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  • [用語] genome : 染色体

    [用語] genome : 染色体

    genome : 染色体は、gene (遺伝子)とchromosome (染色体)から作られた合成語。「染色体」は、X (エックス)の形をしています。ヒトの場合染色体は、46本あります。その中には「Y染色体」、「X染色体」と呼ばれる製染色体が含まれます。因みにY染色体は、男性にしなない染色体ですが、46本の染色体の中で最も小さい染色体です。余談ですが、現在進行形であり長い年月の間にY染色体はやがて無くなる運命であるという研究報告もあります。

    染色体には、遺伝子の部分と遺伝子でない部分(遺伝情報を持たない)が含まれています。

    「DNA」分子は、細長い糸状の基本構造をしています。ヒトなどの核生物の場合、DNAは非常に長いので、絡まないようにするために「ヒストン : Histone」というタンパク質を駒にして巻かれてコンパクトになっています。この構造体の名前を「ヌクレオソーム」と言います。ヌクレオソームは更に折り畳まれて「染色質」という太くなった繊維状の構造になっています。

    細胞分裂する時に限って、更に凝集して「染色体」というX (エックス)の形に変化します。X (エックス)の形は、2本の「染色分体 : chromatid」が接している部分で「セントメア」と言います。

    ゲノムとは – 中外製薬 –

    https://www.chugai-pharm.co.jp/ptn/bio/genome/genomep09.html

    編集履歴

    2020/01/22, Mr. Harikiri
    2021/12/06,詳細追記

  • [遺伝子治療] アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターによる遺伝子治療薬 – 学者の承認済み/間近/臨床試験中 – ID1124 [2020/07/17]

    [遺伝子治療] アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターによる遺伝子治療薬 – 学者の承認済み/間近/臨床試験中 – ID1124 [2020/07/17]

    AAVベクターによる遺伝子治療

    2020/7現在、承認及び間近の品目

    • Zolgensma (骨髄性筋萎縮症; Spinal Muscular Atrophy; SMA), Novartis-AveXis
    • Valrox (血友病A; Hemophilia A), BioMarin
      • 昆虫細胞を使用

    2020/6現在、臨床中

    • SPK-8011 (血友病A; Hemophilia A), Roche-Spark
    • SB-525 (血友病A; Hemophilia A), Pfizer-Sangamo Therapeutics連携 (2017/05~)sourceしていたが、現在は、Pfizerに引き継がれているsource
      • 昆虫細胞を使用
    • AMT-061, UniQure(血友病B; Hemophilia B)
      • 昆虫細胞を使用

    2003年の文献。

    http://jsv.umin.jp/journal/v53-2pdf/virus53-2_163-170.pdf

    編集履歴
    2020/01/22 Mr.HARIKIRI
  • [Bio-Edu] IgGの精製はProtein Aに対する親和性を利用する – 溶出バッファは何を使う? – ID7074 [2021/02/04]

    [Bio-Edu] IgGの精製はProtein Aに対する親和性を利用する – 溶出バッファは何を使う? – ID7074 [2021/02/04]

    IgGの精製

    IgGという蛋白質は、Protein Aという蛋白質に対して強い結合親和性を持っている。この原理を利用してIgGを特異的に吸着させて集めることを専門用語でキャプチャリングという。

    ヒトの皮膚などに常在しているStaphylococcus aureus(黄色ブドウ球菌、以下S. aureus)の細胞表面から得られた蛋白質

    IgGの構造は、FabとFc領域の2つに大きく分けることが出来る。Protein Aは、そのFc領域に対して強い親和性を持っている。

    その理由は、IgGのFabは、免疫における細菌などを殺すための刃物のようなものであり、その向きを自分に向けさせないことで、自分を守るためと考えられる。

    Streptococcus(レンサ球菌)の細胞表面蛋白質もprotein Aと同様に抗体に結合するProtein Gという蛋白質が知られている。Protein Aと結合特性がことなることから、これら2つは、IgGのサブクラスに応じてつか分けられる。

    生化夜話 第31回:主語と目的語が逆でした – protein A

    https://www.gelifesciences.co.jp/newsletter/biodirect_mail/chem_story/111.html

    溶出バッファの種類は?

    タンパク質の溶解性については、acetic acid (酢酸)が高いことは知られているところです。pHに関して、acetic acidのpHは3~ですが、citric Acid (クエン酸)は、pH2程度と低くなります。

    伝導度に関して、acetic acidは、citric acidと比較して分子量が低いため、同じモル数でも低い伝導度になります。抗体は一般的に塩による伝導度が高いと疎水性が高まり凝集しやすくなります。以上の前提で、以下の参考文献を読み解きましょう。

    本文献では、10mM~100mMのcitric acidとacetic acidの濃度で溶出させて、そのプールした溶出画分のpHや回収される液量および溶出パターンを比較しています。一点気になっているのは、citric acidのpHが3としている点です。通常はpH2程度のはずなので疑問です。

    citric acidの溶出パターンは、ブロードになっているのが確認できます。この理由は、前述の前提から推測できす。citric acidは凝集しやすくなることが影響していると思われます。

    Citric acid or acetic acid?

    Understanding the impact of elution buffer on mAb purification processes – Merck Millipore –

    https://www.merckmillipore.com/Web-NZ-Site/en_US/-/USD/ShowDocument-Pronet?id=201510.174

    その他の溶出バッファ?

    血液中のTransferinをAnti Transferin抗体カラムでbind/elutionする論文には、formic acid (ギ酸)が使われています。Protein Aと抗体の結合力は、抗原抗体に匹敵するためProteinAの溶出バッファとして使用可能と思われます。

    蟻酸は、酢酸を少し単純化した構造ですwikipedia

    ギ酸

    学式CH2O2
    モル質量46.025 g mol−1
    示性式HCOOH
    出典 : wikipedia

    酢酸

    化学式C2H4O2
    モル質量60.05 g mol−1
    示性式CH3COOH
    出典 : wikipedia

    Chromatographic Monoliths for High-Throughput Immunoaffinity Isolation of Transferrin from Human Plasma (2016)

    https://hrcak.srce.hr/file/244999

    編集履歴

    2020/01/22 Mr.Harikiri
    2021/02/04 追記 (溶出バッファとしてcitric acidとacetic acidの比較)
  • [WordPress] 親テーマを変更せずテーマをカスタマイズ – 子テーマを作り変更したを加える – 手始めは、content.phpの編集

    [WordPress] 親テーマを変更せずテーマをカスタマイズ – 子テーマを作り変更したを加える – 手始めは、content.phpの編集

    親テーマと子テーマ

    いつまで続くか分からない当サイトの構築ですが、プラグインやphpファイルの変更など、他のblogerさんの記事を参考にさせてもらっていいます。

    今回は、WordPressテーマ: Twenty Twentyを親テーマとして子テーマを作りました。

    テーマの編集

    作った子テーマが有効になっていれば、「テーマの編集」画面の右上にある「編集するテーマを選択」にその子テーマのリストが出てきます。図1のように、twentytwenty_child (この名前は、実質的にフォルダ名)があるので、このテーマが有効化していれば、表示されます。以下、図1の説明です。

    style.cssの編集

    表示の体裁を変更する場合は、style.cssのコードの変更、コードの追加が必要です。以下のコードは、当サイトの目次の体裁を定義したものです。

    /** 見出し
    */
    /* h2
    #contentを付けると左端に表示されるのが、幅に従った左端に改善できる
    */
    
    h1,
    .heading-size-1 {
    	font-size: 3.2rem;
    /*	font-weight: 800;
    	line-height: 1.138888889;
    */
    }
    
    h2 {
    	font-weight:600;
    	font-size:3.0rem;
    	color: #fff;
      background: #2a49a8;
      padding: 15px 30px;
    }
    h3 {
    	font-weight:500;
    	font-size:2.8rem;
    	/* 見出しの飾り */
      padding: 0.25em 0.5em;
      color: #2a49a8;
      background: transparent;
      border-left: solid 50px #2a49a8;
    }
    h4 {
    	font-weight:500;
    	font-size:2.6rem;
    /* 見出しの飾り */
    	border-bottom: solid 3px black;
    	
    }
    h5 {
    	font-weight:500;
    	font-size:2.4rem;
    /* 見出しの飾り */
    	/* border-bottom: solid 3px black; */
    	
    }
    
    h6 {
    	font-weight:500;
    	font-size:2.2rem;
    /* 見出しの飾り */
    	/* border-bottom: solid 3px black; */
    	
    }
    

    content.phpの編集

    表示の構造自体を変更する場合は、content.phpのコードの変更、コードの追加が必要です。

    content.phpが、WordPressにおける投稿や固定ページの表示を行っているメインのphpプログラムです。図1の例では、content(org).phpやcontent([番号])が、確認できると思います。

    これは、プログラミングに際し、僕が格闘した結果の残骸です。捨てられずに残しています。content(org).phpは、オリジナルファイルです。元に戻す場合は、このファイルをcontent.phpに名前を変更したして置き替えます。

    基本的に、子テーマでのこれらの修正は、親テーマの上書きになっているようです。

    ファイルの複製や名前の変更は、WordPressからはできません。端末ソフトを使ってサーバーに入り、コマンドにより名前を変更したり、複製したりする必要があります。

    当サイトでは、自宅のSynology NASにWordPressを導入しているので、Synology NASにログインして、DiskStation Managerのもとで、名前の変更、複製をします。その後、WordPressにログインして、「テーマの編集」画面に入れり、該当するするphpファイルのプログラムの内容を修正・追加していきます。

    修正した後は、左下にある更新ボタンで修正内容を保存します。その結果は、直ぐにblogに反映されるので、サイトをSafariやChromeで表示して確認します。

    このcontent.phpでのコードのミスは、即座に表示を崩していまうことを意味しますが、以下に記述したように元のコードに戻したり、追加したコードを削除して元に戻せば表示も元に戻ります。

    画面が崩しれたりした場合、「テーマの編集」画面から、Ctrl + zにより元に戻して、更新ボタンを押せば、元に戻ります。

    WP テーマ編集
    図1. content.phpの編集
    content.phpの編集と言っても、使用しているThemeごとに異なります。当サイトでは、WorpPress version 5以降で公式テーマになっているTwenty Twentyを使っています。標準のcontent.phpでは、表示のが味気ないので、coverタイプ (content-cover.php)をcontent.phpに置き換えています。同じTwenty Twentyのcontentではが、コードを確認してみるとだいぶ作りが異なっていました。

    functions.phpの編集

    オートセーブとリビジョン機能

    親テーマでは、標準で有効となっている編集時のオートセーブ機能とリビジョン機能ですが、子テーマの「functions.php」にコードを追加することで、無効化することが可能です。以下のリンクをご参照ください。

    macoblogさんより

    https://macoblog.com/wp-writing-autosave/

    まとめ

    親テーマと子テーマの関係性が、まだよくわかっていません。

    • 親テーマと子テーマは、themeフォルダに別フォルダで保管される。
      • 今回の場合、元からあった親テーマである「twentytwenty」と今回作ったフォルダとしての子テーマ「twentytwenty_child」を作りました
    • 編集するfunctions.phpやhead.phpなどのファイルを、親テーマからコピペしておく。
      • 同じ定義のものは、親テーマで定義されるので、小テーマでは削除します。ほとんどが削除されたになります。
    • 親テーマと子テーマの関わりをfunctions.phpに記載とておく。
      • 小テーマが使われるように定義 : 参照
    • 子テーマにない定義、値など
      • 親テーマの定義、値などを小テーマが引き継ぐ
    編集情報
    ID 7726
    2020/01/21 Mr.はりきり
    2020/07/23 追記(concent.phpの編集)

    以上

  • [WordPress] プラグイン: GT3 Photo とTooltips は相性が悪い – [2020/01/21]

    [WordPress] プラグイン: GT3 Photo とTooltips は相性が悪い – [2020/01/21]

    プラグインの相性

    GT3 Photo GalleryはGutenberg editorで使用できるGallery pluginです。

    Tooltipsは、日本語と英語の混在でも、単語を適切にサーチして吹き出し化できるpluginです。

    Tooltipsを有効にしてある場合、GT3 Photoで20-30個の写真を投稿に入れると、管理画面からの保存も読み込みも著しくその速度は低下します。Tooltipsを無効にすると快適な速度に戻りました(2020/01現在)。

    2020/04現在は、AMPプラグインによりAMP対応にしました。AMP下、GT3 Photoプラグインは、綺麗に見せることが売りのプラグインであったため、AMPのルールである、JavaScriptの複雑なコードを許さないことから、エラーするコードが多くありました。

    そこで、GT3 Photoプラグインは外すことにしました。Tooltipsプラグインは、使っていませんが、現在は、同様の機能であるEncyclopediaプラグインを導入しています(2020/04現在)。

    2021/01/02, AMP対応を更に進めるために、AMPプラグインが検査してAMPに非対応であるとリストされるプラグインを極力アンインストールしようと思い立ちました。まずは、Encyclopedia(せっかく、有償版を購入したが)をアンインストールすべく、これまでに登録したキーワードを、普通の投稿(post)に置き換える作業を進めています。完了すればEncyclopediaはアンインストールする予定です。

    改善策は、Encyclopediaを使用することにしました。

    • 日本語・英語の混在でもいずれのワード種でも吹き出しが可能
    • GT3 Photoとの相性は悪くない

    CM Tooltip Glossary、GlossaryおよびLuckyWP Glossary,は、いずれも、日本語・英語の混在下では、英ワードを認識できない場合があります。具体的には、「is word単語」の場合、wordを認識できません。英語は単語の間に空白があり、日本語には空白がないことが原因だと考えられます。

    編集履歴

    2020/01/21, Mr.Harikiri
    2021/01/02,追記(Encyclopediaをアンインストールすることに決めた)

  • [用語] DNA : Deoxyribonucleic acid

    [用語] DNA : Deoxyribonucleic acid

    DNA : Deoxyribonucleic acid デオキシリボ核酸 核酸の一種

  • [健康] 自己免疫疾患 – 「PAD4」という酵素 – ID7269 [2020/01/20]

    [健康] 自己免疫疾患 – 「PAD4」という酵素 – ID7269 [2020/01/20]

    PAD4

    自己免疫疾患において、関節リウマチの位置づけは小さくない。

    関節リウマチ患者の血清中に存在するケラチンやフィラグリンに対する自己抗体が、シトルリン化されたペプチドと反応することが明らかにされている。

    関節リウマチの発症に関与する主要組織適合系複合体[MHC II (HLA-DRB1*0401)]がシトルリン化されていないペプチドよりもシトルリン化されたペプチドと高い親和性を示す。これは免疫系がシトルリン化ペプチドに反応するそもそも備わった免疫系である。

    関節リウマチ患者ではPAD遺伝子の変異が高いことと正相関していることは、遺伝的要因、即ち、個人差が間接リウマチの罹患率に関わっている。

    keyword

    • 関節リウマチ
    • ケラチン
    • フィラグリン
    • シトルリン化
    • MHC II
    • PAD4

    参考文献(1)
    関節リウマチ原因タンパク質PAD4の構造生物学
    Volume 11, No.5 Pages 319 – 328
    2. 最近の研究から/FROM LATEST RESEARCH

    https://user.spring8.or.jp/sp8info/?p=2650
  • [Trip] 大阪から奈良、信貴山の「朝護孫子寺」に行く

    [Trip] 大阪から奈良、信貴山の「朝護孫子寺」に行く

    朝護孫子寺に行く

    朝護孫子寺は、毘沙門天を祀るお寺です。大きなはりこのトラも有名です。

    外環状線から八尾-十三峠(じゅうさんとうげ)に入り、峠を越えて奈良に入ります。登りの途中大阪平野を一望することができます。

    信貴山スカイライを下から直交して横切り、後は下っていけば、大きな道にでます。これを南に下って突き当たりを右に折れて、5分程度進みば「朝護孫子寺」の駐車場に着きます。1日¥500です。ここを通り過ぎて、500m程先にもお土産や近くの駐車場があります。信貴山観光ホテルへは、こちらの駐車場が近くて便利です。

    お正月の「おせち」は、毎年、逢乃里でお昼に頂きます。その後、朝護孫子寺でお払いです。(2020/01)

    蓬乃里

    朝護孫子寺の駐車場から蓬乃里(ほうのさと)に行く途中の橋では、バンジージャンプの施設があります。いちどどうですか。

    毎年、お節と思って頂く

    バンジージャンプ

    朝護孫子寺

  • [Synology] NASに装着した新品SSDが1年後にエラーを吐いた – 修復・復旧方法 – △[2020/05/03]

    [Synology] NASに装着した新品SSDが1年後にエラーを吐いた – 修復・復旧方法 – △[2020/05/03]

    ID7504

    SSDがエラーした

    1年前、DS918+にWD製SSDを2枚挿してWrite/Readのキャッシュ(cash)を構築していた。ほぼ1年後の昨日、2枚のうち1枚にエラーがあると、DSMから警告があった。

    ハードウェア的に故障と思ったが、調査の結果、SSDの「復旧」から元に戻すことができた。

    故障日2020/1/18

    SSDキャッシュの再構築

    1. 「ストレージマネージャ」を起動
    2. SSDキャッシュの劣化を確認
    3. 修復ボタンを押して、修復するSSDを選択する
    4. 修復が開始される
    5. SSDキャッシュが再構築されるまで、30~60分程度

    1年前に2枚のSSDを装着して、すぐに今回とは異なる方のSSDがエラーを吐いた。その時は、WDのサポートに連絡して無償交換(中古らしい)してもらっている。

    しかし、SSDの「復旧」ボタンは試しかは、覚えていないため、本当に故障だったのか不明だ。WDでもそのように返品されてくるSSDが多くあり、それを5年保証の代替として、クレーム先に送り返しているのであろう、と今更に申し訳なく思う。

    今回は、返品せずに済んだ。

    以下の記事は、WDのSSDをSynology DS918+に装着した時の内容と、SSDの返品に関するWDのサポート再生の様子をまとめたもの。

    編集履歴

    2020/05/03 文言と体裁整備

  • [ホテル] 大阪では最もスイートルームが高価という大阪人憧れの「ザ セント・レジス」、先ずは雰囲気を味わいにThe St. Regis Bar に行く! [2020/01/18]

    [ホテル] 大阪では最もスイートルームが高価という大阪人憧れの「ザ セント・レジス」、先ずは雰囲気を味わいにThe St. Regis Bar に行く! [2020/01/18]

    最寄駅

    大阪メトロ、心斎橋筋線、または、御堂筋線で下車して7番出口を出て地上に上がれば、セント・レジス・ホテル大阪 (ST. REGIS HOTEL OSAKA)の出入り口です。

    セント・レジス・ホテル

    ロビーといえば

    ホテルのロビーといえば、誰でも出入りできて待ち合わせにも利用されるものだと、考えていましたが、ST. REGIS HOTEL OSAKAには、なかなか入れません。

    予約

    今回、ザ・セント・レジス・バーを一休.comで予約して12Fのロビー、その奥にあるバーに行ってきました。コース(90分)は、¥6,000/人、最初にスパークリングワインをいただきました。¥8,000/人コースだと、シャンパンになります。飲み物はメニューからフリードリングです。途中、軽食が出されます。

    玄関

    地下鉄から地上にで、出入り口には、ベルポーイがいます、これが最初の関門です。自信を持って食事ですとこたえましょう。

    玄関

    1Fのドアを入ると、複数のホテルマンがいます。その奥にエレベーターがあり12Fに行きます。これが、2番目の関門です。「バーはどこですか」、「12Fへどうぞ」

    ロビー

    12Fは、ロビーです。ホテルマンがデスクに座っています。3番目の関門です。「バーはどこですか」、「奥へどうぞ」予約名なども聞かれます。奥に向かっていくと、突き当たりがザ・セント・レジス・バーの入り口になります。更に奥には、イタリアン・レントランがありました。

    https://www.marriott.co.jp/hotels/travel/osaxr-the-st-regis-osaka/

    ラウンジ

    席に通されます。

    まずは、スパークリングワインで乾杯して、その後、好きなカクテルを注文しました。

    食事は、最初にチーズ、ハム、サラミや野菜の「オードブル」、次に、隣のイタリアン・レストランで調理したという、「パスタ」、最後に、3種類のケーキを盛り合わせた「スウィーツ」でした。

    • Subtotal 18,000
    • Taxable Total 10% 18,000
    • Tax 10% 1,635
    • Net 10% 16,365
    • Item Tax 1,635

    フォト

    12F ロビー

    バー

    カクテル

    軽食

    庭園の夜

    まとめ

    一人8,000円で,大阪で最も高級と言われるセント・レジス・ホテルに足を踏み入れてきました.

    なかなか来れるものではないので,じっくり雰囲気を味わってきました.

    帰りは,もちろん電車で自宅まで–)

    編集履歴

    2020/01/18, はりきり(Mr)

    2022/07/01,文言修正