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  • [Virus-Edu] 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の感染機序 [2020/07/27]

    [Virus-Edu] 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の感染機序 [2020/07/27]

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    はじめに

    コロナウイルスの感染機序の1つは、細胞膜とウイルス膜の融合により、ウイルス粒子が細胞膜と一体となり、ウイルス粒子内の遺伝子が細胞内に取り込まれるものと、もう一つは、貪食という機構により、ウイルス粒子そのものが、細胞内に取り込まれ、やがてウイルス粒子からウイルス遺伝子が漏出して細胞内に至るものがある。いずれにしても、細胞内に到達したウイルス遺伝子は、その機能を細胞内に存在する酵素などを利用して発揮することになる。

    新型コロナウイルスの感染機序

    新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) 感染のある過程で、以下に説明する薬剤の臨床試験における抗ウイルス効果のポイントが存在する。

    1a Fusionでの感染

    SARS-CoV-2は、エンベロープを持つウイルスである。このエンペロープであるスパイク・タンパク質が、宿主細胞の表面抗原に対して結合親和性があり、そこに結合することで、最初の感染の足がかりを作る。

    結合すると、ウイルスの脂質二重膜と細胞の脂質二重膜は、膜融合をおこし、ウイルスのRNAが細胞の中に入っていく。

    RNAは、タンパク質の設計図であるため、細胞内のタンパク質合成装置であるリポソーム(Ribosome)により、コードされたタンパク質を合成する設計図となる。

    合成されたタンパク質は、必要な箇所で切断(Proteolysis)されるが、このポイントで、Lopinavir-ritonavirが抗ウイルス効果を発揮する。

    Lopinavir, ritonavir配合剤 – KEGG –
    作用機序: ロピナビルはHIVプロテアーゼの活性を阻害し，HIVプロテアーゼによるgag-polポリ蛋白質の開裂を抑制することで，感染性を持つ成熟したHIVの産生を抑制する．リトナビルは，CYP3Aによるロピナビルの代謝を競合的に阻害し，ロピナビルの血中濃度の上昇をもたらす．本剤の抗ウイルス活性は，ロピナビルによるものである

    https://www.kegg.jp/medicus-bin/japic_med?japic_code=00057826

    Proteolysisで適当な大きさになったタンパク質(非構造タンパク質:nsps)と小胞体由来の膜(と考えられている)が作る複製/転写複合体(Replication-transcription complex; RTC)が作られ、SARS-CoV-2の複製を媒介するsource。

    このRTCの中には、RNA依存性RNAポリメラーゼ(RNA-dependent RNA polymerase; RdRp)が含まれている。このRdRpsourceを阻害する考えられるのが、Remdesivirである。

    Remdesivir – KEGG –

    レムデシビルはアデノシンヌクレオシドのプロドラッグであり、加水分解等による代謝を経て、ヌクレオシド類似体の一リン酸体となった後、細胞内に分布し、代謝されてヌクレオシド三リン酸型の活性代謝物を生成する。活性代謝物はアデノシン三リン酸（ATP）の類似体として、SARS-CoV-2 RNA依存性RNAポリメラーゼによって新たに合成されるRNA鎖に天然基質ATPと競合して取り込まれ、ウイルスの複製におけるRNA鎖の伸長反応を取り込みから少し遅れて停止させる。

    https://www.kegg.jp/medicus-bin/japic_med?japic_code=00068750

    1b 貪食での感染

    SARS-CoV-2ウイルス粒子を貪食する形で細胞内にそのまま取り込む(Endocytosis)。細胞内に入ってきた構造体をEndosomeと言う。

    生成初期のEndosomeの内部は、pH6.3で、その後pH4.7sourceと低くなるsource。この段階で抗ウイルス作用を示すのが、Chloroquine, Hydorxychloroquineであると考えられる。

    COVID-19

    以上

    編集履歴
2020/07/27 Mr.はりきり
2022/03/12,追記(はじめに: 2つの感染機序の概説)
  • [健康] 疾患名: ALS; 筋萎縮性軸索硬化症 – 年間3,000人の内、孤発性は90% – ロピニロールは発症を半年遅らせることができる [2021/05/20]

    [健康] 疾患名: ALS; 筋萎縮性軸索硬化症 – 年間3,000人の内、孤発性は90% – ロピニロールは発症を半年遅らせることができる [2021/05/20]

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    ALS

    ALS; 筋萎縮性軸索硬化症

    • 日本では、9000人の患者数
    • 毎年3,000人が発症
    • 孤発性は、全体的の90%を締める
    • グルタミン酸受容体に生ずべきRNA編集が不十分であるため→運動ニューロンの死により発症する
    • 2020/10, 新説として、ミトコンドリアDNAの細胞質内への放出による神経細胞ロス(以下の新説参照)

    筋萎縮性側索硬化症（ALS）の病態機序解明および特異治療法の開発研究、東京医科大学

    http://square.umin.ac.jp/teamkwak/message.html

    原因

    新説

    TDP-43が、ミトコンドリアに侵入しmPTPを介してミトコンドリアDNA (mtDNS)の放出を引き起こし細胞質内で蓄積しcGAS / STINGを活性化することで、ALS特有の炎症・神経変性が引き起こされる(Cell, 2020/10)。

    • 神経炎症は、そのアップレギュレーションである核因子κB(NF-κB)とI型インターフェロンに関係している
    • mtDNAは、細胞質DNAセンサーであるcGASが感知 → cGAMP → STING (TBK1)に伝わる (Innate Immune activation) → IFNβ、TNF, IL-6 → Neuron Loss (source:cell)
    • TDP-43 : ALSやタウ陰性のFTLDの変性部位のニューロンやグリア細胞に認められるユビキチン陽性封入体の主要構成タンパク質 (source:実験医学online)

    現説

    ADAR2という酵素が減っているとされる(東京大学医学系研究科の郭伸先生) source: Telescope Magazine

    ロピニロールの臨床試験結果

    2021/05/20, パーキンソン病の適応薬であるロピニロールを投与する(下リンク参照)ことで、発症を約半年間遅らせる効果が見られたとの報道があった(NHK総合)。iPS細胞を用いた試験の成果です。

    筋萎縮性側索硬化症（ALS）患者を対象としたロピニロール塩酸塩徐放錠内服投与による第Ⅰ/Ⅱa相試験

    https://rctportal.niph.go.jp/s/detail/jm?trial_id=JMA-IIA00397

    ロピニロール, ドパミンD2 受容体系作動薬

    https://pins.japic.or.jp/pdf/newPINS/00066192.pdf

    ロピニロール – PMDA –

    https://www.info.pmda.go.jp/go/pack/1169013G1049_1_03/

    参考文献

    ALSを引き起こすタンパク質の新機能発見 (2020)

    TDP-43は、メッセンジャーRNA(mRNA)と結合する性質を持っており、数多くのmRNAと結合し細胞内での成熟や輸送に働くことが示されています

    https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2020/20200828_1

    筋萎縮性側索硬化症病体におけるTDP-43(2017)

    https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsnt/34/2/34_72/_pdf/-char/en

    TDP-43の生理的機能とALS病態における意義 (2015)

    https://www.kitasato-u.ac.jp/ktms/kaishi/pdf/KI45-2/KI45-2p079-085.pdf

    -遺伝性ALS患者81人の臨床情報と生化学的特性の相関を解析- (2012)

    https://www.riken.jp/press/2012/20121218/

    TDP-43 蓄積症の概念と病態解明への展望 (2009)

    https://www.neurology-jp.org/Journal/public_pdf/049110783.pdf

    シンポジウム 3 筋萎縮性側索硬化症(ALS)
    司会の言葉

    https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsnt/34/3/34_257/_pdf/-char/en
    編集履歴
2020/07/27 Mr.HARIKIRI
2020/10/10 追記 (ミトコンドリアの放出が神経損傷に繋がる新説)
2021/05/20 追記 (パーキンソン病の適応薬であるロピニロールの有効性が確認された)
  • [Data Link] 研究実験施設ガイダンス – 実験施設の設計に参考になる [2020/07/27]

    [Data Link] 研究実験施設ガイダンス – 実験施設の設計に参考になる [2020/07/27]

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    研究実験施設ガイダンス

    研究所計画における建築設備
    568 ~ 572 頁
    ■衛生設備
    ・給水、給湯、排水設備
    ・排水トラップ ・特殊ガス、真空、圧縮空気、スチーム設備 ・電気設備
    ■配管の立上げ及び接続
    ・中央実験台、サイド実験台、流し台 ・配管の立上げ高さ
    ヒュームフード
    573 ~ 574 頁
    ■ヒュームフードの給排気システム
    ・排気風量の設定 ・排気システムの検討
    実験室の設計
    575 ~ 583 頁
    ■安全な化学実験室とするための基本的な施設条件
    ・レイアウトに際しての配慮事項 ・実験室の壁面構成で考えなければならないこと ・研究設備品関連の安全対策
    ■医薬品安全性動物実験室の設計
    ・SPF 動物飼育室の設備
    ■バイオハザード実験室の設計
    ・BSL2 および BSL3 実験室 ・実験分類の名称と封じ込めレベルの対応 ・物理的封じ込め施設の設計
    ■水質検査室の設計
    ・各室設計上の注意点(共通事項) ・部屋別にみた設計上の留意点

    各項目の詳細は、研究実験施設ガイダンス

  • [用語] ワクチンラグ、ワクチンギャップ

    [用語] ワクチンラグ、ワクチンギャップ

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    ワクチンラグ/ワクチンギャップ

    欧米で予防接種として使用されていたワクチンが、日本に輸入されず、ある年代で問題が生じている状況。

    大勢の外国人が日本に観光に来るようになることで、問題が大きく表面化しつつある

    麻疹、風疹、ムンプス、これらの混合ワクチン(MMR)、承認済みの個別起業の独自ワクチンを使用させず、厚生省が作らせた統一株ワクチンを使用させた問題

  • [Bio-Edu] BiTE抗体 – 6 x His tagで精製を容易にする [2020/07/27]

    [Bio-Edu] BiTE抗体 – 6 x His tagで精製を容易にする [2020/07/27]

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    BiTE抗体とは

    二重特異性抗体(BiTE)は、がん細胞と免疫細胞を引き合わせる。近寄った免疫細胞は、がん細胞を攻撃できるようになる。抗体は2つのそれぞれ異なる特異抗原と結合する「手」を持っている。

    ブリナツボマブ (Blinatumomab) by https://www.pmda.go.jp/drugs/2018/P20181015001/112292000_23000AMX00811_H100_1.pdf

    ヘムライブ

    血友病Aの血液凝固因子第VIIIの代替品となる「ヘムライブラ」も同技術による。ヘムライブラは、抗血液凝固第IXa／X因子ヒト化二重得意抗体モノクローナルである。

    BiTE抗体の基本原理は、1つの「手」に、がん細胞に特異的な表面抗原に対する「手」を、もう一方の「手」に、免疫細胞に特異的な表面抗原に対する「手」を持たせる。

    がん免疫療法に新たなアプローチ…二重特異性抗体でT細胞を誘導「ビーリンサイト」が発売, 2018

    https://answers.ten-navi.com/pharmanews/15289/

    歴史

    • BiTE抗体は、実用化は2014/12米国で始まった
    • 2018/11には日本でも上市された
    • Amgen、Sanofi、Rocheなど

    ブリナツボマブ – pmda –

    分子量54kDa, scFv型の二重特異抗体である。6xHis タグを持っている医薬品

    https://www.pmda.go.jp/drugs/2018/P20181015001/112292000_23000AMX00811_H100_1.pdf

    ブリナツボマブ (Blinatumomab) – KEGG –

    薬価 約28.6万円

    https://www.kegg.jp/medicus-bin/japic_med?japic_code=00067773
  • [Bio-Material] Planova 20Nは金コロイドによる完全性試験が必要だが、BioExでは必要ない

    [Bio-Material] Planova 20Nは金コロイドによる完全性試験が必要だが、BioExでは必要ない

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    ウイルス除去フィルター

    もう約40年前、「ウイルスを除去できるフィルター」としてPlanovaは開発された。原理は、除菌フィルターのようにろ過すれば、ウイルスは、膜にトラップされ、ウイルスより小さい分子サイズの物質は膜を通り抜ける(パススルーする)。除ウイルスフィルターと言ってもいい。

    1980年代に本格的に開発が始まり、当時、製造工程でのウイルス除去を確実な技術で確保したかった血漿分画製剤会社と共同研究が行われていた。膜は、再生セルロース膜で、形状はASAHI KASEIが持っていた技術で容易に作ることができるフォローファイバーである。今でもそれは変わらない。

    Planova シリーズは、再生セルロースであり、強度がそれほど高くないため、ウイルス除去処理した膜が、その後の検査でも完全性を維持しているのかの確認として金庫ロイドを使った検査が必要となる。製造現場でのその検査の手間を省略でき、しかも、より高速で処理が可能となる、新しい除ウイルスフィルターが開発されている(BioEXシリーズ)。BioExシリーズについても世界のCMOにおいて実績が蓄積されている。

    競合品

    milliporeのTFF製品に使われている平膜を使った除ウイルスフィルターが競合品となる。圧倒的な処理時間の短縮が可能であるとのこと。ただし、世界での使用実績は、やはり、ASAHI KASEIのPlanovaである。

    Planova™ BioEX ウイルス除去フィルター

    編集履歴

    2020/07/27, Mr.Harikir
  • [健康] 疾患名: 心アミロイドーシス – アントニオ猪木さんが公表 [2022/05/31]

    [健康] 疾患名: 心アミロイドーシス – アントニオ猪木さんが公表 [2022/05/31]

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    老人班

    アミロイドーシスとは、タンパク質が不溶性となり凝集し線維状になって組織に沈着する症状を言います。原因となるタンパク質は、様々にあります。

    老人斑は、アミロイドーシスを意味し、そのアミロイドーシスには全身性、心臓などさまざまな部位に発症することで特別な呼び方がされます。脳にアミロイドーシスが蓄積する場合はアルツハイマーが発症します。

    お年寄りの顔や頭にシミが見られるものを老人斑と呼んでいました。今ではその原因物質がわかってきて、様々な臓器や部位に沈着することがわかっています。いろいろな類型に分類されています。

    老人飯(No.28)

    https://plaza.umin.ac.jp/jikei-np/introduction/gallery-17.html

    アミロイドーシスに関する調査研究

    https://www.nanbyou.or.jp/entry/1554

    以下の自治医大には、「正常加齢では、典型的老人斑が目立つが、アルツハイマー型認知症では、びまん性老人斑や原始老人斑が多数認められる」とあるように、病的なものと正常なものがあります。

    全身性のアミロイドーシスは難病指定になっています。

    全身性網ロイドーシス

    https://www.nanbyou.or.jp/entry/45

    心アミロイドーシス

    アントニオ猪木さん

    心アミロイドーシスは、難病指定の病気です。アントニオ猪木さんが、数年前から息苦しさを感じており、昨年診断されたと語っています(2020/07/27 by Mr. Harikiri)。

    数年前にPfizerが、心アミロイドーシスの治療薬「ビンダケル」を開発しています。日本でも承認されており、1錠4万円を超えます。アントニオ猪木(77歳)さんは、1日4錠を服用していると言われています。

    「燃える闘魂」、僕は、現役時代のすごさを知る世代です。「猪木ボンバイエ」は、モハメッドアリのテーマでしたが、友情の証として猪木さんに贈られたと伝え聞きます。

    こぼんさんも

    関西の漫才コンビ「おぼん・こぼん」のこぼんさんが、全身性アミロイドーシスであることが、2022/03/25に報道されました。全身性アミロイドーシスと報道されており、既に心臓にも影響が出ているとのことです。僕も関西人なので関西漫才は学校も行かずにTVで見ていたので全盛期を良く知っています。最近、コンビ復活され再ブレークされているので、闘病生活にも活力が出てきて頑張られることとねがっています。

    ビンダケル

    分子量 503.33

    ビンダケル – KEGG –

    薬価、その他情報

    https://www.kegg.jp/medicus-bin/japic_med?japic_code=00062034

    肝臓が産生する「トランスサイレチン」が心臓に沈着することで、心筋が弱る難病です。10万人あたり0.6人程度と言われていますが、ここ最近この病気についてわかって来ているもので、日本での心臓病患者にも一定数の心アミロイドーシスの患者さんがいると思われます。

    アントニオ猪木が難病を告白　喜寿を迎え「心アミロイドーシス」との闘い, news.nifty.com より

    https://news.nifty.com/article/entame/showbizd/12280-739853/

    トランスサイレチン

    トランスサイレチン(TTR)は、プレアルブミンとも呼ばれますが、アルブミンとは直接関係はありません。

    分子量14kDa, 血中では4量体を構成し、チロキシンとレチノール結合タンパク質の輸送を担っています。変異を受けやすく100種以上の変異が見つかっているようです。

    昔の電気泳動分析において、アルブミンというタンパク質よりも早く(陽極側に)泳動されたことから、そう呼ばれていました source

    半減期が短く、肝臓機能の状態を表し、肝炎などで肝機能が低下してしている場合は、プレアルブミンは低値を示します。

    アミロイドーシスでは、プレアルブミンのアミノ酸の変異が生じています。

    トランスサイレチンとアミロイドーシス

    http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2013/11/80-08-06.pdf

    トランスサイレチン(プレアルブミン)

    http://uwb01.bml.co.jp/kensa/search/detail/3802556

    トランスサイレチン(プレアルブミン)

    https://primary-care.sysmex.co.jp/speed-search/index.cgi?c=speed_search-2&pk=268

    アミロイドβの立体構造バリエーション

    https://www.abcam.co.jp/neuroscience/beta-amyloid-in-alzheimers-disease-conformational-variation-1

    Number web

    https://number.bunshun.jp/articles/-/853336

    編集履歴

    2020/07/27, アントニオ猪木さん
    2022/03/25, おぼんこぼんのこぼんさん
    2022/05/31, 追記(老人班)

  • [Trip] 京都 – 松井別館 花かんざし – 京都市街にあるので拠点にしてアチコチ、京都を散策! – マイクロツーリズム [2020/07/25]

    [Trip] 京都 – 松井別館 花かんざし – 京都市街にあるので拠点にしてアチコチ、京都を散策! – マイクロツーリズム [2020/07/25]

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    松井別館　花かんざし

    大阪から京都に1泊のマイクロツーリズムをしてきました。大阪からは、第二京阪で京都方面に向かい、鳥羽ICで降りて、四条通を目指します。DAIMARUの北に位置しています「松井別館　花かんざし」

    あいにく天気は曇り/時折降るゲリラ豪雨でしたが、神社を1カ所立ち寄って、夕方の3時半に到着しました。4時がチェックインです。

    チェックインの時間まで、ウェルカムドリンクと一口チーズケーキでもてなしを受けました。

    廊下のファニチャ

    部屋

    • チェックイン 16:00
    • チェックアウト 11:00

    駐車場は、徒歩5分の距離にあるDAIMARUの提携するタイムズです。24時間で2,000円をフロントで支払います。大丸で5,000円以上のお買い上げで2時間の無料サービスがあります。駐車場を出ると道を挟んでSTARBUCKSもありました。2F建てでした。今回は、入店できませんでしたが、また今度、コーヒーを頂きたいと思います。

    お風呂

    お風呂は、地下(B)に男女別の浴場がありました。新型コロナウイルスで、家族連れは見かけません出したが、数名の方は見かけました。男湯は、浴槽が2桶、洗い場は、10~15程度でした。

    夕食

    夕食は、部屋で食事後のデザートと共に京懐石をいただきました。普段大阪では、京野菜は食べることはありませが、京都の旅館で頂く京野菜は珍しくて、美味しくて。お肉もあゆも。

    夕食後のビアガーデン

    玄関前で、鮎の塩焼きをいただきました。私は、人混みが苦手なので、来たことがありませんが、例年では祇園祭で賑わうようです。このタイミングでなかったら、決してこなかったでしょうね。でも、京都の空気を沢山味わいました。

    朝食

    朝食は、地下の宴会場でした。ついたてで仕切られており、感染対策に気をつけていただきました。

    チェックアウト

    チェックアウトしてから、京都外大の近所にあるSTARBUCKSに行ってまったりしました。メルセデスデーらーと並んでいて高級感で統一されており、2Fには、テラスがありました。

    その後は、また、四条のDAIMARUに戻り、DAIMARUを散歩しました。12万円の皮のスーツが目を引きました。高級なものは、百貨店にはありますね。

    京都外大前のSTARBUCKS

    編集情報
2020/07/27 Mr.はりきり
2020/08/13 文言整備
  • [Bio-Equip] iCELLis – Single-Use Fixed-Bed Bioreactor system – by PALL [2020/07/27]

    [Bio-Equip] iCELLis – Single-Use Fixed-Bed Bioreactor system – by PALL [2020/07/27]

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    Bio-Equipment

    iCELLis

    吸着性の細胞を培養するシングル・ユース・システム。iCELLis 500+ bioreactor(500m2)では、1700cm2のローラーボトルの3,000個に相当する。

    製品ラインナップ

    • iCELLis Nano
    • iCELLis 500+

    PALL Botech

    iCELLis Single-Use Fixed-Bed Bioreactor Systems, USD3262a

    https://shop.pall.com/INTERSHOP/web/WFS/PALL-PALLUS-Site/en_US/-/USD/ViewProductAttachment-OpenFile?LocaleId=&DirectoryPath=pdfs%2FBiopharmaceuticals&FileName=18_07243_USD3262a_iCELLis_DS.pdf&UnitName=PALL
    iCELLis
    eCELLis
    編集情報
2020/07/27 Mr.Harikiri
  • 気になる企業(だった) – New Brunswick Scientific (NBS) [2020/07/26]

    気になる企業(だった) – New Brunswick Scientific (NBS) [2020/07/26]

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    New Brunswick Scientific (NBS)

    NBSの培養装置(Fermentor)を日本に輸入してテストプラントを作り、そこであるリンフォカインを培養・精製していたプロジェクトに参加していたことがあります。もう、1980年代の大昔のことです。

    Pall and NBS jointly supply single-use bioreactors

    In the USA, filtration, separation and purification company Pall Corp and New Brunswick Scientific (NBS), an Eppendorf company, have announced that they have formed a joint product development and marketing agreement to create and supply disposable bioreactor systems.

    そのNBS社がどうなっているのか、調べてみると、2010の文書には、Pallと共同でシングルユースのバイオリアクターの供給に関して提携したとあリマした。現在(2019)ではどうなっさているかわからないが、もうすでになくなっているようです。バイオシェーカーのメーカーであるという情報もあることから、バイオシェーカーに特化したメーカーになっている可能性もあります。Bioreactorメーカーとして、この2010年の時点でまだ潰れずに残っていることは感慨深かったですが、現在はもうBioreactor製造メーカーとして存在していないことは、確かのようです。

    以上