ブログ

  • [Data Link] 「遺伝子治療製品の過去・現在・未来」H27 – ID2218 [2019/09/15]

    [Data Link] 「遺伝子治療製品の過去・現在・未来」H27 – ID2218 [2019/09/15]

    平成27年度 国立薬品食品衛生研究所シンポジウム 「新しい法律に基づくレギュラトリーサイエンス􏰀推進」
    ー医薬品医療機器等法、健康・医療戦略推進法ー
    遺伝子治療製品􏰀過去・現在・未来

    http://www.nihs.go.jp/oshirasejoho/symposium/documents/H27_suraido_3.pdf
  • [WP]「gutenberg editor」のショートキー、カスタマイズに関する記事まとめ [2021/01/08]

    [WP]「gutenberg editor」のショートキー、カスタマイズに関する記事まとめ [2021/01/08]

    Gutenbergエディター

    Gutenbergエディタのショートキーは知っていないと損です。今日まで知りませんでした。WordPress の JP Teamがまとめていただいているページは必見です。

    GUTENBERG EDITO シートキー
    Mr. Harikiri : WordPress 5.0からGutenbergエディタは正式に採用されています。Gutenbergエディタの活用さるためには、ショートキーを知っていると便利です。例えば、H2のブロックを作るには、’##’スペースキーします。同様に’###’スペースキーは、H3のブロックを作れます。’>’スペースキーは、引用プロックを作れます。その他は、以下のリンクをどうぞ。

    https://ja.wordpress.org/team/handbook/block-editor/faq/

    WordPressのGutenbergでできるカスタマイズ・開発に役立つことをまとめてみる

    https://qiita.com/yumayamada1029/items/fe8e7f4c1409212d5f2c

    WordPress:Gutenbergで文字サイズと色設定(文字色・背景色)をカスタマイズする方法

    https://www.nxworld.net/wordpress/wp-gutenberg-custom-font-sizes-and-color-palette.html

    Gutenberg のためのテーマ対応

    https://tenman.info/labo/css/?p=9402

    ワードプレス投稿画面の横幅や背景色の変更から、moreタグや番号なしリストのボタンを追加する方法!

    https://tabibitojin.com/wordpress-gutenberg-width-color-toolbar/

    編集履歴

    2019/09/15 Mr. Harikiri、エディット,公開記事などの表示のカスタマイズに関する記事.cssについてまだ良くわかっていないので記事内容の理解がまだできていないが,今後参考になるはずの記事を備忘記録として残す.
    2021/01/08 追記 (ショートキー)
  • [rAAV-Edu] AAVベクターに関する「生物多様性影響評価書」の作成 – [2019/09/15]

    [rAAV-Edu] AAVベクターに関する「生物多様性影響評価書」の作成 – [2019/09/15]

    ID2177

    生物多様性影響評価書

    rAAVなどを用いた遺伝子治療による治験を予定している場合、当局申請のための生物多様性影響評価書の作成が必要である

    生物多様性影響評価書の記載内容は以下の通りである。

    • 自然界における分布
    • 歴史
    • 特性
    • 調製方法(作り方)
    • など

    参考文献

    カルタヘナ法の「第一種使用規程承認申請書」及び「生物多様性影響評価書」に関する作成ガイダンスの策定

    https://www.amed.go.jp/news/seika/kenkyu/20191127-02.html

    pmdaによる生物多様性影響評価書の作成ガイダンス

    https://www.pmda.go.jp/files/000221590.pdf

    カルタヘナ法

    https://www.biodic.go.jp/bch/cartagena/s_05.html

    生物多様性影響評価書の具体例

    AAV-hAADC-2 (自治医大) 生物多様性影響評価書

    https://www.amed.go.jp/news/seika/kenkyu/20191127-02.html

    ネットにあった生物多様性影響評価書の実例(AAV vector)

    https://www.mhlw.go.jp/shingi/2006/02/dl/s0201-5e2.pdf
  • [Bio-Edu] AAV およびrAAV vector について- 長所/短所、立体構造、分子量および血中半減期 及び他ベクターとの比較[2020/11/05]

    [Bio-Edu] AAV およびrAAV vector について- 長所/短所、立体構造、分子量および血中半減期 及び他ベクターとの比較[2020/11/05]

    はじめに

    遺伝子治療用に使用されるウイルスベクターには、AAVの他にLentivirus, Retrovirusがありますが、これらは、物理的な強度がAAVと比較して低いため精製での扱いに注意が必要です。例えば、Lentivirusは粒子サイズも大きく物理的な強度が高くありません。具体的には、pH6~8、<500mM NaCl, 低温(+4℃)で精製環境を整える必要があります。

    その点、AAVは、粒子サイズが低く、様々な条件でレジスタンスです。

    AAV

    AAVは一本鎖DNAのアデノウイルス科に属するウイルスで、アデノウイルスが存在する時だけ、増殖が可能である。

    AAV遺伝子はITR(inverted terminal repeat)と呼ばれる両末端にヘアピンのT型の配列があり、AAV自身の増殖と宿主細胞の染色体DNAへの組込み時に機能する。

    ITRで挟まれた配列には、左側には非構造蛋白質をコードスするRep領域、右側にはウイルス粒子を形成するカプシド蛋白質であるVP1, VP2及びVP3をコードするCap領域がある。

    宿主細胞の第 19 番染色体長腕の AAVS1 領域(19q13.3-qter)へ組み込まれるが、実験的には,AAVS1 領域と ITRの間を取り持つのが、 Rep(結合領域の両者に共通して存在する塩基配列 : GAGC 繰返し 配列)に,Rep78/Rep68 が結合することで、特異的に組み込まれる。

    参考

    コスモバイオ: tps://www.cosmobio.co.jp/support/technology/a/adeno-associated-virus-aav-apb.asp

    AAV を利用した遺伝子治療、小 澤 敬 也: http://jsv.umin.jp/journal/v57-1pdf/virus57-1_047-056.pdf

    AAVを遺伝子治療に活用

    PackGeen

    AAVの構成蛋白質と構造 (文献1)

    外殻蛋白質が60個でAAV粒子を構成しており、その比率はcap領域にコードされている蛋白質VP1, VP2及びVP3が1:1:10とある。そこから推察するに、(VP1+VP2+10(VP3))を1単位として、5単位あれば、60個の外殻蛋白質となり計算があう。

    すなわち、VP1 x 5, VP2 x 5, VP3 x 50で構成さそれていることになる。

    • [VP1+VP2+10(VP3)] x 5
    • VP1: 82kDa, VP2: 65kDa, VP3: 60kDa (文献2)
    • (82 + 65 + (10 x 60) ) x 5
    • 以上から、理論分子量は、3735kDa
    • 粒子分子量: 3,600kDa (文献2)
    • 遺伝子: 1,500kDa (文献2)

    2009年時点で、AAVの血清型,1,2 4,5および8で結晶構造が決定されており、6,9では部分的に決定されてる。現在2019では、ほとんどが決定されているはず。

    血中半減期 (文献1)

    AAV8, 9 (robust serotype)を用いたAAVベクターは、静脈内投与で高い効率で肝細胞、骨格筋細胞、心筋細胞に遺伝子を導入できる。AAV9の血中半減期は、半日。一方、高い遺伝子導入が可能なアデノウイルスは、血小板に吸着して血小板凝集体となり網内系での除去、肝クッパー細胞による除去などで、血中半減期は、2分程度である。

    • 血中半減期は、細胞への吸着、網内系除去に関わる
    • 必ずしも、血中半減期が遺伝子導入効率と相関しない
    • AAV9 : 半日
    • アデノウイルスベクター : 2分

    文献

    1. 急速に進化をつづけるアデノ随伴ウイルスベクター カスタムメイドベクターによる遺伝子治療の可能性: https://www.jstage.jst.go.jp/article/dds/24/6/24_6_582/_pdf
    2. https://www.wam.go.jp/wamappl/bb11GS20.nsf/0/9925e31f10c2c89d4925720a00083512/$FILE/shiryou3-1_5.pdf
    3. ア デ ノ 随 伴 ウ イ ル ス ベ ク タ ー と遺 伝 子 治 療 (1997): https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsv1958/47/2/47_2_221/_pdf

    長所

    • AAVは非病原性である(P1での取り扱いが可能)
    • 導入させる遺伝子は、長期に渡り発現されると考えられている
    • 色々な細胞に遺伝子を導入可能 (ただし血清型での違いあり)
    • AAVはパルボウイルス科に属し、物理的に安定 (pH3~9, 56℃ 1時間, 文献2)

    短所

    • ウイルス粒子(~22nmφ)は小さく、導入遺伝子の大きさが5kbp以内に制限される
    • 成人の過半数が中和抗体を有するため、成人での投与では導入効率が低い可能性がある(ある程度の産生される蛋白量が必要な疾患、例えば血友病などでは、中和抗体の存在濃度は治療効果に重要な因子であることから、中和抗体価のスクリーニング系の構築も重要であるとのこと)
    • ベクター作成は、発展途上段階であり技術は未成熟である

    インパクト

    • 血友病などの補充療法に使用する深部出血に対して予防効果が完全でない血液分画製剤や遺伝子組換え製剤は、近い将来凌駕され遺伝子治療法に置き換わる(BY はりきり(MR))

    文献

    1. https://nsmc.hosp.go.jp/Subject/26/juku/juku011files/cyoukou/mizukami.pdf
    2. https://www.wam.go.jp/wamappl/bb11GS20.nsf/0/9925e31f10c2c89d4925720a00083512/$FILE/shiryou3-1_5.pdf

    Vectorの比較

    表1.ウイルスとしての比較
    比較項目AdenovirusAAVLentivirus
    Infection efficiency
    (感染率)
    100%30~40%~30%
    Packaging Capacity
    (遺伝子量)
    7.6 kb4.0 kb8.5 kb
    Integrate with host genome
    (ゲノムへの取り込み)
    NoYesYes
    Pathogenic
    (病原性)
    YesNoYes
    Inflammatory response in vivo
    (炎症)
    HighLowLow
    SignaGen Laboratories home page
    表2. Adenovirusの優位性
    比較項目AdenovirusAAVLentivirus
    Infects many different human cell typesYesYesYes
    Infects both dividing and non-dividing cellsYesYesYes
    Non-integrating virusYesNoNo
    High level of protein expression (up to 10-20% total protein)YesNono
    Ability to accommodate long inserts (up to 8 kb)YesNoNo
    Easy to scale-up/amplifyYesNoNo
    Easy to get titers > 1e10 IFU/mLYesNoNo
    Easy to get a multiplicity of infection > 25 copies per cellYesNoNo
    SignaGen Laboratories home page
    編集履歴
    2019/09/15 Mr.はりきり
    2020/08/03 文言整備、アデノウイルス・ベクター関連記事の追加
    2020/10/05 追記 (Pall webinar, 2020/11/05)
  • [Cafe] FRANCY JEFFERS CAFE – サイクリングショップと併設 – ID2110 [2019/09/14]

    [Cafe] FRANCY JEFFERS CAFE – サイクリングショップと併設 – ID2110 [2019/09/14]

    FRANCY JEFFERS CAFE

    大阪は八尾にあるFRANCY JEFFERS CAFEに行ってきた。サンドウィッチランチブッフェ。¥1,000~¥1,200, 80分

    奈良との県境として生駒山があり、山を越えるための少し険しい峠があり、知っている人は車も走らせていて、普通車なら通れる道です。サイクリングされている方も多くいます。そのような拠点となるようで、サイクルショップと店内併設しているのが、FRANCY JEFFERS CAFEです。

    その峠を登り頂上を超えて少し下っていくと南北に走る道に出ます、南に向かえば、朝護孫子寺まで続くスーバー林道(?)は、気持ち良くドライブができます。(* スーパー林道の定義が今ひとつわかって言いませんが、僕はそう読んでいます。朝護孫子寺は毘沙門天を祀っていて、首を振る大きな張子の虎は有名1)

    編集履歴

    2019/09/14, Mr. Harikiri

  • [Gear] 無くすと思えるものは必ず無くす。曰くマーフィー

    [Gear] 無くすと思えるものは必ず無くす。曰くマーフィー

    カナルのみのブルートゥースイヤフォンはファッショナブルだが、無くすだろうなと思っていた。やがて、片方がホームの線路に落ちていった(完)。

  • [Gear] iPad初代の再生音は歴代最も迫力があった。その理由は、画面全体が振動しており、これで得られる音の発生源の面積の大きさに関係? – ID2056

    [Gear] iPad初代の再生音は歴代最も迫力があった。その理由は、画面全体が振動しており、これで得られる音の発生源の面積の大きさに関係? – ID2056

    iPad(初代)

    iPad(初代)の再生音は歴代最も迫力があった。その理由は、スピーカーは1つ、特に唯一画面全体が違いがわかるわどに再生音が共鳴し振動しているためだろう。これは、狙った設計ではないだろうが。

    iPad Pro 10.5の再生音が、iPad Pro 11より再生音に迫力がある。スピーカーは4つ、その理由は、iPad Pro 10.5の方の厚みがあるため、スピーカー以外の音の振動に影響しているためだろう。図体がどんどん小さくなって行くことで、音がこじんまりしていくのは、如何ともしがたいのだろう。携帯電話の音が悪いように。

    (追記 2018/09/16)

    iPad(初代)は、まだ、メディアプレーヤーとしては使用可能だ。iOSの最新バージョン5.11とメディアプレーヤーソフトのPlex最新バージョンで動画再生はできた。ただ、iTunesのようなMusic再生は、Plexがシャットダウンしてしまう。

  • [Gear] iPad Pro 10.5は、もう2年使い込んだ。同時に使用を開始したスマートキーボードも接触が不良になったが、アツプルペンシルはまだ使える。- ID2048

    [Gear] iPad Pro 10.5は、もう2年使い込んだ。同時に使用を開始したスマートキーボードも接触が不良になったが、アツプルペンシルはまだ使える。- ID2048

    スマートキーボード初代は不良品

    スマートキーボード初代は、3枚折タイプだが、経年使用による折りたたみをちょうど2年間の繰り返しの結果、その3枚折(君)は、正に「ふにゃふにゃ」になってしまった。それはまだ使用できれば良いのだが、実は、接触が不良になってきている。スマートキーボードを認識するのは、もう20回に1回になり、更に悪化する傾向にある。Apple wireless Keyboardの使用を考えている。

    ネットで調べてみると同じ症状が起こっていることがわかった。iOSのアップデートに起因しているようだ。2年位内であればね無償で交換(Appleも非を認めているらしい)してくれたらしいので、期待して心斎橋のAppleに行ったが、iOSのアップデートを数ヶ月放っておいたせいもあり、ギリギリ2年を超えていたことで、故障扱いにされて交換はなかった。ヒドイ;;)。

    Apple keyboardを有効活用できるので許す!

  • [Cafe] 東大阪・高井田にあるTEA SWEETの店「ルジャンドル」で、朝は「スペシャルモーニング」,昼食は「特製ビーフカレー」

    [Cafe] 東大阪・高井田にあるTEA SWEETの店「ルジャンドル」で、朝は「スペシャルモーニング」,昼食は「特製ビーフカレー」

    ルジャンドル

    東大阪の長田にある車で行ける「ルジャンドル」1Fには洋菓子店、2FにはCafeが併設されています。ここでは、軽食もいただけるのでよく利用しています。この辺りでは数店を店舗展開していて、地域の競合店として、「シャノワール」という洋菓子店もありますが、軽食は提供されません。

    店舗とモーニング

    東大阪、長田にあります。中央大通り沿いです。

    2024/01/25, スペシャルモーニング

    平日でも待ち客もおられて盛況でした.モーニングは11:30まで頂けます.

    2021/06/01, スペシャルモーニング

    軽食

    2019/09/13,軽食

    1008円。先ず、サラダ、特製ビーフカレー、ホットコーヒー、デザート。デザートは結構なボリュームですよ。ご馳走さまでした。

    編集履歴

    2019/09/13, Mr.HARIKIRI (軽食)
    2021/06/01,追記(スペシャル・モーニング)
    2022/11/15,地図(プラグインからGoogleMapコードに変更)