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  • [Vc] mRNAワクチンとは – Sanofi, Modernaなどが開発を進めている – ID15091 [2020/05/23]

    [Vc] mRNAワクチンとは – Sanofi, Modernaなどが開発を進めている – ID15091 [2020/05/23]

    mRNAワクチンとは

    mRNAワクチンは、核酸医薬であり、核酸のモダリティに分類される。モダリティは、手段を意味しているので、以下のようなものが考えられます。

    • 低分子合成品
    • タンパク質
    • 核酸
    • ウイルス (AAV, Lentivirus, Adenovirus)ベクター

    mRNAワクチンの優位性

    mRNAの優位性について、COVID-19ワクチンとしてTranslate Bio社とmRNAを使って共同開発しているSanofi社のサイトから引用 source

    • 核への侵入を必要とせずにタンパク質生産を開始できる
      • DNAワクチンの場合は、核に入って、mRNAに転写させる必要がありますが、mRNAは、細胞質内でRibosomeによってタンパク質への翻訳が可能です
    • 迅速な開発が可能
      • タンパク質ベースやその他モダリティよりは、IT技術を駆使できれば迅速な開発は可能と思われます
    • 非ウイルスを使用した低コストの製造と安全な投与
      • 従来の生ワクチンや弱毒ワクチンなどと比較して、全くの無生物であること、それらに比べれば製造ステップは少なくてすみます

    以下に、mRNAについて文献の内容から概説1)します。

    mRNAワクチンは、体内に直接投与する。mRNAはタンパク質をコードする核酸であり、細胞質内に入り込むことができれば、細胞の機能を利用して、コードしたタンパク質が作られる。しかし、RNAは非常に分解されやすいため、医薬品化を達成した品目はない。DNAでは、染色体への相同組換の危険性を伴うが、mRNAではその危険性は全くない。

    歴史的経緯

    核酸医薬としての最初の報告は、1990年のScience論文です。動物の骨格筋に投与した実験例は2つ実施されました。

    • プラスミドDNS (pDNA)
    • mRNA

    当初、適切な遺伝子導入試薬を使えば、培養細胞へのpDNAおよびmRNAを細胞に導入(in vitro)することができ、その結果、タンパク質を作らせることができた。しかし、動物の骨格筋への導入(in vivo)では、mRNAでは、タンパク質を作らせることができませんでした。その原因は、mRNAが生体内では、非常に不安定であるためでした。

    最近のmRNAに関する研究・開発の成果は、アメリカ、ドイツが中心のようです。日本も頑張って欲しいと思います。

    mRNAを医薬にするためには

    • ARCA法 (anti-reverse cap analogues)の開発*1)
    • コドン最適化
      • 世界は、ITを駆使している分野です。ITが弱い日本で勝機があるのか疑問です。
    • 免疫原性の制御 (メチル化核酸、シュードウリジン、などは、非開示のものも多い)

    *1) DNA鋳型としてmRNAが作られますが、次ステップのmRNAからタンパク質をつくるには、mRNA5’末端にcap構造が必要であるため、mRNAにcapアナログを付加しなければ、医薬品にはなりません。しかし、cap構造の人工的な付加は、効率が低く50%程度でした。更に詳しくは、別文献を参照2)のこと。次章で述べていますが、これまでの研究では、Capの不要化も検討されているようです。

    CleanCap Technology

    mRNAへのキャッヒング技術の1つ。自然免疫応答の回避にはキャッピングが必要です。ARCA法では、Cap 0構造であるためパターン認識受容体のRIG-Iに作用してしまう。一方、TriLink BIOTECHNOLGIES社の「CleanCap」では、Cap 1構造が付加できるためRIG-Iに作用せず、飜訳効率が高い
    翻訳効率を高める新たなキャッピング技術TriLink 社 CleanCap Technology – nacalai tesque -より

    編集履歴
    2020/05/03 はりきり(Mr)
    2020/05/15 追記 (moderna社が先行するmRNAワクチン)
    2020/05/23 追記 (CleanCap法)
    2020/09/29 追記 (モダリティ)
    2020/10/22 追記 (mRNAワクチンの優位性 ~ Sanofiサイトより引用)

    mRNA医薬の構造

    医薬品に仕上げるために行われた、重要な研究項目について、以下に示されています。図には、mRNA構造が示されています。翻訳領域であるORF3)と比較して、非翻訳領域である5’UTR, 3’UTRの配列4)の改変は、比較的自由度があります。

    1. 5’ Cap

    • Capの不要化
    • 5’Capの一般的な機能wiki
      • 核外輸送
      • 5’-3’エキゾタクレアーゼ抵抗性と分解抵抗性
      • 翻訳促進
      • イントロンのスプライシング促進

    2. 5’ UTR/3’ UTR

    • mRNA輸送・翻訳など

    3. DRF

    • 翻訳効率
    • 分解耐性

    4. Poly A

    • mRNA安定化

    5. mRNA全体

    • 免疫原性の低減化
    図1. 治療用mRNAの構造

    参考文献1), p.454参照。

    mRNA医薬の方向性

    mRNA医薬は、広義の遺伝子治療の範疇であるが、ホスト細胞のゲノムへの取り込みがないことは、大きなメリットである。そのため、比較的一般的な治療にも適用が考えられる。

    • ワクチン
      • Moderna (US)
      • BioNTech (ドイツ)
      • CureVac (ドイツ)
      • GSK
    • 非遺伝性の疾患全般
    • 加齢変性疾患
    • 外傷

    課題

    • mRNAワクチン
      • 皮下投与であるため高性能なDDSは必要ない
    • 標的細胞へのDDS
      • 脂質ナノ粒子 (LNP, 非開示): 炎症反応の惹起がある。
      • ポリマー粒子: 組織浸透性が優れている
    • 免疫反応の低減化

    ワクチン

    一般的に、DDS併用でない場合、免疫賦活化作用が十分ではない。部分的にmRNAの二本鎖構造にして、抗原提示能と免疫賦活作用を併せ持つmRNAの開発も行われている。

    mRNAワクチンで先人を切っているのは、米国のmoderna社です。詳しくは、以下の記事をご覧ください。

    がんワクチン

    • 液性免疫と細胞性免疫に適用可能
    • 2017年、BioNTechのメラノーマワクチン(new-antigen mRNAワクチン)
    • PD-(L)1阻害剤 (免疫チェックポイント阻害剤)との併用。BioNTechは、Genentechと共同で臨床試験実施。CureVacはEli Lilly, ModernaはMerckと併用の臨床試験を実施。

    一般治療

    • 成長因子 (overdoseが抑制できる)
      • VEGF mRNA (心虚血疾患、二型糖尿病皮下投与、アストラゼネカ)
      • 組織再生(徐放): 軟骨、椎間板
    • シグナル
      • 非分裂成熟細胞(脳神経系など)
    • 酵素
      • 遺伝性稀少疾患(酵素補充)
    • 膜タンパク質

    特許

    天然の核酸分子の配列では、特許は取れない。

    以上

    参考文献

    1) mRNA 医薬開発の世界的動向, 医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス

    mRNA 医薬開発の世界的動向, 医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス,PMDRS,50(5),242 ~ 249(2019)

    http://nats.kenkyuukai.jp/images/sys/information/20190717095649-6ABC2FA50410294C82EBEF7D74463510333BCF1FB717B3F864612BCB0CA9F6B2.pdf
    2) メッセンジャー RNA 医薬を実現する DDS 開発と疾患治療への応用

    メッセンジャー RNA 医薬を実現する DDS 開発と疾患治療への応用、Drug Delivery System 31―4, 2016

    https://www.jstage.jst.go.jp/article/dds/31/4/31_343/_pdf
    3) ゲノム解析とは

    ゲノム解析とは – nite – より

    ORFは、開始コドンと呼ばれる3塩基から始まり、終止コドンと呼ばれる3塩基で終わります。また、アミノ酸に対応するコドンも解読されており、ORFの推定はコンピュータを用いて行います。

    https://www.nite.go.jp/nbrc/genome/description/analysis2.html
    4) 非翻訳領域

    非翻訳領域 – wikipedia – より

    https://ja.wikipedia.org/wiki/非翻訳領域
    5) mRNAサーベイランスとは

    mRNAサーベイランスとは、大野研究室 分子細胞生物学 Cell Signaling – より

    http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~ohnos/research/mRNA.html
  • [用語] codon ; コドン – 遺伝子の構成要素はA,T,G,C、アミノ酸は3つの組み合わせ

    [用語] codon ; コドン – 遺伝子の構成要素はA,T,G,C、アミノ酸は3つの組み合わせ

    codon

    コドン(英: codon)とは、核酸の塩基配列が、タンパク質を構成するアミノ酸配列へと生体内で翻訳されるときの、各アミノ酸に対応する3つの塩基配列のこと wikipedia

    遺伝子は、A,T,G,Cで構成されており、3つの組合せでアミノ酸をコードしているが、アスパラギンはAAUかAACの組合せであり、2種類のコドンが存在する

    編集履歴
    2020/07/11 Mr.HARIKIRI

    [Vc] mRNAワクチンとは – Sanofi, Modernaなどが開発を進めている – ID15091 [2020/05/23]

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    [用語] codon ; コドン – 遺伝子の構成要素はA,T,G,C、アミノ酸は3つの組み合わせ

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    [Bio-Edu] RNA とは – mRNAはタンパク質を作る直接的な設計図 – その他 rRNA, tRNA – ID7254 [2020/01/15]

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    [Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 – [2020/06/13]

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    [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11]

    [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11] はコメントを受け付けていません
  • [Bio-Edu] RNA とは – mRNAはタンパク質を作る直接的な設計図 – その他 rRNA, tRNA – ID7254 [2020/01/15]

    [Bio-Edu] RNA とは – mRNAはタンパク質を作る直接的な設計図 – その他 rRNA, tRNA – ID7254 [2020/01/15]

    主なRNAは3種類

    • mRNA: messenger RNA
    • rRNA: ribosomal RNA
    • tRNA: transfer RNA

    DNAには機能領域、すなわち遺伝子配列を持っており、それを鋳型としてmRANが作られます。

    更にmRNAはタンパク質の鋳型となります。生体内での生物機能を果たすための最終形態である蛋白質をmRNAをもとにつくるということです。

    • mRNAの構造 : 5’末端非翻訳領域 – 翻訳領域- 3’末端-ポリA
      • 非翻訳領域は、翻訳効率に影響する
      • 翻訳領域は、効率的翻訳を狙うにはコドンの最適化が必要
      • 3’末端非翻訳領域は、安定性に影響する

    mRNAが鋳型として使われる場所は、細胞内のリボソームという機関です。

    リボソームはrebosomal RNA (rRNA)と呼ばれるRNAと蛋白質が結合した特殊な構造をしています。

    リボソーム RNA (rRNA) 転写調節機構の存在が明らかになってきており,rRNA は細胞内外の状態に応答して転写され,結果としてリボソーム量および細胞のもつタンパク質合成能が調節されています。

    このリボソームにmRNAが端から取り込まれて、3コドンごと読まれて、そのコドンに応じたアミノ酸をtRNAが運んできます。

    mRNAが、その情報を最後までリボソームにより読まれれると、アミノ酸が繋がった蛋白質が完成します。リポソームは、小胞体 (Endplasmi reticulumn)、特に粗面小胞体に付着(それを粗面と称した)して存在しています。

    編集履歴

    2020/01/15, Mr. Harikiri
    2022/06/14, 文言整備

    ウィキペディア-転移RNA より

    https://ja.wikipedia.org/wiki/転移RNA

    ヤクルト研究所 – リボソームRNA (rRNA, ribosomal RNA))

    https://institute.yakult.co.jp/dictionary/word_6697.php

    核小体・rDNA 構造とリボソーム RNA 転写 I―3 リボソーム RNA 遺伝子の転写調節, 2013

    http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2014/06/85-10-05.pdf

    [用語] RNA, tRNA, rRNA, etc. [Biotech] [2022/09/03]

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    [Bio-Edu] DNAとRNAの違い – レジメ – [2020/10/11]

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    [Bio-Edu] 各種RNAの生物学的な作用点のマップ – by Qiagen – ID9331 [2020/02/13]

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  • [Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 –  [2020/06/13]

    [Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 – [2020/06/13]

    ID2216

    遺伝子

    遺伝子組換え技術を知るには、遺伝子の知識が必要だ。基礎知識について以下記載した。

    遺伝子からタンパク質まで

    細胞核にはDNAがあり、その遺伝子が働く時、mRNAに変換されます。mRNAは、タンパク質の鋳型となってタクパク質が合成されます。

    • 細胞
      • {染色体;
      • chromosomes →
      • (unpackaging) →
      • Nucleosome structure (Histone + DNA; 構造を意味する = genome; 全遺伝子情報を意味する) →
      • スプライシング (必要な遺伝子のみを取り出す工程) →
      • gene (遺伝子) →
      • DNA(と呼び変える) →
      • (RNA polymerase, by Transcription )→
      • mRNA} → (核からmRNAが飛び出る)
      • mRNA →
      • 細胞質
      • 細胞質 {mRNA →
      • Ribosome (tRNAとAmino Acid, rRNA(ribosomal RNA), RibosomeはERに付着している )でタンパク質合成, by Translation ) →
      • protein →
      • ER; 小胞体 (folding, glycosylation ) →
      • Golgi body (de-mannosylation, fucosylation, galactosylation and sialylation) }

    遺伝子 (gene)はDNAであり、それを鋳型として転写酵素 (RNA polymerase)によりmRNAが合成される。RNAの場合は、構成ヌクレオチドは、DNAの場合の 「T」が、「U」に置き換わる。

    構成物質

    以下の示すヌクレオチドは、A(or U)はT、GはCと結合します。この相補性が鋳型となる基本機能となって働いています。

    DNAを構成するプリン塩基、即ちヌクレオチドは4種類

    • A アデニン
    • T チミン
    • G グアニン
    • C シトシン

    mRNAを構成するプリン塩基も4種類(AがUに替わる)

    • U ウラシル
    • T チミン
    • G グアニン
    • C シトシン

    コドン

    開始コドン

    一般的にメチオニン(AUG)が開始コドンである

    終止コドン

    対応するアミノ酸(とtRNA)が存在しないコドン。一般的に以下の3つがある。

    • UAA(オーカー)
    • UAG(アンバー)
    • UGA(オパール)

    翻訳の場所

    細胞内にあるリボソームの中でmRNAからproteinへの翻訳が行われる。

    希少なコドン

    プリン塩基(U, T, G, C)の3の組み合わせでコドンが作られます。最も多い種類のコドンで同じアミノ酸を作れたり、1つのコドンでしかそのアミノ酸を作れなかったり、アミノ酸によって異なっています。プリン塩基はコドンの原材料、コドンは、アミノ酸の原材料です。原材料は、生体に依存しています。原材料が枯渇することもあります。

    6種のコドンで作ることができるアミノ酸は、Arg, Leu, Ser, の3つです。この3種類のアミノ酸は、これらを作る原材料であるプリン塩基が枯渇しにくいと言えます。一方、生体には沢山必要としているとも言えます。

    一方1種類のコドンでしか作ることができないアミノ酸は、Metです。Metの場合は、枯渇しやすい/少量でしか必要でない、と言えます。

    残りのアミノ酸は、コドン種が2種類、3種類、4種類で作ることができます。

    まとめると、1種類、2種類、3種類、4種類、および6種類のコドンでアミノ酸は作られます。

    アミノ酸コドン

    厳密には、(mRNAの)コドンがアミノ酸なのではなく、コドンがアミノ酸に変換されることを意味します。コドンに相補的に一致するtRNAがアミノ酸を結合して連れてきます。これがアミノ酸への変換です。

    3文字記号1文字記号呼称 (link to wikipedia)コドン
    AlaAアラニンGCU、GCC、GCA、GCG
    ArgRアルギニンCGU、CGC、CGA、CGG、AGA、AGG
    AsnNアスパラギンAAU、AAC
    AspDアスパラギン酸GAU、GAC
    CysCシステインUGU、UGC
    GlnQグルタミンCAA、CAG
    GluEグルタミン酸GAA、GAG
    GlyGグリシンGGU、GGC、GGA、GGG
    HisHヒスチジンCAU、CAC
    IleIイソロイシンAUU、AUC、AUA
    LeuLロイシンUUA、UUG、CUU、CUC、CUA、CUG
    LysKリシンAAA、AAG
    MetMメチオニンAUG
    PheFフェニルアラニンUUU、UUC
    ProPプロリンCCU、CCC、CCA、CCG
    SerSセリンUCU、UCC、UCA、UCG、AGU、AGC
    ThrTトレオニンACU、ACC、ACA、ACG
    TrpWトリプトファンUGG
    TyrYチロシンUAU、UAC
    ValVバリンGUU、GUC、GUA、GUG
    開始コドンAUG、(AUA)、(GUG)
    終止コドンUAG、UGA、UAA
    https://ja.wikipedia.org/wiki/コドン#コドンはmRNA上にある

    遺伝情報の発現、転写と翻訳 ~ 転写 > なぜ直接DNAから蛋白質を作らないのか?

    https://www.nig.ac.jp/museum/genetic/03_c.html

    コドン – ウィキペディア より

    https://ja.wikipedia.org/wiki/コドン

    リボソーム - ウィキペディア

    https://ja.wikipedia.org/wiki/リボソーム

    DNAからタンパク質に変換

    以下の動画は、染色体のDNAがmRNAに変換され、細胞質にあるRibosomeというタンパク質でできた装置とtRNAによりタンパク質が合成される様をわかりやすく3D動画で説明されています。

    YouTubeより
    編集履歴
    2020/01/13 はりきり(Mr)
    2020/06/13 追記(希少なコドン)
    2021/10/30 文言整備

    [用語] RNA, tRNA, rRNA, etc. [Biotech] [2022/09/03]

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    [Bio-Edu] DNAとRNAの違い – レジメ – [2020/10/11]

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    [Bio-Edu] 各種RNAの生物学的な作用点のマップ – by Qiagen – ID9331 [2020/02/13]

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  • [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11]

    [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11]

    東大、3つの神経筋疾患に共通する異常なリピート配列を発見、創薬応用へ

    東大は、3つの神経疾患について、異常なリピート配列を発見した。

    異常なリピートは、非翻訳領域にCGGの3塩基からなる繰り返し配列の異常伸長であり、以下に示した3つの疾患に共通しており、別の疾患と考えられてきたこれらの疾患は、共通の繰り返し配列のリピートを原因とする疾患であることがわかった。

    • 神経核内封入体病(neuronal intranuclear inclusion disease:NIID)
      • 認知症などで知られている神経変性疾患。幼少期から高齢まで幅広く発症。
      • NBPF19 遺伝子の5’非翻訳領域に存在するCGG繰り返し配列の異常伸長を確認
    • 白質脳症を伴う眼咽頭型ミオパチー(oculopharyngeal myopathy with leukoencephalopathy:OPML)
      • 頭部MRI画像で神経核内封入体病に類似した大脳白質の異常を示し、加えて眼球の運動を司る筋肉、嚥下・発声を担う咽頭の筋肉、四肢の筋肉を侵す疾患
      • 解析の結果、LOC642361・NUTM2B-AS1という別の遺伝子に、同じCGG繰り返し配列の異常伸長が存在することを確認
    • 眼咽頭遠位型ミオパチー(oculopharyngodistal myopathy:OPDM)という3つの神経筋疾患
      • 眼球運動、咽頭、さらに四肢の遠位部の筋力低下が特徴的な筋疾患で、国が定める指定難病の一つである、遠位型ミオパチーに含まれる疾患
      • 前述の白質脳症を伴う眼咽頭型ミオパチーと筋の罹患部位の分布が非常に類似していることをヒントに解析した結果、LRP12遺伝子に、やはりCGG繰り返し配列の異常伸長変異が存在することを確認

    東大、3つの神経筋疾患に共通する異常なリピート配列を発見、創薬応用へ、日経バイテク, 2019/07

    https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/19/07/22/05843/

    これまでに得られている関連情報

    一般的にタンパク質への翻訳は,開始コドン(ATG)から始まる.しかし,特定の塩基配列の非常に長い繰り返し配列(リピート配列)が存在すると,開始コドンがなくても翻訳が生じることが2010年に実験的に確かめられ,repeat-associated non-ATG(RAN)翻訳と呼ばれるようになった.

    RNA翻訳, 2015, – 薬学用語解説-

    https://www.pharm.or.jp/dictionary/wiki.cgi?RAN翻訳

    「てんかんの新しい発症機構の解明 ―繰り返し配列の異常伸長によっててんかんが生じることを発見―」

    発表ポイント

    • 本邦に多く見られる、家族性のてんかんについて、次世代シーケンサーを駆使したゲノム解析によりその原因遺伝子として 3 遺伝子を発見
    • 発見した 3 つの遺伝子(SAMD12 遺伝子、TNRC6A 遺伝子、RAPGEF2 遺伝子)は、いずれの場合も、イントロン領域に存在する、TTTCA という繰り返し配列の異常伸長が、発症原因となっていることを解明
    • TTTCA 繰り返し配列の異常伸長が共通していることから、この異常伸長が直接てんかん発症の原因になっていると考えらる。神経細胞核内に TTTCA 繰り返し配列を有す る RNA の凝集体が観察され神経細胞の傷害に関与していると考えられます

    【記者会見】別々の3疾患に共通する原因がヒトゲノムCGG塩基の繰り返し配列の異常伸長であることを解明, 2019/07

    https://www.h.u-tokyo.ac.jp/press/20190723.html

    観想

    mRNAからタンパク質に翻訳している機関はRibosomeであるが、Ribosomeがエラーしていると考えられるのか疑問に残った。Ribosome自体の頑健性に関わっている可能性があるもあるかもしれない。

    2020/07/11 Mr.はりきり