ブログ

  • [Bio-Edu] 排除体積効果 – タンパク質を精製し濃縮する時に、知っておきたい知識 [2024/01/02更新] ID2701

    [Bio-Edu] 排除体積効果 – タンパク質を精製し濃縮する時に、知っておきたい知識 [2024/01/02更新] ID2701

    はじめに

    バイオ医薬など高分子を取り扱う場合,排除体積効果について知っておかなければならない.排除体積効果は,タンパク質の塩析の原理に関わる.また,高濃度のバイオ医薬品の処方組成(バッファ組成)をUF/DF(限外ろ過膜; Ultrafiltration/透析; Diafiltration)を用いてバッファ置換や濃縮,特に高濃度のタンパク質を調製する場合は,pH shift (Donnan effect)の対策のために理解しておかなければならない必須のナレッジである.

    抗体医薬では

    高濃度化するためにUltrafiltration Filter (UF)を用いて濃縮・バッファ組成置換を行うが、その際、濃縮過程で「排除体積効果」により組成が変化することでpHがシフトする現象が見られる場合がある。例えば、pH5の抗体溶液を30kDaのUFで濃縮していくと、あるバッファ組成ではpHは上昇していく。抗体分子の分子量は150kDa、バッファ成分は低分子であるため、抗体分子と比較してUF膜の濾過側へ濾過されやすい。濃縮前の抗体とバッファの成分との比率は、濃縮課程で「排除体積効果」により変化していく。抗体の等電点(pI)が塩基性の場合、バッファ成分が少なくなるため濃縮後の高濃度の抗体溶液のpHは濃縮前よりも高くなる。

    抗体医薬の高濃度化では、以上の現象が生じることを踏まえて濃縮およびバッファ組成置換のプロセス条件を構築することで製造工程の管理を行う必要がある (2024/01/02 by Mr.Harikiri)。

    排除体積効果

    排除体積効果を簡単にイメージすると、「体積の大きい分子が体積の小さい分子の居場所を無くす効果」となります。

    • 排除堆積効果とは、巨大分子(macromolecule)によって占有される空間体積における熱力学的効果です1)
    • 例えば、細胞内(細胞質)には、細胞の活動に必要なタンパク質(巨大分子)が局在状況(空間の体積を排除している状況)となっている1)
    • その結果、macromoleculeは、互いに接近しておりエントロピーが増加注)、また、分子間引力が働きやすくなり、分子同士の解離定数が減少(集合)する
    • macromoleculeが高密度で存在する環境では、その配置の多重度は増加する.すると分子同士が結合する状況も生まれる.エントロピーが最小になるように均衡していく.
    • その他、分子間に働いている力
      • イオン結合力
      • ファンデンワールス力
      • 水素結合
      • 疎水性相互作用
      • 枯渇力
      • source
    • 注) 重力と位置エネルギーの関係と同様の理屈で、重力すなわち分子間力が大きくなれば、位置エネルギーすなわち、分子の熱エネルギーが大きくなるsource

    液晶が並ぶ理由2)

    窮屈な状態には最も楽な状態になろうとする.ポイントは,①分子間力,②排除体積効果(),③パッキング(整列した方がよい,オーダーパラメータS=1は同じ方法,S=0はランダム),④温度(低い温度の方が安定),電気的力(+と+又は-と-よりは,+と-).

    活動係数4)

    高分子の活動係数は,濃度に影響を受ける.なぜなら,高分子であるが故,排除体積効果が無視できず,エントロピーが濃度により変化するためである.

    分子の濃度は,容積モル濃度(体積変化があるため温度に影響される),重量モル濃度(温度に影響されない),モル分率があり,熱力学を扱うには,モル分率表示が適する.希薄溶液の全モル予数を水分子のモル数に近似(55.5, 1kg)すると,溶液自身によるエントロピー変化,すなわち,アニタリー・エントロピー変化(ΔSu)を求めるられる.

    Gurney(1953)は,このΔSuの大小から,水素構造を壊すイオン(order-destorying ions)と水を構造化するイオン(order-producing inons)に分別した.

    Kauzmann(1956)は,疎水性分子を非極性溶媒から水溶液に移動させたときのエントロピー変化から求めたΔSuは負(<0)になることを見出し疎水性分子の界面間の相互作用の一因と考えた(疎水結合).

    疎水性結合による会合メカニズム

    脂肪性炭化水素や芳香族炭化水素を非極性溶媒から水溶液を移した場合,ユニタリー・エントロピー変化(ΔSu)は,-24 ~ -16 e.u.,ユニタリー・自由エネルギー変化(ΔGu)は,+3~+5 kcal/mol増加した.構造化した水槽(ice-berg)が疎水性分子の表面に形成された結果である.この系の状態は,不安定である.不安定であるため,疎水性分子は,お互いに会合(水素結合)しようとして,ice-berg量(直接的な報告としては最も多い)を減らそうとすることになる.2003年の中性子,X線反射率を使用したの報告では,iced-bergは,1.5~2nmの構造があるとされる.

    AOモデルによる会合メカニズム(Asakura & Oosawa)

    立体モデルとして高分子を大きな球,小さい分子を小さな球とする.大きな分子が互いに接近しない環境下では,小さい分子の並進運動は,使用可能空間として最大になっている.もしも,大きい分子が接近して接触し会合したとすると,会合面周辺も含めて排除領域が小さくなるため,小さい分子の並進運動に利用できる空間容積が増加する.すなわち,並進運動エントロピー(traslational entropy)は,増加して,その結果,自由エネルギーは減少する.Kauzmannも出もAOモデルもエントロピーに基づいて結合を説明している 4)

    注) エントロピーが高い状態とは,散らかっている状態,低い状態とは,整頓されてい状態.分子が取りうる可能性の大きさ.

    注) 希薄溶液は,理想気体の理論に近似できる.ΔG = -TΔS 5)

    高分子鎖の広がりと排除体積効果 (1983)3)

    Werner Kuhn,P.J.Floryは,それを思索した.Kuhnは分子の形の問題に深い関心を持つ続け,糸状分子に関する論文(1934)では,両端と中央の比率6:2.3:1の楕円体に近似できることを明らかにし、式(2)のように見積もった.

    [η] = (5/2)(N/M)[1+(p2/75)]・・・(1)

    [η]に対する分子の広がりωと形pの効果

    • [η] :固有粘度は棒の長さの2乗に比例する
    • ω :分子実体
    • NA :Avogadro定数
    • M: モル質量または分子量
    • p :軸比
    • 大かっこ[]: 形状因子

    ω0=(1/36)(π/3)1/2<R2>03/2・・・(2)

    <R2>0: 2乗平均末端距離

    等価セグメントの数 (n)と長さ(b)で表すと,式(3)となる

    Staudinger則の指数a(すなわち[η])=2では,直線の糸状分子,0.5はある程度まとまりかけた分子,0は完全に糸まりとなった状態.Kuhnはこの糸まりの膨張が,理想気体の状態方程式にタイル巣van der waalsの排除体積補正と本質的に同じ原因でおこるものと考えた

    排除体積効果と第二ビリアル係数

    Staudinger則は,いまだ,低分子の一般粘度式で成立するが,Schulzらにより鎖状高分子溶液(数万以上の固有粘度と分子量の関係)の浸透圧測定法が確立された(1935)

    浸透圧事態は,第二ビリアル係数A2がMの違いに関わらないことが明らかにされた.低分子の場合,A2はMに反比例する

    編集履歴

    2019/10/13 はりきり(Mr)
    文献3)のクラスター展開法の解説以降は省略
    2020/06/25 追記(排除堆積効果の説明に具体例追加)
    2023/10/27 文言整備
    2024/01/02 追記(抗体医薬の高濃度化での事例)

    文献

    1) 排除体積効果

    https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/2832.html

    2) 液晶が並ぶ理由

    https://www.rs.noda.tus.ac.jp/~furuelab/lc_align.html

    3) 高分子鎖の広がりと排除体積効果 (1983)

    https://www.jstage.jst.go.jp/article/kobunshi1952/32/1/32_1_26/_pdf/-char/ja

    4) 生理現象と高分子排除体積効果(Excluded Volume Effect) ─高分子活量係数(I) (2006)

     http://physiology.jp/wp-content/uploads/2014/01/068010004.pdf

    5) エントロピーと自由エネルギー

     http://www.twmu.ac.jp/Basic/physics/entropy.pdf

  • [Gear] SIM版iPadをiOS 13.1.2にアップデートしたら、モバイル通信プランが初期化されるので、モバイルデータ通信からキャリヤを改めて選択しないといけない[2019/10/11]

    [Gear] SIM版iPadをiOS 13.1.2にアップデートしたら、モバイル通信プランが初期化されるので、モバイルデータ通信からキャリヤを改めて選択しないといけない[2019/10/11]

    SIM版 iPad Pro 11

    iPad Pro 11 inchのiOSを13.1.2にアップデートしたら、キャリアの表示が消えていて、Internetにつがらなくなっていた。

    設定->モバイルデータ通信->モバイル通信プラン->simにチェックをいれることで、再設定は完了する。

    編集履歴

    2019/10/11, Mr. Harikiri

  • [Bio-Edu] タンパク質の沈殿化法の原理 [2022/12/20]

    [Bio-Edu] タンパク質の沈殿化法の原理 [2022/12/20]

    はじめに

    無機塩の高濃度添加は、タンパク質を沈殿させる基本です。タンパク質溶液に対して塩を添加することで、タンパク質の疎水性という物理的性質の強度を溶液中で強めることができます。疎水性が高まると、そのタンパク質の成分である疎水性のアミノ酸や疎水性の領域が、水を避けて互いにより集まり結合します。その性質の違いは、そのタンパク質固有のアミノ酸の含有比率に応じて、タンパク質毎に沈殿化する塩の種類、濃度、溶液pH、及び当該タンパク質のタンパク質濃度などの組み合わせに応じて重合化し、やがて沈殿化します。

    • タンパク質濃度
      • 沈殿とは分子同士が互いに寄り添い凝集することです。その基本原理からすると、沈殿させたいタンパク質の濃度が高いほど、沈澱しやすくなることは容易に理解できます。
    • タンパク質の分子量
      • 分子量が大きいほど、疎水性のアミノ酸の総数は一般論として多くなることは理解できます。すなわち、疎水性アミノ酸が増えるので沈殿になりやすいのです。
    • タンパク質のアミノ酸組成の比率
      • これは、上述のタンパク質の分子量から推定するよりは、直接的に評価できる指標です。ただし、分子の立体構造上で表面に出ている疎水性のアミノ酸として多いほどという条件も付きます。
    • タンパク質のフォールディング(立体構造)の状況
      • タンパク質のフォールディングの状態とはなんでしょうか。タンパク質は、基本的に1本のペプチドの鎖が、巻き、折畳まることで、その天然の立体構造としての状態になります。この状態が、最も血液に溶けやすくなっているのです。すなわち、疎水性のアミノ酸は内側に、親水性のアミノ酸は外側に配置されることになります。ミスフォールディングすると、その状態が不整合しているため疎水性アミノ酸が外側に多く出ている状態が起こり得て、そのため分子間での疎水性同士の結合インタラクショにより沈殿形成しやすくなります。
    • 溶液のpH
      • これは、私の経験則ですが、理由をよく考えると理解ができるものと思っています。ただ、今までよく考えて小なったので、経験則だけで説明します。バッファ組成を酸性にすると疎水性が高まり、逆にアルカリ性にすると疎水性が低下します。
      • この原理を利用して、クロマトグラフィのカラムのレジンの洗浄・再生処理には、強アルカリ性のバッファが使われます。
    • 溶液の温度
      • 反応論や溶解度の話になります。温度が高いと分子のブラウン運動が大きくなり、溶解度は一般的に高くなります。逆に、温度が低くなるとブラウン運動は低下し、溶解度は低くなります。すなわち、温度が低いほど沈澱になりやすいと推察されます。しかし、反応論的には、反応しずらくなるため、疏水性を利用する疏水クロマトにおいては、タンパク質のレジンに対する反応としての吸着性は低下するため、低い温度での疎水クロマトはワークしなくなります。
    • 溶液の初期の塩濃度
      • 塩析させる場合、塩濃度を高めるので、単純に初期の濃度を問題にしているだけです。
    • 無機塩の種類と濃度
      • 塩析させやすい塩が知られています。硫酸アンモニウムがそれです。でも、疏水クロマトにはあまり相性が良くありません。そこで、もっとマイルドなNaClや、クエン酸(Na)などが使われます。

    塩を添加する方法による沈殿化の手法は、タンパクの精製に適するレジン(樹脂)がなかった昔に多用された技術です。この技術にはデメリットもあります。沈殿化したタンパク質は、沈澱を作る過程から状態を維持する過程で、タンパク質変性のリスクが高まります。理由は、沈殿化により、必要以上に強固に寄り集まったタンパク質が、水溶液に戻すときに再溶解しない場合がある事です。再溶解時に溶解しやすいようにする添加剤としての補助的に働くものがあります。グリシンなどのアミノ酸などは、その一種と考えられます。

    タンパク質の沈殿化法による精製手法の代替法が存在します。以下の課題について解決し得る方法です。それは、疏水クロマトグラフィー(HIC)です。ここでは、HICについては論じていません(はりきり)。

    沈殿化法の課題

    • 沈殿化したタンパク質には,条件によっては再溶解の困難性というリスクがあること.
    • いれまでは,工業的に遠心機は使用しにくかったが,最近では連続遠心と自動的に沈殿画分を回収できる機種も開発されている

    ホフマイスター系列

    1888年からのHofmeisterらの色々な塩を使った塩析実験から得られた塩析の強さは、ホフマイスター系列と呼ばれます。塩析効果の高い塩は利尿作用があり、逆溶解させる塩は下痢作用があると記述があります。

    タンパク質の凝集剤としての塩・有機溶媒・高分子 (2015), 生物工学, 第93巻

    https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9305/9305_tokushu_1.pdf

    デバイ – ヒュッケル理論

    静電相互素作用が主たる原理であるとするとデバイーヒュッケル理論で説明できる。しかし、実際には、タンパク質の塩析曲線はベルシェイプを示し、塩の種類によって異なる曲線を示すとの報告(1932年のGreenら)がある。すなわち、静電相互作用だけでは説明がつかず、別の相互作用や水の構造変化が影響していとる予想されていた。

    イオンは水の水素結合ネットワーク

    しかし、イオンは水の水素結合結合ネットワークに影響を与えないという論文が報告(2003)され、溶液中の水の構造を変えるのではなく、タンパク質の表面にある水和水に影響して、タンパク質の性質に影響しているのであろうと考えられた。

    その理屈は、コスモトロープが水和水の秩序化→表面張力の増加→溶液は表面を減らす→タンパク質が凝集する。この理論は、リゾチームの凝集速度と溶液の表面張力の間に、正の相関があるとの結果と矛盾しない。

    塩の種類により水和水の量に変化を生じさせていることについては、選択的相互作用の量として定義すると、

    選択的相互作用の量 =塩(溶質)がタンパク質に結合している量 − 水和水により脱離してしまつた溶質の量、と定義する。値が正であれば、結合している溶質の量の方が多い、負であれば、結合している水和水の量の方が多い。

    硫化物イオンの選択的相互相互作用の量は、塩化物イオンより小さい値を示すし、硫化物イオンは、塩化物イオンと並べて、タンパク質表面から選択的に排除されていることになる。

    ホフマイスター系列

    塩析する能力を示す。

    塩析しやすい (コスモトロープ) > CO3 > SO4 > H2PO4 > F > Cl > I > SCN > NH4 > K > Na > Li > Ca > Mg > 溶解 (カオトロープ)

    ホフマイスター系列は、周期表との規則性が見られる。

    ハロゲン属では、 周期表順に同じく、

    塩析しやすい > F > Cl > Br > I > 溶解

    である。

    アルカリ金属のカチオンでは、前述の逆となっている。したがって、沈殿材傾向は、イオンの半径や電子密度、質量で説明できることを示唆している。ただし、硫酸イオンやグアニジウムイオンなど複雑なイオンとは別の説明が必要と考えられる。

    タンパク質の溶解度

    一般的に、タンパク質の溶解度は、イオン濃度を増加させると増加し、それは極大値があり、ベルシェイプを示す。

    デバイーヒュッケルの理論

    デバイーヒュッケル理論で説明すると、塩を添加していくと、溶解から凝集まで一直線に状態変化する。低濃度では、静電遮蔽によってタンパク質の分子間の反発力が静電遮蔽により弱まる→分子の容積が減る→溶解度が増す、と説明できる。更に塩を加えていくと、タンパク質間のファンデンワールス力や疎水性相互作用などの引力が強まる→凝集する、と説明できる。しかし、実際には、溶解→凝集→溶解なるため矛盾がある。

    コスモトロープ

    コスモトロープ; kosmotropeは,水の水素結合ネットワークを秩序化(コスモス)する。Structure Makerとも呼ぶ.

    タンパク質表面の水和水について考えてみると、溶解状態のタンパク質液が、凝集するまでのイベントは、以下の様になる。

    「秩序化」→「気液界面の表面張力を増加させる」→「広くなった界面は不安定になる」→「溶液は安定化させようとする」→「表面を枯らそうとする→タンパク質はより集まる」→「凝集する」

    カオトロープ

    カオトロープ; chaotropeは,水の水素結合ネットワークを無秩序化(カオス)する。溶解する理論すは、上述の逆の理屈である。Structure breakerとも呼ぶ.

    水構造緩和に対するコスモトロープとカオトロープ塩の影響

    https://bibgraph.hpcr.jp/abst/pubmed/33031702

    表面張力

    水和を理解するための指標の一つ。surface tension, 表面をできるだけ小さくしようする性質。

    有機溶剤

    古くからDNA/RNAの沈殿材として用いられてきた。タンパク質への応用はアルコールによる血漿タンパク質の沈殿法から始まっている。

    原理は、水溶液の伝導率を低下させ、タンパク質間の静電反発力を強める結果、溶解度が減少するといわれるが、それだけではなく、有機分子とタンパク質の相互作用についても考慮する必要がある。

    エタノールとジオキサンの検討では、アミノ酸やペプチドの有機溶剤に対する溶解度を調べた論文では、疎水性側鎖を安定化させ、親水性の側鎖やペプチド結合を不安定化させることがわかっている。

    還元Albの検討では、エタノールは、タンパク質の疎水性部分と相互作用し変性させながら溶解度を上げるが、荷電残基の影響によりタンパク質の溶解度は低下した。

    ハロゲン系アルコールの検討では、50%トリプルオロエタノール中では、主鎖の間にできる水素結合が弱められる結果、αベリックス構造に富んだ構造に変性するが、溶解度は高くなり、最終的には、透明なゲルになる。

    エタノール中でのタンパク質の凝集の制御は、わずかなpHシフトにより可能である。凝集を防ぐにはpHをpIから外すことである。

    ①構造変化を伴う疎水性の変化

    ②溶液の伝導率の低下

    ③相互の非極性領域の相互作用

    ④相互の荷電残基の相互反発

    高分子

    高分子の中でもPEGは無毒であり、よく使用され、無荷電である。PEGは、タンパク質の選択的水和を促す。

    芳香属アミノ酸では、その溶解度は増加する。高分子が存在すると、タンパク質が存在できる空間が狭くなる。これを排除体積効果という。

    PEGは、以下の2つの作用を有する。

    ① 排除体積効果によるタンパク質の安定化と凝集

    ②弱い変性作用(疎水性アミノ酸に結合)によるタンパク質の不安定化と溶解促進

    また、高分子は、タンパク質のFoldingにも影響し、高濃度のPEGや多糖では、変性状態を不安定化させるので、ネイティブ構造が安定化し、Folding速度が増加する。

    参考

    逆に沈殿化させない方法の原理や応用は,以下の記事にも解説している.

    [Bio-Edu] 沈殿化法によるタンパク質の回収・分離 – 検討方法 – ID4376 [2025/04/21] – MR.HARIKIRI-INSIGHT

    編集履歴

    2020/11/02 追記 : はじめに
    2021/05/21 文言整備
    2021/06/01,追記(「はじめに」の説明を更に補充)
    2022/09/04,文言整備(課題として「取扱いとして液状での操作が悪いこと」を削除,遠心機は自動連続遠心機などの機種が開発されてきたことから,遠心機の取り扱い上の課題は低くなっていること,を追記)
    2022/11/24,文言整備
    2022/12/20,追記(カオトロープ,コスモとロープの英単語)
    2025/04/21,追記(参考記事)
  • 気になる企業 – アイロム – ID2664 [2021/02/25]

    気になる企業 – アイロム – ID2664 [2021/02/25]

    アイロム (I’ROM) Group

    アイロムグループは、先端医療事業、SMO事業、CRO事業およびメディカルサポート事業の4つの事業領域を持っています。

    • 先端医療事業
    • SMO事業
    • CRO事業
    • メディカルサポート事業

    アイロムグループの1つにIDファーマがあります。IDファーマは、先端医療事業分野を担っています。

    先端医療事業

    再生医療(iPS細胞作製、分化細胞作製)、遺伝子創薬(遺伝子治療、遺伝子ワクチン)分野で製品開発、提供を行う。

    • 再生医療・遺伝子技術の研究開発・製造販売
      • (株) IDファーマ
      • (株) ICE

    SMO事業

    臨床試験のサポートする

    • 臨床試験実施医療機関の支援
      • (株)アイロム / (株)アイロムEC
      • (株)アイロムCS / (株)アイロムNA

    CRO事業

    医師主導・企業主導治験のサポート

    • 国内外製薬企業の臨床試験支援
      • (株)アイクロス
      • CMAX Clnical Research Pty Ltd
      • (株) CMAX JAPAN

    メディカルサポート事業

    医療環境を提供する

    • クリニックモールの開設・運営
      • (株)アイロムPM

    I’ROM GROUP

    https://www.iromgroup.co.jp/group/advanced.html

    編集履歴

    2021/12/25, Mr. Harikiri

  • [Protein] Prothrombin; プロトロンビン/血液凝固因子 – ID2643 [2019/10/08]

    [Protein] Prothrombin; プロトロンビン/血液凝固因子 – ID2643 [2019/10/08]

    ヒトプロトロンビン

    分子量 72,000 Da

    血中濃度 100mg~150mg/dl

    ドメインこうせい: 2つのKrigleドメインに続きセリンプロテアーゼドメインがつながる。

    文献

    Prothrombin: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jat1973/23/10/23_10_567/_pdf

    【基礎】血液凝固 X 因子 -その周辺と展望-: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjsth/20/5/20_5_540/_pdf/-char/ja

    血液凝固のしくみ: https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/12/6/12_6_364/_pdf

    アンチトロンビン製剤: http://www.ketsukyo.or.jp/plasma/anti-thrombin/ant_03.html

  • [Kw] サンフランシスコ – Facebook, 「San Francisco Remembered」 – 写真で古き良き時代を知れる写真が満載 –  [2019/10/06] ID2632

    [Kw] サンフランシスコ – Facebook, 「San Francisco Remembered」 – 写真で古き良き時代を知れる写真が満載 – [2019/10/06] ID2632

    San Francisco

    サンフランシスコには、羽田からの直行便で行けば、サンフランシスコ国際空港に10~12時間で到着します。昔々、アメリカ映画でキングコングが登った橋、ゴールデン・ゲート・ブリッジが南北に繋がっています。すなわち、内海と外海のゲートになっています。

    大統領選挙の関係で言えば、選挙における選挙人数は州ごと異なります。総数は、538ですが、サンフランシスコは、55と最も多い数を持っています wiki

    サンフランシスコの街で、撮られた映画は数多くあります。坂道は有名ですね。以下のFace BookのリンクからSan Francisco Rememberedを見てみてください。古き良き時代を見ることができます。

    San Francisco Remembered – FACE BOOK –

    https://m.facebook.com/groups/246840025517856?src=email_notif

    編集履歴

    2019/10/06 Mr.Harikiri
    2020/10/03 追記 (地図、国際空港、など)
  • [Trip] 大阪においでの際は、水上バスはいかが – [2019/10/06] ID2621

    [Trip] 大阪においでの際は、水上バスはいかが – [2019/10/06] ID2621

    水上バス水上バス

    大阪城周辺を走って、川に入るコース。

    水上バスの発着所

    大阪の京阪電鉄・天満橋駅の川の駅、水上バスのツアーがあります。この辺りの道でよく見かけるこの水上バス。どこから発着するのか疑問でしたが、灯台下暗し、見つけました。

    川の駅の1Fは、お寿司の大輝水産があります。よろしければどうぞ。

    編集履歴

    2019/10/06, Mr. Harikiri

  • [Bio-Edu] ゲノム編集/CRISPR-Cas9  [2023/10/20]

    [Bio-Edu] ゲノム編集/CRISPR-Cas9 [2023/10/20]

    CRISPR

    CRISPRは,clustered regularly interspaced short palindromic repeatの略号です.

    1. 1987,大腸菌で確認される
    2. 最近のDNAに存在する繰り返し配列
    3. 大腸菌におけるファージなどの遺伝子に対する免疫システム
    4. CRISPRに関連する酵素には,Cas9があり,DNA配列を切断する.
    5. Cas9の原理を利用してゲノム編集技術が開発されている.ゲノム編集とは,生物の遺伝子を改変できる技術である.
    6. これをCRISPR-Cas9と総称する
    7. CRISPR-Cas9は,遺伝子の欠損にも,遺伝子の抑制・破壊にも使用できる.
    8. 2020年に,技術についてノーベルショーが与えられた

    京都大学より

    CRISPRとは
    Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeatsの略で、近年原核生物でファージやプラスミドに対する獲得免疫機構として機能していることが判明したDNA領域のことを指します。
    リピート配列とスペーサー配列

    http://www.tmd.ac.jp/grad/bac/CRISPR.html

    CRISPR – wikipedia.j

    CRISPR – Wikipedia

    用いる材料

    • 人工ヌクレアーゼ
    • シンクフィンガーヌクレアーゼ (ZFN)
    • テールフクレアーゼ (TALEN)

    CRISPR/Cas9 (核酸分解酵素): 核酸を切断する遺伝子編集法に使用される

    切断した時に元どおりに修復する機能と稀にエラーする機能を応用する。

    https://www.cosmobio.co.jp/product/detail/crispr-cas.asp?entry_id=14354

    用語

    • 遺伝子多型: 致命的な影響を与えない範囲の遺伝子配列の違い。原意は、1塩基が置き換わる置換。塩基が失われる欠失、新たな塩基が入り込む挿入、などの変異がある。
    • 1塩基変異 (Single Nucleotide Polymorphism: SNP)は、1000塩基ごとに1つの割合の頻度で起こる。

    編集履歴

    2019/10/06, Mr.Harikiri
    2023/10/20, 追記(簡単なまとめ)

  • [食]「かに道楽」- フルコース、今もキダ太郎が作詞作曲のテーマが流れていた – ID18542 [2019/10/05]

    [食]「かに道楽」- フルコース、今もキダ太郎が作詞作曲のテーマが流れていた – ID18542 [2019/10/05]

    ・・♪獲れ獲れぴちぴちカニ料理♪

    かに道楽の本店は、大阪の南・道とん堀にありますが、今回紹介する「かに道楽」は、東大阪店です。10年くらい前までは、布施にありましたが、移転して現在の長田にあります。贅沢したいときは、いつもお世話になっています。

    編集履歴

    2019/10/05 Mr.HARIKIRI
    
  • [rAAV] rAAVのUSP/DSP – 製造方法 – emptyとfullの比重, 2015 – SM[2019/10/05]

    [rAAV] rAAVのUSP/DSP – 製造方法 – emptyとfullの比重, 2015 – SM[2019/10/05]

    rAAVの製造

    2015年時点のrAAV製造(Upstream, Downstream)に関するReview文献をもとに解説します.

    基本情報

    目的の遺伝子をAAVに包含させて作ったAAVベクターが、遺伝子治療薬になります。ここで、目的の遺伝子がAAVの殻に含まれていれば良いのですが、何も含まれない空の粒子も確率的には作られてしまいます。空の粒子をEmptyと言います。一途方の粒子をFullと言います。

    ウイルスを精製するには、従来から遠心、特に超遠心を使われてきました。精製目的のウイルスでも、中に何も入っていない殻と目的遺伝を含む粒子を分別精製するためにも、超遠心が使われます。手技も固まっており簡単なので、よく使われます。

    粒子の比重

    参考文献から、AAVの比重 (密度) の情報を抽出しました。

    • Full : 1.40 g/cm3
    • Empty ; 1.32 g/cm3
    • 可溶性タンパク質 : 1.3 g/cm3
    • 核酸 : 1.7 ~ 2.0 g/cm3 (24, 48)

    参考文献

    1. Overview of current scalable methods for purification of viral vectors – PubMed (nih.gov)
    2. Qu G., Bahr-Davidson J., Prado J., Tai., Cataniag F., McDonnell J., Zhou J., Hauck B., Luna J., Sommer J.M., Smith P., Zhou S., Colosi P., High K.A., Perce G.F., Wright J.F.
      Separation of adeno-associated virus type 2 empty particles from genome containing vectors by anion-exchange column chromatography – PubMed (nih.gov). J. Viol. Methods. 2007; 140(1-2): 183-192. [PubMed]

    パーツの分子量

    rAAVの殻の部分は3種類のタンパク質でVP1, VP2およびVP3でできていますが、これらの総分子量は、600kDaです。そして、その空の中に収められるベクター遺伝子は、4.7kbpの長さで、その分子量は、170kDaです。前述の比重の差は、この分子量の差になります。

    • rAAV capsid protein (VP1~VP3): over 600kDa
    • rAAV vector (4.7kbp): over 170kDa

    超遠心以外の精製方法

    AAVは、負に荷電しています。したがって、陰イオン交換体 (AEX)に吸着性を示します。AEX resinとして、以下のものが使えそうです。ただし、最近の遺伝子治療薬としてAAVの精製方法に関する文献や特許を見ていると、その精製条件は、一般的な方法では、精製度をあげることは難しく、少し特異な条件を使用していることに目が惹かれます。例えば,pH10を超えるような条件で吸着させます。

    • Poros HQレジンによるクロマト精製
    • Poros PIレジンによるクロマト精製
    • Source 15Q レジンによるクロマト精製
    • Q-Sepharose レジンによるクロマト精製
    • HiTrap Q レジンによるrAAV1,2,4,5,6 and 8の精製

    文献

    1. Scalable Downstream Strategies for Purification of Recombinant Adeno-Associated Virus Vectors in Light of the Properties (2015)
    2. WO2010148143A1 – Improved methods for purification of recombinant aav vectors – Google Patents
    3. PEG-modulated column chromatography for purification of recombinant adeno-associated virus serotype 9 – PubMed (nih.gov)

    超遠心分析

    AAVサンプルを超遠心分析により、Emptyを含めた不純物を除くFullの純度分析が可能となります。

    • 1波長、干渉
      • サンプル量 : 260nmで0.2以上、1~2E12 vg/mL, 0.5mL以上

    [ignore]

    • 4サンプル ¥90万円

    [/ignore]

    • 2波長、干渉
      • サンプル量 : 同要件で1mL

    [ignore]

    • 4サンプル ブラス40万円

    [/ignore]

    • 別途
      • 宿主ウイルス
      • AAV Vector Plasmid
      • その他、情報
    編集履歴
    2019/10/15 Mr.Harikiri
    2020/10/01 追記 (文言整備)
    2020/11/10 超遠心分析
    2024/08/12 文言整備,引用文献の整備