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タグ: ヌクレオチド

  • [用語] ヌクレオチド : nucleotide

    [用語] ヌクレオチド : nucleotide

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    nucleotide ; ヌクレオシドにリン酸基が結合した物質。ヌクレオシドは五単糖の1位にプリン塩基またはピリミジン塩基がグリコシド結合したもの。

  • [Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 – [2020/06/13]

    [Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 – [2020/06/13]

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    ID2216

    遺伝子

    遺伝子組換え技術を知るには、遺伝子の知識が必要だ。基礎知識について以下記載した。

    遺伝子からタンパク質まで

    細胞核にはDNAがあり、その遺伝子が働く時、mRNAに変換されます。mRNAは、タンパク質の鋳型となってタクパク質が合成されます。

    • 細胞
      • 核 {染色体;
      • chromosomes →
      • (unpackaging) →
      • Nucleosome structure (Histone + DNA; 構造を意味する = genome; 全遺伝子情報を意味する) →
      • スプライシング (必要な遺伝子のみを取り出す工程) →
      • gene (遺伝子) →
      • DNA(と呼び変える) →
      • (RNA polymerase, by Transcription )→
      • mRNA} → (核からmRNAが飛び出る)
      • mRNA →
      • 細胞質
      • 細胞質 {mRNA →
      • Ribosome (tRNAとAmino Acid, rRNA(ribosomal RNA), RibosomeはERに付着している )でタンパク質合成, by Translation ) →
      • protein →
      • ER; 小胞体 (folding, glycosylation ) →
      • Golgi body (de-mannosylation, fucosylation, galactosylation and sialylation) }

    遺伝子 (gene)はDNAであり、それを鋳型として転写酵素 (RNA polymerase)によりmRNAが合成される。RNAの場合は、構成ヌクレオチドは、DNAの場合の 「T」が、「U」に置き換わる。

    構成物質

    以下の示すヌクレオチドは、A(or U)はT、GはCと結合します。この相補性が鋳型となる基本機能となって働いています。

    DNAを構成するプリン塩基、即ちヌクレオチドは4種類

    • A アデニン
    • T チミン
    • G グアニン
    • C シトシン

    mRNAを構成するプリン塩基も4種類(AがUに替わる)

    • U ウラシル
    • T チミン
    • G グアニン
    • C シトシン

    コドン

    開始コドン

    一般的にメチオニン(AUG)が開始コドンである

    終止コドン

    対応するアミノ酸(とtRNA)が存在しないコドン。一般的に以下の3つがある。

    • UAA（オーカー）
    • UAG（アンバー）
    • UGA（オパール）

    翻訳の場所

    細胞内にあるリボソームの中でmRNAからproteinへの翻訳が行われる。

    Cell
    細胞 (Cell)

    希少なコドン

    プリン塩基(U, T, G, C)の3の組み合わせでコドンが作られます。最も多い種類のコドンで同じアミノ酸を作れたり、1つのコドンでしかそのアミノ酸を作れなかったり、アミノ酸によって異なっています。プリン塩基はコドンの原材料、コドンは、アミノ酸の原材料です。原材料は、生体に依存しています。原材料が枯渇することもあります。

    6種のコドンで作ることができるアミノ酸は、Arg, Leu, Ser, の3つです。この3種類のアミノ酸は、これらを作る原材料であるプリン塩基が枯渇しにくいと言えます。一方、生体には沢山必要としているとも言えます。

    一方1種類のコドンでしか作ることができないアミノ酸は、Metです。Metの場合は、枯渇しやすい/少量でしか必要でない、と言えます。

    残りのアミノ酸は、コドン種が2種類、3種類、4種類で作ることができます。

    まとめると、1種類、2種類、3種類、4種類、および6種類のコドンでアミノ酸は作られます。

    アミノ酸コドン

    厳密には、(mRNAの)コドンがアミノ酸なのではなく、コドンがアミノ酸に変換されることを意味します。コドンに相補的に一致するtRNAがアミノ酸を結合して連れてきます。これがアミノ酸への変換です。

    3文字記号1文字記号呼称 (link to wikipedia)コドン
    AlaAアラニンGCU、GCC、GCA、GCG
    ArgRアルギニンCGU、CGC、CGA、CGG、AGA、AGG
    AsnNアスパラギンAAU、AAC
    AspDアスパラギン酸GAU、GAC
    CysCシステインUGU、UGC
    GlnQグルタミンCAA、CAG
    GluEグルタミン酸GAA、GAG
    GlyGグリシンGGU、GGC、GGA、GGG
    HisHヒスチジンCAU、CAC
    IleIイソロイシンAUU、AUC、AUA
    LeuLロイシンUUA、UUG、CUU、CUC、CUA、CUG
    LysKリシンAAA、AAG
    MetMメチオニンAUG
    PheFフェニルアラニンUUU、UUC
    ProPプロリンCCU、CCC、CCA、CCG
    SerSセリンUCU、UCC、UCA、UCG、AGU、AGC
    ThrTトレオニンACU、ACC、ACA、ACG
    TrpWトリプトファンUGG
    TyrYチロシンUAU、UAC
    ValVバリンGUU、GUC、GUA、GUG
    —開始コドンAUG、(AUA)、(GUG)
    —終止コドンUAG、UGA、UAA
    https://ja.wikipedia.org/wiki/コドン#コドンはmRNA上にある

    遺伝情報の発現、転写と翻訳 ～　転写 ＞ なぜ直接DNAから蛋白質を作らないのか?

    https://www.nig.ac.jp/museum/genetic/03_c.html

    コドン – ウィキペディア より

    https://ja.wikipedia.org/wiki/コドン

    リボソーム　- ウィキペディア

    https://ja.wikipedia.org/wiki/リボソーム

    DNAからタンパク質に変換

    以下の動画は、染色体のDNAがmRNAに変換され、細胞質にあるRibosomeというタンパク質でできた装置とtRNAによりタンパク質が合成される様をわかりやすく3D動画で説明されています。

    YouTubeより
    編集履歴
2020/01/13 はりきり(Mr)
2020/06/13 追記(希少なコドン)
2021/10/30 文言整備

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