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  • 蛋白質の精製装置とその精製  [2019/08/25]

    蛋白質の精製装置とその精製 [2019/08/25]

    蛋白質精製装置の歴史

    もう40年も前から蛋白質の精製装置は開発されている。当時はPharmaciaという社名の企業で市販されていたFPLCという装置が有名だった。

    今では、Pharmaciaの社名なくなり、GE Healthcareに変わっていて、精製装置のブランド名は、AKTAになった。

    GE Healthcareは、今年中には、GEの業績が不振なことから放出されて、別会社の子会社となるようだ。

    引用元 : https://www.gelifesciences.co.jp/newsletter/biodirect_mail/technical_tips/tips60.html

    蛋白質の精製方法

    一般的に蛋白質は、熱や有機溶剤に弱く、変性してしまうため、有機化合物のようには精製できない。

    蛋白質の精製では、水溶液状態を維持しながら精製工程を進めて純度を上げていく必要がある。

    そこで、液体をハンドリングする液体クロマトグラフィーであるFPLCやAKTAの出番となる。

    精製装置の原理

    蛋白質の精製とは、液体をどうコントロールするかということであり、言い換えるとその液体組成のコントロールをいかにするかに尽きる。

    主要な溶液組成は、塩濃度を表す電気伝導度 (conductivity)とpHの2つが基本となる。

    これらの組み合わせを作り出し、精製の舞台となる担体という場で蛋白質の精製を行う。

    担体の選択

    担体とは、蛋白質と相互作用がある樹脂と定義できる。

    担体は、通常ビーズ状でありその大きさは50~100μmφ、樹脂(Resin)ともいう。

    粒子であるため、粒子と粒子の間に水分を濾(こ)すことができる。

    具体的には、ガーゼのようなもので樹脂を捕捉し、水分と分離させる。

    実際には、樹脂より小さい網目のハードメッシュを円筒の上下につけて樹脂を挟み込んでカラムという筒に充填し、このカラムの片方から液体を流し、もう一方から液体を出すという原理で、担体を使用する。これをクロマトグラフィという。

    樹脂(resin)といっても、昔は天然の素材からつくるセルロース系しかなかったが、今日では、合成樹脂(ビニル系など)が使われる。

    精製をしようとしている目的蛋白質と不純物質(木吹物質の分解物や重合物、原料上混入してくる産生細胞由来のDNA,細胞成分など)を担体との相互作用によって分別する。

    担体は、以下の種類のものを選択する。1種類の担体での精製では不十分であるため、相互作用が異なる単体を選択する。多くても3種類の担体が使用される。

    担体の種類

    先ず、陰および陽の電荷を持つイオン性のリガンドと呼ばれる低分子化合物を担体に結合させているイオン交換体があげられる。

    これらの担体には、親水性の素材が通常使われている。

    次に、電荷を持たないが、疎水性の担体がある。これらの担体の性質を併せ持つマルチモーダルな担体もあり、昔らか高度に精製したい場合に、使用されていたハイドロキシアバタイト(リン酸カルシウム塩: HA)は、今でも高度なタンパク精製に使用される。

    更に、目的蛋白質と強い特異性で結合できるリガンド分子を担体に結合させたアティニティ担体がある。

    アフィニティ担体として、一般的に良く知られているのが、Protein A担体である。血漿分解由来の凝固系蛋白質は、ヘパリンに親和性を持つものがおおく、ヘパリン担体もアフィニティ担体と呼ばれる。

    蛋白質精製装置で目的蛋白質を精製する

    通常は、蛋白質精製装置(AKTAなど)を使用してカラム・クロマトグラフィーを行う。

    また、カラム・クロマトグラフィー工程のつなぎの工程として、UF/DF処理、沈殿化処理、ウイルス除去フィルターろ過なども実施される。

    編集履歴

    2019/08/25 記載
    2020/02/01 改定(個別の工程の説明を分離しそれぞれ個別に説明)
    2020/02/18 文言整備、Desktopでは2カラム化(右にフローチャート配置)
    2020/10/04 体裁変更
  • [YouTube] History of Mr.Harikiri’s YouTube channel [2019/08/25]

    [YouTube] History of Mr.Harikiri’s YouTube channel [2019/08/25]

    2019/08/25, Mr.Harikiri’s channel of YouTube opened. 1st uploaded the movie: Disassemble of mouse derived from WACOM pen-tablet

    Reference of procedure from: https://affiliate7.jp/youtube/2799/

    1. YouTubeアプリからLogin
    2. Channel作成
    3. Uploadクリック
    4. 画像選択
    5. タイトルと説明の入力
    6. 公開範囲の設定
      • 設定 → プライバシー → “非公開条件のOn/Off”
    7. Upload実行
  • [WP] WordPress/robots.txtの設定が不良で新版Google Search Consoleで”ブロックされている”と表示される件 [2019/08/24]

    [WP] WordPress/robots.txtの設定が不良で新版Google Search Consoleで”ブロックされている”と表示される件 [2019/08/24]

    robots.txtの問題

    自前のSynology NASにWordPressを立ち上げている場合で、SEO pluginにrobots.txtを設定しているにもかかわらず、Google Search Consoleでrobots.txtでブロックされている、と警告が出ていた。

    この問題は、約半年の間冷やしたり、温めたりして、問題解決を素人なりに模索していました。

    当サイトの場合、以下のアドレスを表示させるとrobots.txtの内容が確認できるらしい事がわかったので、以下のアドレスをChromeで表示してみました。

    結果は、正にブロックされていることが分かりました。「Disallow: /」がそれです。ルート以下が許可されていませんでした。

    https://harikiri.diskstation.me/robots.txt

    User-agent: *
    Disallow: /

    ですが、当サイトでは、もう一つ下の階層”myblog”にblogを設置しているので、Chromeで以下のアドレスを表示してみたが、ファイルが無いと吐かれました。

    注意

    この記事を書いている時期は、サプディレクトの「myblog」以下にサイトを構築していました。2020/04現在では、Redirectionプラグインで、このサブディレクトは、必要なくなりました。
    https://harikiri.diskstation.me/ でOKです。

    https://harikiri.diskstation.me/myblog/robots.txt -> “ファイルがない、とのメッセージ”

    以上の結果は、All in One SEOで設定した内容が、なぜか何処にも正しい設定内容で、且つ、正しいフォルダ位置に反映されていないという事です。

    自前でrobots.txtを用意

    仕方がないので、robots.txtを自前で用意して、今は分からない何処かのフォルダーに設置するこにしました。

    1. アクセス権が正しい「robots.txt」雛形ファイルを作る

    自前で保管する場合、心配になるのがアクセス権の設定です。この問題は、WordPress用のPluginであるYoast SEOを使用しましたた。robots.txtを記述して保管する機能があります。

    その後、Yoast SEOは役割を終えましたので停止させました。

    2. robots.txtを配置する

    作成したrobots.txtは、ルート以下「/」と、サブディレクトリ以下「/myblog/」に作成した同じrobots.txtファイルを配置しました。後から不要な一方は削除する予定。

    3. Googleにクロールさせる

    色々ググってみると、旧版のGoogle Search Consoleなるものがあって(新版Google Search Consoleの左メニューの一番下に「以前のバージョンに戻す」があり、これが旧版)、そこには、左メニューに「クロール」-> robots.txtテスターなるものがあります。

    これを使用して、以下、robots.txtの内容をGoogleに知らせることができます。更に、新版からインデックスできるように設定することができました。

    インデックスの試行錯誤は、以下の試行錯誤を行いました。

    4. robots.txtの解決

    編集

    以上のように、当サイトには2つのフォルダにrobots.txtが存在する状態で、以下の旧版Google Search Consoleを使用して問題解決を進めた。

    旧版Google Search Consoleのrobotsテスターでテストする場合,実サイトには修正したrobots.txtを配置しているのに,再読み込みをしてくれない。よって,robotsテスターを実行しても、以前の内容のままなのでエラーになる。

    そこで,旧版Google Search Console -> クロール -> robots.txt -> “robots.txtの内容が表示される”。この内容を直に編集する。横にあるリンク”公開済みのrobots.txtを表示する”で実サイトのrobots.txtの内容を表示できるので、この内容をコピぺしてもいい。

    送信

    その後、送信ボタンを押すと、ダイアログが表示される。以下の”3. Googleに更新リクエスト”について送信ボタンを押す。

    1. 更新されたコードのダウンロード

    2. アップロードされたバージョンを確認

    3. Googleに更新をリクエスト

    ダイアログの✖️でダイアログを消し、その下のテスト・ボタン(Googlebotを選択した状態)を押す -> テスト・ボタンは”許可済み”の表示となる。

    5. URL検査

    新版から”URL 検査”を実行すると,これまでは,15秒程度で”robots.txtがブロックしている”とのエラーが出ていたものが,今回の操作のあとは,検査の実行後に、その結果が返ってくるまでの時間が、明らかに伸びてインデックス処理をしている感触があった。その結果、以下のように、半年間進展がなかった懸案が、以下、表示されたように進展をみることができた。

    新版Google Search Console -> URL検査 -> サイトのアドレスを入れて、実行

    ✅URLはGoogleに登録できますが、問題があります・・・”やっと登録できた。うれしい^^”

    ✅登録の可否 : URLはインデックスに登録できます・・・”やったぞ,やっとだ.やってやった”

    その後、「インデックス登録をリクエスト」を実行した。しばらくすると、上記の表示は以下のように変化した。

    ✅URLはGoogleに登録されています。・・・”あはぁ”

    ✅カバレッジ: インデックスは登録されましたが、サイトマップに送信していません”・・・”もうすこしだ”

    以上で,Robots.txt問題は,とりあえず次のステップへと進む.

    to be continue.

    編集履歴

    2019/08/24 Mr.Harikir
    2020/04/24 文言整備
    2020/10/04 編集履歴追加 (読み返して、GoogleにIndexできたのが、2019/08/24であったことを思い出した。それまで6ヶ月は泣かず飛ばすで、誰も訪問者が来なかったことを思い出した)
  • [Trip] みたらし子餅、は大阪のお土産 – ID1442 [2019/08/24]

    [Trip] みたらし子餅、は大阪のお土産 – ID1442 [2019/08/24]

    なぜ、東京にいったのに大阪のお土産をかってくるの?

    あは、美味しそうだったからだよ。

  • [Life] 生駒山上遊園地90周年記念 令和元年 ファイヤーイリュージョン (夏花火) – 毎年行っています – ID1208

    [Life] 生駒山上遊園地90周年記念 令和元年 ファイヤーイリュージョン (夏花火) – 毎年行っています – ID1208

    2019/08/08 大阪と奈良の県境による生駒山上遊園地には毎年花火を見に訪れる。今回もまたやってきた。

  • [食] 中華料理 東天紅 (大阪 天満橋OMM店) – 見晴らしがいい – ID1420 [2019/06]

    [食] 中華料理 東天紅 (大阪 天満橋OMM店) – 見晴らしがいい – ID1420 [2019/06]

    東天紅

    大阪城公園に隣接するOMMというビルがあります。大阪マーチャンダイズ・マートです。

    このビルにある高級中華料理店ですが、ランチはお手頃でいただけます。

  • ワコム・ペンタブレットに付属のマウスを分解する – ID1384 [2019/08/19]

    ワコム・ペンタブレットに付属のマウスを分解する – ID1384 [2019/08/19]

    分解してみる

    昔のPCの画面の表示解像度もマウスの移動解像度も非常に低い頃のはなし。

    PCよりば、分解能が高いと思われたワコムのペンタブレットを後生大事に残しいたが、見当たったのは、付属のマウス。。分解してみた。

  • [Gear-Soft] Flexcil – iOSアプリ – 学生における勉強、仕事での資料のまとに活躍するPDFファイルを素材にしてノートを取れる学習ツール – 電子ダイアリーにも使用可能な応用も [2021/01/23]

    [Gear-Soft] Flexcil – iOSアプリ – 学生における勉強、仕事での資料のまとに活躍するPDFファイルを素材にしてノートを取れる学習ツール – 電子ダイアリーにも使用可能な応用も [2021/01/23]

    Flexcil

    PDFファイルを素材にしてラインマーカーやフリーハンドで追記すると共に、学習帳にも同様に記載することができ、更に、PDFと学習帳が連携しているという、非常に効率的な作業が可能なiPad用のアプリです。

    Flexcil2への無償アップデートが2021/01末日まで実施されています。この記事は、Flexcilなので操作方法は若干異なる部分がありますがご了承ください。

    Flexcilの応用

    ダイアリー/カレンダー (New)

    PDFファイルを読んでノートを取るという基本とは別に、Flexcilのサイトに応用編が投稿されています。PDF化された年間手帳やカレンダーをFlexcilに読み込んで、手書きの手帳やカレンダーにする応用です。僕は、富士通のScanSnap(A4両面スキャンが可能で読み取り速度も相当早い、これは名機ですよ!)を持っているので、手帳を買ってきてPDF化すれば、Flexcilに落として電子ダイアリーにすることは、すぐにできます。いずれ試してみても良いかと思います。詳しくは、Flexcil Siteここをご参照ください(2021/01/23 by Mr.Harikiri)。

    Flexcilの機能概要

    PDFファイルへのラインマーカー付け、ある領域の文章をPencilで切り取って”学習帳”へ貼り付けたりして、学習帳を作っていく一連の学習をサポートしてくれます。

    学習帳では、アプリ内に保管したPDFとのリンクを作リます。結果的に、Flexcilに保管した複数のPDFと学習帳は、シームレスに相互参照できるようになります。これが、Flexcilの最重要機能です。

    • PDFとスタディノートのシームレスな編集
      • PDF内の検索はできるが、スタディノート内の検索はできない
      • ラインマーカー
      • ペン
      • テキスト入力
      • PDFファイルからスタディノートに貼り付けた領域は、それぞれから相互リンクされているので、それぞれからジャンプ可能
      • 写真の貼り付け
      • 定規及び三角定規による直線及び連続直線の描画
      • フリーハンド描画
      • 消しゴム

    annotationアプリ

    [今は昔] iPadのPDFにannotationするアプリは、色々と使ってみましたが、iPadはPCと違って、やはり処理能力は劣っています。

    それを前提にすると、直接PDFをいじるAdobeのAcrobatのように処理するのは、iPadでは役不足でした。

    • [今は昔] iAnnotate: 好きなアプリでしたが、開発者は、アプリの機能について迷走した挙句に、上記の理由で数年前の一時期チープな機能に落ち着いてしまいました。iPad Proも無かった当時では、志(こころざし)は、高かったものと称賛します。現在のバージョンでは、機能も性能も安定しています。

    Flexcilの開発アプローチ

    Flexcilは、PDFの機能を直接いじるアプローチではなく、ノートを取るというアプローチを採用することで、快適な操作性を提供してくれます。

    Flexcilの機能詳細

    以下は、PDFファイルとノートの連携の仕方です。

    1. PDFファイルのある領域のテキストを枠で囲って、それをノートに貼り付ける。貼り付けられたノートのその領域をPencilでセレクトすると、元のPDFファイルのその場所に飛ぶ
    2. PDFファイルのあるテキストや図などある領域をラベルして注釈に保存、注釈をタップすれば、PDFファイルのページにジャンプ
    3. PDFファイルのあるテキストや図などある領域をノートに転記、その転記位置から印をタップすればPDFファイルのページにジャンプ
    4. 複数のPDFファイルを一つのノートにまとめることができる。当然、ノートからのジャンプはそれぞれのPDFに可能。
    5. etc.

    バックアップ

    新しくiPadを購入した場合に、旧iPadに保存してあるFlexcilのデータをバックアップします。

    • 旧iPadで操作する
    • 設定 → バックアップ&リストア → バックアップ → (全てのファイルの前処理) → 保存先指定(icloudなど) → (保存) -> 完了

    リストア

    FlexcilのデータをリストアしたいiPadから以下を操作してデータをリストアします。

    1. iCloud (左タグにある) → 保存先 → 雲マークのバックアップファイルを選択 → Flexcilのシステムに取り込まれる
    2. 設定 → バックアップ&リストア → 元に戻す → 取り込まれたバックアップファイルがリストされる → 所望のバックアップファイルを選択 → 実行する
    3. “PDFs”を開くと、パックアップしたファイルが見られます
    4. “スタディノート”を開くと、作成した学習帳もリストアされています

    具体的な操作方法

    初期メニューのアイテム

    ファイルを開いた直後の初期メニューは、下図のようになっています。

    ファイル閲覧

    • WebDAVもサポートしています。
    • ⚙マークは、各種設定ができます。

    ⚙(設定)

    • アプリ設定 : ファイルのエクスポート形式の設定
    • クラウド設定 : Dropbox, Google Drive, OneDriveおよびWebDAVのコネクション設定
    • バックアップとリストア : 前述の項を参照
    • 情報
    • ヘルプ
    • 意見 : メールで意見

    最近使用したファイル

    ノートマーク

    • ノートマークでノートの表示/非表示
    • 実際のノートの様子

    ペンを出す

    メニューバーの中央部をタップすると操作パネルが出てくる

    ペン・メニューの基本操作

    • ペンアイテム : フリーハンドで描けるペン各種
    • 「+」 : ペンを追加する
    • 「V」: ペンの削除
    • 消しゴム : ペンで書いたものを消す
    • 定規 : 直線を引く(ガイドが現れる)
    • 三角定規 : 直線で多角形を描く

    右側のメニューの基本操作

    初期メニューの状態

    • 検索 : PDFファイル文書内の検索を行う
    • 表示の設定 : 操作中の表示の設定画面を表示する (下図、中央)
    • すべてのヒント : Flexcilの操作に関するヘルプ画面を表示する(下図、左)。閲覧状況をパーセントで表示されている
    • ページ : PDFファイルの各ページのサムネイルを表示する(下図、右)

    ノートを取る基本操作の概要

    • PDFファイルをFlexcilにダウンロードする
    • PDFファイルを開きある場所にラベル付けて、注釈にリスト化する
    • 同様にしてPDFファイルのある場所をノートに貼り付ける

    ノートを取る操作の例示

    まずは、PDFファイルを開く

    学習するときの基本操作の概要

    • ノートからは、ノートした内容を学習しつつ、不明な点がでてきたら、そのラベルをタップしてPDFファイルを開く。
    • 注釈からは、PDFの目次から必要な箇所を探すことができる。ノートにとっている場合、注釈をタップしてPDFファイルを開いたり、ノートを開いたりして、内容を確認できる。もう一度タップすれば、ノートをとっている場合、ノートのページを表示できる。
    • PDFファイルからは、ラベルした印をタップすると、ノートに貼り付けている場合、そのノートのページが現れる。とったノートの内容を確認できる。
    編集履歴
    2019/08/19 はりきり(Mr)
    2019/12/25 追記(具体的なノートの取り方)
    2019/12/29 追記(機能について)
    2020/03/07 追記(iAnnotateについて、現在のVersionで図を増やして解説)
    2020/08/02 追加 (機能概要動画)
    2020/09/03 文言整備
    2021/01/23 追記 (ダイアリー/カレンダーにする)
  • [Trip] 盆休み最後の日、アサヒビール大山崎山荘美術館に行ってきた [2019/08/18]

    [Trip] 盆休み最後の日、アサヒビール大山崎山荘美術館に行ってきた [2019/08/18]

    アサヒビール大山崎山荘美術館

    京都の天王山

    JRでも阪急電車でも、大山崎駅から山に向かって歩くこと10分程度。車ならJRの駅近くにタイムズ(800円/日)がある。

    アサヒビール大山崎山荘美術館

    ミロ展

    ミロ展があつた。ジョアン・ミロは、抽象絵画やブロンズ彫刻などの作品がある。

    ブロンズ彫刻

    プロンズ彫刻は、最終的に鋳造所製作しないといけないようだ。石膏鋳型を焼いたり、溶かした銅を流し込んだりと個人では難しいためのようだ。作品には、作成した鋳造所の銘が打ってあることもあるとのこと。

    プロンズ像の作り方

    展示していた説明を何度も読み込んで記憶して以下、プロンズ像の作り方を再現してみました。色々と作り方はあるようです。

    モチーフ(粘土造形)にゼラチンを薄く塗り固め、その上から石膏で固める。これを半分に割って、モチーフを取り除き外型を作成する。外型にロウを塗り固める。ロウの厚みがプロンズ像の厚みになる。釘や針金で後で流すプロンズの流路と外型と内型の補強をする。ロウの上に石膏を流し固める。これを焼くことでロウを流し除去すると同時に石膏をより硬くできる。できた型を地面に埋めて、高温に熱して液状になったプロンズを流し込み冷やす。取り出し型を砕く。プロンズを磨き染色する。染色には賞賛カリウムなど、仕上がり(色など)に応じて薬剤が使い分けられる。

    抽象絵画

    ミロの抽象絵画は良さは、僕でも良さがわかる。特に単純な色合い且つ単純な幾何学がいい。

    地中展

    地下に降りる階段があり、そこには、数展の絵画が展示されていた。有名な絵描きの作品が1点ずつ。ピカソ、ルノアール、モディリアーニ、モネ、など。お帰りはエレベータでどうぞ。

    喫茶

    2Fにある喫茶には、テラスがあり、この辺りの盆地を見渡せるようだが、今回は、テラスには出なかった。暑かったしね。おススメは、リーガロイヤルホテル監修のデザートだよ。アサヒビールの初代社長である山本為三郎が創立したホテルですよ。

    オルゴール

    喫茶の前にあるPolyphon製の大型円盤オルゴール(Mikado)が毎時に演奏される。Polyphon社は、3大オルゴールメーカーらしいです。今回は、14:00の演奏を聴いた。スタッフさんが毎時やってきてスイッチを入れてくれる。

  • [Gear] PC用ファンコントローラに4台のファンを接続しても、安定回転させるためにコントローラの筐体に穴を開けて放熱処理を行う – ID1296 [2019/08/17]

    [Gear] PC用ファンコントローラに4台のファンを接続しても、安定回転させるためにコントローラの筐体に穴を開けて放熱処理を行う – ID1296 [2019/08/17]

    NASを外からファンで冷やす

    IOデータの初心者用の低級NASであるROCK DISKの冷却や、外付けHDDの冷却、ネットワークハブの冷却に200mmのPC用ファンを使用しています。ROCK DISKはNEXT版も含めて最大で8台、合計で9台を設置していました。現在では、故障して使えなくなった2台を引いて7台あります。ROCK DISKはファンがありますが、ROCK DISK NEXTにはファンがないため結構熱を貯めます。これらを冷やすためにPC用の大型ファンを使っています。
    構成は、以下のA、BおよびCのコントローラとファンです。

    ファンコントローラは低速では不安定

    当初、200mmファンを一台(C)をコントローラーで管理していた時には問題はありませんでした。しかし、その他の発熱装置を冷やすために、3台を増設(B)した途端、LEDの発行が定期的に強弱するという不安定な状態になったのでした。ファンの回転速度は、省エネを考慮したいので出来るだけ低速に設定しています。おそらく、高速回転では問題は生じないのでしょう。ファンコントローラの電子回路は、いたって簡単に作られているものがほとんどで、ボリュームとOPアンプ程度の部品が並んでいるのが見て取れます。まあ、安定化させるような高級な回路を望むのは野暮でしょうね。
     

    コントローラー自体を冷やす

    コントローラを触ると結構な熱を持っていたので、それが原因で電圧が安定しなくなっているのではと考えました。そこで、単純に筐体にドリルで穴を開けて、そのファンの風を当てることにしたのでした。
     

    穴をどこに開けるか

    写真のように縦に置きたいが、とりあえず面積の多い両側面に穴を開けました。熱は下から上に上がるので、更に上下の面(面積は小さい)に出来るだけ穴を開けました。結局四方に開けるということです。

    ファンの風向き

    パイプラックの天板は、5mmΦの棒による格子になっているので、この天板にファンを取り付けています。下から上向きになるようにファンを設置して、その天板の上にコントローラーを置きました。したがって、風は、コントローラーの下の穴から入って上の穴、その前に側面の穴から出て行くはずです。

    結果

    4台のLED付きファンのLEDが規則的に、その光を強弱していたが、その不安定現象は見られなくなり、熱による電圧の不安定性は改善したと考えられました。

    コントローラーを触っても熱はだいぶ低くなっているのがわかりました。低速改定でも非常に安定しているようです。

    材料

    • DC 12V ファンコントローラー LED 3.5インチベイ、1台 (4台コントロールツマミ)
    • 商品名:Novonest 200mm 冷却 PCケースファン 青いLED 超静音タイプ【P200BE】、3台 x 1,380円
    • その他、200mm 冷却 PCケースファン、1台
    2019/08/17