologyもGoogleのgmailの仕様が変更されたことで、少し混乱しているかもしれない。サイトに行っても解決策が古かったりしているので、今、現在は、どうなのか不明だ。

    現状では、SMTPを使用したサイト外への発信は断念した。そもそも、Synology NASのSMTPからWordPressのメールを飛ばせるのかどうかすら、よく理解できていない。

    SMTPを使用する場合、DNSの設定とMailPlus Severの設定をそれぞれ整合させなければならないと思われるが、DNSの設定については、以下で述べているように、なかなかハードルが高く僕の技術と知識レベルでは、現状断念せざるを得なかった。

    2. PHPによるメール発信

    色々調べていく過程で、WordPressのプラグインを使用して、その基本プログラム言語であるPHPからメール配信をコントールできることが分かった。まず、最初に試した”WP mail SMTP by WPForms”は、配信の成否が分かるものの、配信できない場合の解決策を提案してくれなかった。

    Synology: WordPress not Sending Emails (Solved)

    そこで、次に試した”Post SMTP Mailer/Email Log”は、GmailアカウントとGoogle API consoleの設定により、メールをWordPress(厳密にはPHP)からサイト外に発信できるようにするプラグイン (作者: Yehuda Hassineさん)。これを使って、且つ、blogにある設定方法:“How to Set up and Configure Postman SMTP on WordPress”に従い設定を進めてた。

    その結果、サイト外へのメール発信がこれまでできなかったが、無事に発信できるようになった。

    3. 設定方法

    基本的には、同設定方法に従えばよい。Google API Consoleの体裁が若干の変更があり混乱するが、図1のように、設定する項目は、左側のタグのように、後ほど確認できる。設定し忘れても、このページに戻ってから設定すれば問題ない。以下に、Google API Consoleでの作業における特記事項を示す

    • ドメイン(harikiri.diskstation.me)の承認には、Google API Consoleでの作業でダウンロードしたhtmlファイルを、Google API Consoleが指定する、ドメインにコピペする
    • クライアントIDとクライアント　シークレットを、当該プラグインの入力領域にコピペすれば良い。

    設定項目は、以下の図のようなタグ(左側)がある。

    今回の作業で全体として分かったこと

    • Synology NASのメールシステム(SMTP)を使用できるようにするには、DNSの設定が完全でないといけない。
    • DNSの設定の検証には、MX TOOLBOXを使用できる。このツールは、Synologyサイトにも使用の記載があり、DNS, SMTP, MXなどをはじめ、サイトにおける多数のサーバーの設定の適切性を調べてくれる。
    • DNSの設定には、A RECORD, NS RECORDに加えて、メール配信に関わるMX RECORDの正しい記載が必要である。
    • 更に、近年のSPAMメール対策のために、多数の認証方法が取られており、SPF RECORDについても正しい記述が必要である。
    • 以上のように、SMTPを使えるまでには、まだ、知識・技術が不足している。今後の自助努力によるSMTPの設定の完了に期待する。時期バージョンのDSMにも期待。
    編集履歴
2019/12/14 はりきり(Mr)
2020/09/13 修正 (新しいくプラグインを変更したので、その記事への誘導、この記事は、Appendixほ保存するために、このまま維持する)
    (さらに…)
  • 今日の英語 – 「allocating」; 割り当て → 「aligning」; 整理は、セットで使えばロジカルシンキング [2019/12/11]

    今日の英語 – 「allocating」; 割り当て → 「aligning」; 整理は、セットで使えばロジカルシンキング [2019/12/11]

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    割り当てて、整頓する

    割り当てて、それを整頓する、というフレーズは、ロジカルシンキングになっています。考えれば出てくる理屈なので、ロジカルシンキングと単語を一緒に覚えるのが良いです。

    allocating : で割り当てて、aligningで整列させる

    allocating and aligning!
  • [Data Link] 緩衝液 (Buffer) – まれに中性域のバッファーとして使用される – HEPES buffer – ID4212 [2019/12/10]

    [Data Link] 緩衝液 (Buffer) – まれに中性域のバッファーとして使用される – HEPES buffer – ID4212 [2019/12/10]

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    HBS (HEPES-buffered Saline, ヘペス緩衝生理食塩水)

    リン酸カルシウム法でDNAを細胞に導入する際に用いる。
    以下では、2X HBS液の作成方法を示す。

    最終濃度　（2X HBS）
    NaCl  　　　               274 mM
    KCl            　　　           1 mM
    Na2HPO4·2H2O          1.5 mM
    D-glucose                   0.2 %
    HEPES             　         42 mM

    調整方法
    NaCl                           1.6 gram
    KCl                          0.074 gram
    Na2HPO4·2H2O        0.027 gram
    D-glucose                    0.2 gram
    HEPES                            1 gram
    0.5N NaOHで、pHを7.05に調節。
    H2Oで、100 mlにメスアップ。
    ろか滅菌後、小分けにして-20度で保存。

    備考
    より簡便な組成として、
    NaCl                           0.8 gram (140 mM)
    Na2HPO4·2H2O        0.027 gram (1.5 mM)
    HEPES                        1.2 gram (50 mM)
    もある。

  • [Bio-Material] GMP製造に使えるNucleaseの種類と価格 – ID3859 [2019/12/09]

    [Bio-Material] GMP製造に使えるNucleaseの種類と価格 – ID3859 [2019/12/09]

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    はじめに

    AAVベクターを製造する場合、宿主細胞の破砕によりDNAが溶液中に混入して溶液の粘度が上がり、取り扱いが難しくなってしまいます。

    その際、DNAを酵素で切断する工程を設けます。その酵素について、以下調査しました。

    DENARASE

    c-LEcta

    The Nuclease that cleaves all forms of DNA and RNA.

    Advertorial: Outstanding cGMP Enzymatic Technology in Purification

    Price :

    €290/100KU

    €890/500KU

    Benzonase®

    Merk Millipore

    Nuclease, Purity > 99%

    ¥29,100/10kU

    TurboNucleaseTM

    Accelagen

    $885/250KU

    編集履歴
    2019/12/09 はりきり(Mr)
    2020/06/25 文言整備
  • [用語] CAIA; Collargen Antibody—Induced Arthritis Model

    [用語] CAIA; Collargen Antibody—Induced Arthritis Model

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    CAIA

    CAIA; Collagen Antibody-Induced Arthritis Model

    Collagen Antibody-Induced Arthritis Model charles river

    関節炎誘導用モノクローナル抗体カクテル（C57BL/6用）

    collagen antibody-induced arthritis. (2006)

    総説 関節リウマチの動物モデル (2018)

    CIAI Chondrex Inc.