MR.HARIKIRI-INSIGHTS

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  • 検索[する] – 色んな検索サイト – (プロテイン、図や写真、Googleトレンド、IPアドレス) – ID23 [2021/01/26]

    検索[する] – 色んな検索サイト – (プロテイン、図や写真、Googleトレンド、IPアドレス) – ID23 [2021/01/26]

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    • PDB : Protein Data Base, 3D structure of protein
    • shutterstock : 色んな図や写真
    • SlideShare : ネットでスライドをさがすのなら、スライド限定で発見できるこのサイトがお勧め
    • Googleトレンド : 時事
    • Google Ngrams :Google bookを元に、検索単語を抽出し年代別に発見頻度をグラフ表示する、わいひろ さんのblogより
    • Google Alart : キーワードを登録しておけば、gmailに連絡がくる
    • 確認くん：その使っているマシンのIPアドレスを教えてくれる

    FDA

    編集履歴

    2019/07/28 Mr. Harikiri
2021/01/26 追記(確認くん)
  • [Synology] NASのネットワークツールからWOLを発信してと思ったが、ルーターはRT2600acなので、iPhone用のアプリDS ROUTERの wake on LAN から自宅のPC/ビデオレコーダー等を起動する [2021/06/19]

    [Synology] NASのネットワークツールからWOLを発信してと思ったが、ルーターはRT2600acなので、iPhone用のアプリDS ROUTERの wake on LAN から自宅のPC/ビデオレコーダー等を起動する [2021/06/19]

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    概要

    出先から、自宅のルーターにスマホからアクセスして、ルーターが持つWOL(wakeup on LAN)の機能を使って、目的のMACアドレスのPCを起動する

    条件

    • ルーター : RT2600ac
    • ローカルネットワークにPC、その他機器
    • モバイルは、iPhone/iPadなど

    目的

    出先から以下の操作を可能にすることが目的です。

    • iPhone/iPadなどのMobile端末を使ってPCをWake Onして、PCのデータの参照
    • ビデオレコーダーに撮りためた番組を出先から見たい時に、その電源のON
    • ローカルLANにある機器の電源のON/OFF状態を知りたい時の確認

    方法

    1. Internet経由で、iPhoneのアプリからPCをWake Upする
    2. VPN経由を追加して、同様にWake Upする

    PCの設定

    出先からPCをWake Upするには、先ず、前提として、Wake Upが可能となるようPCのBIOS、ネットワークドライバを設定しておきます。その他の前提は以下の通りです。

    • DDNSによるドメイン名を持っていること
    • PCのBIOS, ネットワークドライバの設定がされていおり、ローカルでWake Upができていること
    • PCのネットワークカードの「MACアドレス」を調べておく

    iPhoneにツールをインストール

    • SynologyサイトのDS routerの説明 source
    • iOSアプリlink

    出先からのアクセス

    • DS routerを起動
    • ドメイン名を使ってログイン (2 factor認証にも対応している)
    • メニューの「Wake Up」を選択
    • 新規に追加するには、MACアドレスを登録する
    • 表示されている名前(MACアドレスも含む)をクリックして、Wake Upさせる

    ブラウザから

    ブラウザでRT2600acに接続して「ネットワークツール」を起動、Wake-on-LAN」タグを開く。

    • デバイスの選択または、MACアドレスで追加すれば、下のデバイス・リストに追加される
    編集履歴
2019/07/28 はりきり(Mr)
2020/04/16 大幅修正
2020/04/24 追記 (関連記事)
2020/06/25 文言整備
2020/08/09 追記(DS routerのSynologyサイトのリンク、iOSアプリのリンク)
2021/06/19,追記(Webブラウザからのコントロール、目的の追加)
  • [Synology] NASからexFATファィルフォーマットにアクセスするにはexFAT accessをインストール [2020/04/14]

    [Synology] NASからexFATファィルフォーマットにアクセスするにはexFAT accessをインストール [2020/04/14]

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    ID182

    exFAT Access

    「exFAT Access」アプリは、Linux系OSでexFAT形式のファイルフォーマットにアクセスできるようにします。

    Synology NASとWindowsとの間でファイルをUSBメモリーで共有する場合、Linux系とWindows系の間で共通にアクセスできる機能が必要です。

    そこで、Synology NASのパッケージ・リストにはexFATにアクセスするパッケージがリストされています。

    exFATファイルフォーマットは、最近のメディア事情に合わせて、長いファイル名やサイズが大きいファイルの読み書きができるフォーマットです。

    でも、exFAT Accessはフリーでないため、インストールするには、若干の費用が必要です。

    exFAT Accessパッケージの価格は、USD 3.99 (2020/01)。

    パッケージセンターからインストールしましょう。

    exFAT

    USB Copy

    「USB Copy」アプリは、USBメモリーをNASに挿すと自動認識してコピーを開始し、コピー後のソースファイルの削除設定も可能です。USB Copyは、パッケージセンターからインストールします。

    設定内容

    概要ページ

    タスク設定ページ

    コピー先の設定とコピー後に元ファイルを削除するように設定しました。

    起動時間ページ

    「USB/SDストレージデバイスが挿された時には、いつでもデータをコピーする」にチェックすると、自動的にコピーされるようになります。

    ファイルフィルタページ

    使用するファイルタイプを指定しておきます。

    メモリガードに撮りためたゲームの動画を定期的にNASに一時保管するために使用しています。

    まとめ

    WindowsやNintendo SwithcのSDカードをアダプターでUSB接続し、NASの指定フォルダーにファイルを一括コピーし、その後ソースファイルを消去して、SDカードをクリアにします。

    メモリーをNASのUSB端子に差し込むと、自動的に認識されコピーが開始されます。処理が完了すれば、アラームが「ピー」っと鳴り完了です。

    編集履歴

    2019/12/04 追記
2020/03/22 文言整備、記事の内容の見直し
2020/04/14 USB Copyの設定ページを追加
2021/01/05 文言整備
  • [Health] リウマチ診断 – ACPA（anti-citrullinated protein/peptide antibody）- ID1114 [2019/07/28]

    [Health] リウマチ診断 – ACPA（anti-citrullinated protein/peptide antibody）- ID1114 [2019/07/28]

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    CCP

    臨床では抗 CCP（cyclic citrullinated peptides）抗体が RA の診断において汎用されている

    参考文献

    1. https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsci/40/6/40_391/_pdf/-char/en
  • [GT] 現在の遺伝子治療の技術は目標半ば – その先の遺伝子治療技術 – ID1108 [2019/07/25]

    [GT] 現在の遺伝子治療の技術は目標半ば – その先の遺伝子治療技術 – ID1108 [2019/07/25]

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    ID1108

    遺伝子治療

    1. 遺伝子導入による治療

    正常な遺伝子をある細胞に補充して、正常な遺伝子によるタンパク質を体内で作らせることによる半永久的な治療法

    2. RNA編集による治療

    ゲノムから翻訳されたRNA段階での異常遺伝子を正常遺伝子に、そのRNAの寿命の期間一時的に正常にする治療法

    3. ゲノム編集による治療

    異常遺伝子を正常遺伝子に修正することで、これまでは異常な遺伝子による以上なタンパク質が作られていたものを正常な遺伝子による正常なタンパク質を作らせる治療法

    表1. 遺伝子治療技術の比較
    治療期待課題
    遺伝子治療安全性が高まってきた異常遺伝子は残る。正常遺伝子が組み込まれてる位置は制御できず、がん化の可能性がある。導入遺伝子の発現調節は困難。
    RNA編集
    ゲノム編集安全な位置への遺伝子導入が可能。異常遺伝子の機能消失が可能。プロモーターなどによる遺伝子の発現調節が可能
         		目的外の編集の可能性。騒動組換えの効率が低く、細胞選別が

    参考文献

    http://www.nihs.go.jp/mtgt/section-1/related%20materials/201606.pdf

  • [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11]

    [健康] 神経疾患(ミオパシー、てんかん)に共通する異常なリピート配列の発見 – リピート配列は開始コドンがなくてもたんぱく翻訳される – ID1093 [2020/07/11]

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    東大、3つの神経筋疾患に共通する異常なリピート配列を発見、創薬応用へ

    東大は、3つの神経疾患について、異常なリピート配列を発見した。

    異常なリピートは、非翻訳領域にCGGの3塩基からなる繰り返し配列の異常伸長であり、以下に示した3つの疾患に共通しており、別の疾患と考えられてきたこれらの疾患は、共通の繰り返し配列のリピートを原因とする疾患であることがわかった。

    • 神経核内封入体病（neuronal intranuclear inclusion disease：NIID）
      • 認知症などで知られている神経変性疾患。幼少期から高齢まで幅広く発症。
      • NBPF19 遺伝子の5’非翻訳領域に存在するCGG繰り返し配列の異常伸長を確認
    • 白質脳症を伴う眼咽頭型ミオパチー（oculopharyngeal myopathy with leukoencephalopathy：OPML）
      • 頭部MRI画像で神経核内封入体病に類似した大脳白質の異常を示し、加えて眼球の運動を司る筋肉、嚥下・発声を担う咽頭の筋肉、四肢の筋肉を侵す疾患
      • 解析の結果、LOC642361・NUTM2B-AS1という別の遺伝子に、同じCGG繰り返し配列の異常伸長が存在することを確認
    • 眼咽頭遠位型ミオパチー（oculopharyngodistal myopathy：OPDM）という3つの神経筋疾患
      • 眼球運動、咽頭、さらに四肢の遠位部の筋力低下が特徴的な筋疾患で、国が定める指定難病の一つである、遠位型ミオパチーに含まれる疾患
      • 前述の白質脳症を伴う眼咽頭型ミオパチーと筋の罹患部位の分布が非常に類似していることをヒントに解析した結果、LRP12遺伝子に、やはりCGG繰り返し配列の異常伸長変異が存在することを確認

    東大、3つの神経筋疾患に共通する異常なリピート配列を発見、創薬応用へ、日経バイテク, 2019/07

    https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/19/07/22/05843/

    これまでに得られている関連情報

    一般的にタンパク質への翻訳は，開始コドン（ATG）から始まる．しかし，特定の塩基配列の非常に長い繰り返し配列（リピート配列）が存在すると，開始コドンがなくても翻訳が生じることが２０１０年に実験的に確かめられ，repeat-associated　non-ATG（RAN）翻訳と呼ばれるようになった．

    RNA翻訳, 2015, – 薬学用語解説-

    https://www.pharm.or.jp/dictionary/wiki.cgi?RAN翻訳

    「てんかんの新しい発症機構の解明 ―繰り返し配列の異常伸長によっててんかんが生じることを発見―」

    発表ポイント

    • 本邦に多く見られる、家族性のてんかんについて、次世代シーケンサーを駆使したゲノム解析によりその原因遺伝子として 3 遺伝子を発見
    • 発見した 3 つの遺伝子(SAMD12 遺伝子、TNRC6A 遺伝子、RAPGEF2 遺伝子)は、いずれの場合も、イントロン領域に存在する、TTTCA という繰り返し配列の異常伸長が、発症原因となっていることを解明
    • TTTCA 繰り返し配列の異常伸長が共通していることから、この異常伸長が直接てんかん発症の原因になっていると考えらる。神経細胞核内に TTTCA 繰り返し配列を有す る RNA の凝集体が観察され神経細胞の傷害に関与していると考えられます

    【記者会見】別々の3疾患に共通する原因がヒトゲノムCGG塩基の繰り返し配列の異常伸長であることを解明, 2019/07

    https://www.h.u-tokyo.ac.jp/press/20190723.html

    観想

    mRNAからタンパク質に翻訳している機関はRibosomeであるが、Ribosomeがエラーしていると考えられるのか疑問に残った。Ribosome自体の頑健性に関わっている可能性があるもあるかもしれない。

    2020/07/11 Mr.はりきり

  • [Synology] NASの追加メモリ – WD Black SSD 製品の故障対応はこんな感じでした [2019/07/26]

    [Synology] NASの追加メモリ – WD Black SSD 製品の故障対応はこんな感じでした [2019/07/26]

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    ID1089

    はじめに

    DS918+にSSD cacheを2枚挿してRAID5の速度の効率化を測っていたが、ある時、1枚のSSDにエラーがあるとアラートが出ていた。Western Digital (WD)のサービスに電話連絡して説明して、交換してもらえることになった。

    今回のWDのサービスについて、その内容をここに残しておく。

    WDのサービスにコンタクトする

    ネットで検索して見つけたフリーダイアルに電話をして「NASに2枚挿ししていて、そのうち1枚についてNASから故障のエラーメッセージが出た」と伝えたところ、故障であることは間違いないので、5年保証は受けられるとのこと。製品の返品方法をメールで送ってくれた。

    送付先住所とそこを経由してマレーシアのセンターに送られるとの情報

    • トラッキング番号

    故障品を送る場合の梱包などについての注意事項

    SSDの返品

    SSD購入時のプラ容器に入れて、100円ショップで購入したCD保護用封筒に入れ、封書の裏表に適当に3ヶ所へトラッキング番号を記入してコンビニから東京の指定された三菱倉庫に送った1000円)。

    • CD保護用封筒　(100均)

    トラッキングの知らせ

    送付後、①返品製品の受領についてと、②代替の製品出荷についての2回のお知らせメールが届いた。

    • 返品製品の受領連絡
    • 代替品の出荷連絡

    到着

    ②の代替の製品出荷のメール連絡が届いてから数日、送ってから10日間程度で代替品が届いた。新品ではないようだが、使えればそれでよし。

    SSD交換は、以下のリンクをご参照ください。

    [Synology] NAS DS918+のcacheとして挿していた2枚のWestern Digital (WD)製SSDの内、1枚が不調になったので交換

    編集履歴
2020/04/24 文言整備
2020/07/26 文言整備
  • [ホテル] ザ リッツ・カールトン大阪でクラブラウンジを楽しむ – 本場イギリスを味わえるアフタヌンティー [2019/07/21]

    [ホテル] ザ リッツ・カールトン大阪でクラブラウンジを楽しむ – 本場イギリスを味わえるアフタヌンティー [2019/07/21]

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    The Ritz-Carlton Osak

    大阪にある高級ホテルとしては、リッツカールトンは1位、2位の有名ホテルです。建設から20年以上経過していますが、デザインが古式英国様式であるため、現在でも古さや陳腐化を感じさせず、私たちを迎えてくれます。何か大事な記念日などには、ゆっくりと宿泊して日常とは違う時を過ごしたいホテルです。

    チェックイン

    The Ritz-Carlton Osakaは、大阪駅の西に位置する縦に細長いホテルです。一階にロビーがあり一般客はここでチェックイン手続きを行います。

    一休.comのプラン(Stay at Ritz-Carlton クラブフロア)では、以下のようなプランになっている。

    チェックインは15:00からなので、15:00にチェックインすれば、アフタヌーンティーを頂けます。

    一泊プランなら翌日の11:00までがチェックアウトになるので、11:00までにチェックアウトを済ませれば、そのまま、お昼の軽食を頂き、ホテルを後にすることになります。

    ＜＜フードプレゼンテーションのご案内＞＞

    • 7:00 – 10:00 ご朝食
    • 11:00 – 14:00 お昼のご軽食
    • 14:30 – 16:30 アフタヌーンティー
    • 17:00 – 19:30 ご夕食前のオードブル
    • 20:00 – 22:00 ナイトキャップ（スイーツ）

    楽しみ方

    チェックインの後は、このままクラブラウンジでゆっくりしてもいいし、部屋に向かってもいい。クラブラウンジには、いつ行っても出迎えてくれるので、好きなドリンクやオードブルを楽しめる。

    クラプラウンジの広さは、70席程(4人掛けのテープが4-5つ)あり、中央には、デラックスなソフォーが円形で4当分に区分されてあり、1の区画に4名程度まで座れる．2名様でも、どちらでもどうぞ言われれば、臆せずチョイス。
    食事は基本的に軽食である。昼、アフタヌーン、夕、夜、朝と5種類の食事とドリンクが提供される。朝はおかゆなど一般的な日本の朝食、夜ピラフなども提供されるので、基本的にその他の食事として外食することもない。

    この記事を書いたのが、2019/7で行ってきた内容でしたが、その後、2019/12、2020/12にも、家族でこのプランを使って行ってきました。以下の関連記事もご覧ください。

    [ホテル] ザ リッツ・カールトン大阪でクラブラウンジを楽しむ – 本場イギリスを味わえるアフタヌンティー [2019/07/21] ID208

    2020/12は、コロナ禍であったことで、クラブラウンジでのビュッフェは無くなり、一品注文でしたが、いつもより高級な食材が使われたメニューであったことから、更に贅沢を感じられた。大阪で最も高級と思われるのは、St. REGIS OSAKAであることは、宿泊費から考えると疑う余地はないのですが、イギリス風の内装とその古さ感、調度品、などでは、贅沢をしている感覚を得られるのは、やっぱり、ザ・リッツ・カールトン大阪だ。

    [ホテル] 2020 – ザ リッツ・カールトン京都、The Lobby Loungeに行ってきた – ID13406 [2020/04/13] ID13406

    1Fロビーの暖炉の部屋

    1Fのロビーにある本物の薪暖炉
    調度品は、英国風

    クラブラウンジ

    クラブラウンジは、エレベータを出れば、その入り口が見えます
    クラブラウンジの天井
    クラブラウンジの中方にある丸ソファーの真ん中にある装飾品
    丸ソファーの周りにはテーブル席

    アフタヌーンティ

    英国様式のアフタヌーンティを頂きます。大阪では、これほど豪華なアフタヌーンティは、他にはありません。ゆっくりと楽しみます。

    Ritz AT
    Ritz AT
    Ritz AT
    Ritz AT

    軽食

    ディナーにはなっていませんが、十二分過ぎるメニューです。ブュッフェなので、好きなだけ頂けます。

    Ritz eat

    夜

    夜の時間帯には、お酒とオードブルが振る舞われます。ゆっこく過ごしてください。

    景色

    Ritz out
    Ritz out

    手見上げ

    毎年、特典付きのプランがあり、手見上げが頂けます。

    以上

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    [ホテル] ザ・リッツ・カールトン大阪 – クリスマスに行けば、聖歌隊の素晴らしい歌声を聴けるが、今年は静かに過ごした [2020/12/30]

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    [ホテル] ザ リッツ・カールトン大阪でクラブラウンジを楽しむ – 本場イギリスを味わえるアフタヌンティー [2019/07/21]

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  • [Bio-Edu] rAAV vectorの製造・品質に関するリフレクションペーパー – [2019/07/21]

    [Bio-Edu] rAAV vectorの製造・品質に関するリフレクションペーパー – [2019/07/21]

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    ID1065

    リフレクションペーパー

    リフレクションペーパーとは、その後成熟してガイドラインとなる。

    日本のpmdaは、遺伝子治療用製品についてのリフレクションペーパー(総19ページ)を発行した。

    参考となる欧米ガイドライン

    Guideline on the quality, non-clinical and clinical aspects of gene therapy medicinal products – 22 March 2018 EMA/CAT/80183/2014 – EUROPEAN MEDICINES AGENCY –

    1. Draft at April 2014
    2. Adoption by CAT at February 2018
    3. Adoption by CHMP at March 2018

    https://www.ema.europa.eu/en/documents/scientific-guideline/guideline-quality-non-clinical-clinical-aspects-gene-therapy-medicinal-products_en.pdf

    EMA, 2011, 遺伝子治療用製品の設計変更

    FDA, 2018, 遺伝子治療用製品の製法変更を含めた考え方をしめしたが、基本的にはバイオ医薬品のICH Q5Eに沿った同等性評価を求めている。

    • ベクターゲノムのIntegryty
    • ベクターの翻訳後修飾
    • 安全性評価: 感染細胞での持続発現性
    • カルタヘナ対応

    ispe.gr.jp – EMAからの最新のガイドライン

    https://www.ispe.gr.jp/ISPE/05_fda_issue/05_08.htm

    Cellular & Gene Therapy Guidances

    関連のガイダンスが1998年から最新の2020までが収録されている

    1. Vectorに関して3件
    2. 製造関連で2件
    3. Human Cellに関して3件
    4. その他

    https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/biologics-guidances/cellular-gene-therapy-guidances

    編集履歴

    2019/07/21, Mr. Harikiri

  • [Edu] AAVウイルス感染のメカニズム – ID1039 [2019/07/20]

    [Edu] AAVウイルス感染のメカニズム – ID1039 [2019/07/20]

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    AAVおよびAAVベクターの特徴

    • AAV(アデノ随伴ウィルス)はパルボウイルス科(Parvoviridae)のデペナドウイルス属(Dependovirus)
    • 直径20nm直径
    • 32個のカプソメアからなる正20面体の粒子構造
    • エンベロープを持たない1本鎖DNAウイルス
    • AAVベクター*1は，染色体への組込みは稀
    • 非分裂の細胞にも効率に感染可能
    • 重複感染が可能
    • ヒトやサルから100以上のAAV型が発見
    • ヒト成人の85%でAAVに対する抗体を有する
    • ヒトへの病原性は証明されていない．
    • AAVはアデノウイルスとの間でDNA塩基配列の類似性はない．
    • 自立で増殖できない
    • アデノウイルスをヘルパーととして，共感染状態で増殖できる
    • 変異原物質存在下で宿主細胞が同調分裂を行う条件下では自立増殖できる．
    *1 : 人工的にAAVウイルスの殻を作り、そこに目的遺伝子と機能性遺伝子を封入した人工のAAV(recombinant AAVともいう)

    感染の順序

    1. 宿主細胞の表面にあるレセプターにウイルスが吸着
    2. 細胞内への侵入
    3. (上記1、2の説明)細胞との接触
      • 融合型
        ウイルス・エンベロープが宿主細胞膜と融合し、粒子内部のヌクレオカプシドが細胞質内に送り込まれる膜融合タイプ(エンベロープを持 つウイルス)
      • 貪食型
        宿主細胞の飲食作用(エンベロープを持たないウ イルス)
      • バクテリオファージ型
        吸着したウイルス粒子の尾部にある管を通しての移動
      • カプシドごと細胞内に侵入
    4. カプシドが分解
    5. 核酸が宿主細胞質に遊離
    6. 核酸の複製とウイ ルス・タンパク質の合成は、基本的には別々に行われる
    7. カプソメアが核酸を包み込みカプシドを形成し、ヌクレオカプシドが作られる
    8. 出芽や宿主細胞が死ぬことにより、宿主細胞外に放出

    Refference : https://www.chem-agilent.com/stratagene/strategies/pdfs/19.3/Strategies%20Vol.2%20No.3_p8.pdf

    編集履歴

    2019/07/20, Mr. Harikiri