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  • [Cafe] STARBUCKS in 枚方 蔦屋書店 でblogメンテ [2020/11/21]

    [Cafe] STARBUCKS in 枚方 蔦屋書店 でblogメンテ [2020/11/21]

    STARBUCKS in枚方 蔦屋書店

    いつものコースです。昼食に中華の飲茶セット(本場台湾にもある、JIN DIN ROU: 京鼎樓、T-SITE 8F)、その後、3FのSTARBUCKSでホットコーヒーを買って、blogのメンテ。いつもの様に車で来ていますが、枚方区役所の裏にあるパーキングは、日祝を除き、終日700円のパーキングなのでゆっくりできます。

    編集情報
    2020/11/21 Mr.HARIKIRI
  • 気になる企業 ベクタービルダー /デザイン/受託/開発/GMP製造 [2020/11/21]

    気になる企業 ベクタービルダー /デザイン/受託/開発/GMP製造 [2020/11/21]

    VectorBuilder

    ベクタービルダー・ジャパンのサイトより。

    • 2015 foundingの受託会社です
    • カスタムDNAベクター/ウイルスベクターをO2O (Online to Offline)プラットフォームにより、サービスを提供する
    • ベクターは単なる研究試薬であと認識すると、研究者は多大な調製時間を費やしている。VectorBuilderは、この問題を肩代わりしてくれます。
    • その実績は、世界中の大学・企業の何万人の研究者に数十万種のサーヒズを提供し、多くの論文に引用されています。

    サイトでできること

    • ベクターデザイン
      • マイベクターをデザインする
      • デザイン・リクエストを送る
      • 遺伝子からベクターを検索する
      • ベクターの情報を取り出す
      • サービスプロポーザルを取り出す
    • 受託サービスの確認
      • 分子生物学サービス
        • ベクター構築
        • BAC編集
        • ライブラリー構築
        • 安定発現株の樹立
        • プラスミドDNAの精製
      • ウイルスハッケージング
        • レンチウイルスベクター
        • AAV
        • Adenovirus
        • MMLVレトロウイルスパッケージング
        • MSCVレトロウイルスパッケージング
        • バキュロウイルスパッケージング
      • COVID-19コロナウイルス研究資料
    • GMP製造
      • プロセス開発
      • 品質/安定性検査開発
      • GMPプラスミドDNA製造
      • ウイルス製造
      • GMP準拠製造施設
        • 下記参照
    • 解析ツール
      • シークエンスアラインメント
      • シークエンスドットプロット
      • shRNAターゲットデザイン
      • コドン最適化
      • GC含有率計算
      • DNA二時構造
      • DNA逆向き相補鎖
      • 塩基配列の翻訳

    ベクターデザインできる種類

    • 哺乳類
      • 遺伝子発現ベクター
      • 誘導型遺伝子発現ベクター(Tet型)
      • コンディショナル遺伝子発現ベクター(Cre-Lox型)
      • CAR (Chimeric Antigen Receptor)発現ベクター
      • ノンコーディングRNA発現ベクター
      • shRNAノックダウンベクター
      • CRISPR遺伝子編集ベクター
      • CRISPR遺伝子転写調節ベクター
    • エンハンサー/プロモーターテスト用ベクター
    • ゼブラフィッシュ遺伝子発現ベタクー
    • ゼブラフィッシュCRISPRベクター
    • ショウジョウバエトランスジェニック作製用ベクター
    • ショウジョウバエCRISPR遺伝子編集用ベクター
    • 植物遺伝子発現ベクター
    • 植物CRISPR遺伝子発現用ベクター
    • リコンビナントタンパク質発現ベクター
    • In Vitro転写ベクター

    GMP施設

    • 18,000 sq ft
    • 2020年後半には、32,000 sq ftが稼働
      • 製造スイート数 : 11 (独立エアーフロー、Grade B/Cの環境下にGrade A BSCを配置、BSL-2認証
      • Fill/Finish スイート : 2,000 sq ft, Grade Cの環境下 Grage Aインシュレーター配置
      • QC Lab : 7,500 sq ft
      • 製造プロセスと分析法開発 Lab : 6,500 sq ft
      • US, EU, Ph ChおよびPIC/SのGMP規制とガイドラインに適合した設計であり、臨床試験/商用生産が可能

    VectorBuilder

    https://www.vectorbuilder.jp

    編集履歴

    2020/11/21, Mr.Harikiri
  • 今日の英語 – post/after – 後 – ネイティブは結構、postも使う [2025/04/17]

    今日の英語 – post/after – 後 – ネイティブは結構、postも使う [2025/04/17]

    post/after

    いずれも後という意味ですが、名詞/前置詞の違いもあります

    1. post-tax loss of $3 million
    2. $3 million after tax loss
    訳 : 3ミリオンドル(は税金ロスの後の金額)


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    ChatGPT: 非常に良い観点です。「post」と「after」はどちらも「〜の後に」「〜以後」といった意味を持ちますが、語源・使い方・使われる場面に違いがあります。以下に、類似点と相違点を整理して解説します。


    ✅ 類似点(共通点)

    観点説明
    意味どちらも「〜の後(に/の)」という意味を持つ。時間的・順序的に後ろを指す。
    用法(基本)接頭語・前置詞・副詞的に使われることが多い。
    使用範囲日常会話からビジネス、学術、広告・映像業界まで幅広い領域で使われる。

    ✅ 相違点

    比較項目postafter
    語の種類接頭辞(prefix)として使うのが基本(例:post-production)前置詞、副詞、接続詞として単独で使える(例:after lunch)
    品詞の使い方単体では使わず、他の語にくっついて1語を形成単体で使え、柔軟に文法に組み込める
    フォーマル度ややフォーマル、専門用語的な響きカジュアルからフォーマルまで柔軟に使える
    使われる分野医療・法務・学術・ビジネス・広告など(例:postoperative, post-launch)日常会話・物語・時間表現など幅広い場面
    意味の精緻さ概念的に「ある出来事の影響下にある“以後の状態”」を強調単純に「時間的に後」を指すことが多い

    ✅ 使用事例比較

    用語使い方(例文)意味
    post-productionThe film is now in post-production.映画は現在ポストプロダクション段階にある。
    after productionAfter production, the team celebrated.製作が終わったあと、チームは祝った。
    post-pandemic societyWe must adapt to a post-pandemic society.パンデミック後の社会に適応しなければならない。
    after the pandemicLife changed after the pandemic.パンデミックの後、生活は変わった。
    post-war periodHe was born in the post-war period.彼は戦後に生まれた。
    after the warAfter the war, the country rebuilt.戦争の後、国は再建した。

    ※「post-」は抽象的・名詞化されやすく、「after」は具体的な時系列・状況描写に強い傾向があります。


    ✅ 補足:どちらを使うべき?

    状況推奨語
    専門的・フォーマルな名称、概念を示すpost-(例:postmarket surveillance, postoperative care)
    時間の流れや出来事の順序を柔らかく示すafter(例:after dinner, after the meeting)

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    テレビCMを作ってくれる会社さん:広告代理店(advertising agency)には,電通,博報堂,などがあるが,これらの会社が指揮して全体の業務が動いている.実際に動画編集や音楽編集する段階を,post production : ポストプロダクションという.従って,業務の流れとしての上流,即ち広告代理店の直下には広告の作成(撮影など)を実際に担当するproduction:プロダクションという種類の会社がある.


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    ChatGPT: 「post」は、広告・映像・音楽業界などで「制作後」や「後処理」の意味を含む用語として広く使われています。「post production(ポストプロダクション)」以外にも、「post」を含む表現がいくつか存在します。以下に代表的な例をいくつか紹介します:


    ✅ 映像・音楽・広告関連での「post」用語

    用語意味・用途説明
    post production映像・音楽の「後処理」撮影後の編集、音声調整、CG合成、カラーグレーディングなどを含む制作工程。
    post houseポストプロダクション専門会社映像編集、音響編集、CG合成などを専門とする会社(例:IMAGICAなど)。
    post supervisorポスプロ管理者ポストプロダクション工程全体を監督・管理する役職。スケジュールや予算管理などを行う。
    post audio音声の後処理音響効果(SE)、ナレーション挿入、ノイズ除去、ミックス作業など。
    post score映像のために後から作曲された音楽映像に合わせて作られるスコア(劇伴)。「original score」と対比されることも。

    ✅ 広義の「post〜」の例(業界問わず)

    用語意味・用途説明
    post-processing一般的な「後処理」デジタル写真やCGで、レンダリング後に色補正やエフェクト追加を行う処理。
    post-mortem事後検証プロジェクトや障害の終了後に、原因分析・振り返りを行う(ソフトウェア開発や事故調査でよく使用)。
    post-editing翻訳後の編集機械翻訳の後に人間が修正する作業。MTPE(Machine Translation Post Editing)とも。
    post-roll ad動画終了後に流れる広告YouTubeなどで、動画終了後に流れるタイプの広告。pre-roll, mid-rollに対する語。
    post-launch製品発売後の対応サービスやアプリリリース後の顧客サポート、バグ修正、評価対応などの工程。

    ✅ 補足:prefixとしての「post-」

    さらに広い意味では、「post-」は「〜の後の」という接頭辞として一般的に用いられます:

    • post-war(戦後)
    • post-pandemic(パンデミック後)
    • post-industrial(産業化後)

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    編集履歴

    2020/11/20 Mrはりきり
    2025/04/17 追記(post production) with AI

  • [WordPress] AMP対応化で、使用しているその他のプラグインによるエラーが出ないようにするために – プラグイン別 [2020/11/16]

    [WordPress] AMP対応化で、使用しているその他のプラグインによるエラーが出ないようにするために – プラグイン別 [2020/11/16]

    はじめに

    AMPプラグインをインストールしている場合、投稿/ページを公開/更新した際に、AMPの検証/再検証が行われます。サイト毎に使用されているプラグインがAMPに沿ったコードを作るわけでは無いため、AMPの仕様に沿わない場合があります。その結果として、「makeupエラー」や「スクリプトエラー」などがアラートされる訳です。これらのエラーは、AMPにおいてなるべく出なくすることが良いと考えます。そのエラーとなったコードを削除した場合にどうなるのかは、表示させたりしてその結果を確認しないと分かりません。

    • AMP (Accelerated Mobile Pages)はGoogleが提唱する高速化の仕様であり、以下のような制約が設定されている
    • JavaScript は使用禁止
    • CSS は head セクション内にインラインで 75,000 バイト(約 75KB) 以下
    • img タグは amp-img に置換
    • frameタグはamp-fameに置換
    • フォームや video、audio タグを利用するには専用のライブラリをロードしSSL 環境行う
    • すべての仕様に準拠する必要がある
    • AMP の詳しい仕組み

    以下の情報は、AMPプラグインを使用している前提で、その他のブラグインの使用として、エラーが出ないように工夫してきた、知識情報です。

    あるプラグインを使用する場合、使用していもエラーが出ないもの、使用すると前述のようなエラーが出るものなど、基本的にやってみないと分からないものばかりです。

    機能を充実したり、見栄えを良くしたりするために、色々なプラグインを使用することは、速度の制約となるという、トレードオフの関係にあります。その規律(ルール)となっているのが、AMPプラグインです。AMPプラグインは、速度の制約となるものをエラーとして知らせます。エラーとならない使い方、すなわち、機能の有効化/無効化が、AMPプラグインで設定が可能です。

    AMPエラーが出たとしても、そのプラグインを使用したい場合は、AMPページでの、そのプラグインの使用を無効化することで、AMPに非対応にできます。この最終手段により、そのプラグインを使用できます。

    以下は、そのプラグインを使用して、且つ、AMP対応にしたい使い方について、プラグイン別に示しました。

    基本的な設定方法

    • 使用したいプラグインを有効にして、目的のページに使用し、AMPページを更新する
    • AMPの検証済みURLを表示
      • 当該ページが赤フラグ(エラー)となっていれば、そのAMPページを表示させる
      • エラー(削除提案が出ている)について、削除のチェックをつけ、更新ボタンを押す
      • ページを表示して、表示状況を確認する
      • 問題があれば、削除提案のチェックは外す
      • 問題なければ、その後の操作は必要ない。その更新内容を受け入れることになる
    • エラーになった機能の削除を受けてれた場合は、そのプラグイでエラーとなっていた機能を削除したその操作は、今後のその他のAMPページでも自動的に採用されるので、同様のエラーとはならず、デフォルトで削除チェックが付いた状態で更新される。
    • 削除をチェックして更新した場合、その設定は、全てのAMPページに及ぶため、その他のAMPページは、「最新でない結果」というフラグが付く
    • 「最新でない結果」は、全て再検証する必要がある
      • AMPの検証済みURLを表示させ、オプションで表示数を100に設定する。
      • 最後のページを表示させて、全てをチェックして100ページを選択状態にした上で、再検証を選択し実行する。
      • 一つ前の100ページ分のリストに移動して、同様に、全てをチェックして100ページを選択状態にした上で、再検証を選択し実行する。
      • 以上を繰り返し、一つ前の100ページ分のリストを表示する番号として、最後の1までは実施せず、3番目で留めておく
      • その理由は、この再検証のタスクは、リアルタイムで実施されていないので、100ページの処理には、数十分かかるため、すでに完了したページが100ページ分のリストに表示される可能性があるため、複数回の無駄な再検証を避けるためである。

    WordPress プラグイン別

    現在は、以下、1つのプラグインのみです。

    Content of Table Plus

    • 目次の表示/非表示機能を使わない設定にする
    • AMPプラグインが提案するエラーが出る機能を削除設定で更新
    • 以後、新しいページに、以上の設定が自動的に採用される

    以上

    編集履歴
    2020/11/16 Mr.Harikiri
    2020/12/11、追記 (基本的な設定方法)
    2021/09/13,AMPの制限について追記
  • バイオロジクス-FAQ [2022/11/16]

    バイオロジクス-FAQ [2022/11/16]

    はじめに

    このFAQは、バイオロジクスについて初学者を対象にしています。バイオロジクスは、低分子医薬品と異なり、直接的な合成には関わらず、生物に合成させる技術、すなわち、遺伝子組換え技術の使用を基本としています。開発に要する費用は、低分子と比較して1桁高額です。世界の医薬品は、バイオロジクが売上のほとんどを占めています。低分子医薬品は無くなることはありませんが、バイオロジクスは、今後も遺伝子治療のように、モダリティを変えながら拡大していくことは誰も否定はしないでしょう。

    FAQ

    1. Refoldingとは何ですか?解説
    2. バイオロジクスにおけるイオン交換クロマトの意義とは?解説
    3. タンパク質の沈澱化による精製とは?解説
    4. タンパク質の精製を始める前に、そのタンパク質についてよく考える必要があるのですか?解説
    5. 核酸とは何ですか?解説
    6. タンパク質とは何ですか?解説
    7. タンパク質濃度はどうやって求めますか?解説
    8. タンパク質精製用のLab(実験室)について教えてください解説
    編集履歴
    2020/11/16 Harikiri(Mr)編集開始
    2021/02/13 追加 (イオン交換クロマトグラフィの原理)
    2021/04/20 追記 (Refoldingとは何ですか)
    2022/10/26 修正 (FAQプラグイン「Quick and Easy FAQs」を取りやめて、WordPress標準のFAQ機能を使用するこにした)
    2022/10/30 追記 (タンパク質濃度はどうやって求めますか?,Lab(実験室)の準備)
  • 今日の英語 – 世界は新型コロナウイルスの第2波にある – The world is experiencing a second coronavirus wave [2020/11/15]

    今日の英語 – 世界は新型コロナウイルスの第2波にある – The world is experiencing a second coronavirus wave [2020/11/15]

    is experiencing

    ~を経験中、真っ只中にあるイメージ。
    The world is experiencing a second coronavirus wave.
    世界は、コロナウイルスの第2波にある
  • [用語] Lentivirus; レンチウイルス – ウイルスベクター [2020/11/14]

    [用語] Lentivirus; レンチウイルス – ウイルスベクター [2020/11/14]

    レンチウイルス

    • 80~100nmのエンベロープウイルス
    • RNAウイルス
    • レトロウイルス属
    • レトロウイルスに特徴であるgag、pol、env遺伝子を持つ。たたじ、2つの調節遺伝子のtatとrevを持つ
    • 逆転写酵素とインテグラーゼをカプシド内に輸送する事がで、それらタンパク質は、RNAと結合する
    • 逆転写酵素は、ウイルスRNAからDNAを複製する
    • インテグラーゼは、複製されたDNAにLTRを付加し、宿主DNAにインテグレーションさせる
    • Tatは、転写中にトランスアクチベーターとして機能し、開始と伸長を促進させる。
    • Rev応答エレメントは転写後に作用し、mRNAスプライシングと細胞質への輸送を調節する
    • 類人猿、サル、キツネザル、マレーヒヨケザル、ウサギ、フェレット、牛、山羊、馬、猫、羊に生息が確認されている
    • 5つの血清型は、霊長類、羊および山羊、馬、飼い猫、および牛に対応
    • エイズを引き起こすヒト免疫不全ウイルス(HIV)である
    • DNAへのcDNAは、非分裂細胞に効率的に感染する可能性があるため、遺伝子送達の最も効率的な方法の1つです。[2] レンチウイルスは内因性(ERV)になり、そのゲノムを宿主の生殖細胞系列ゲノムに統合することができるため、ウイルスは今後、宿主の子孫に受け継がれます。

    レンチウイルス – Wikipedia –

    https://translate.google.co.jp/translate?hl=ja&sl=en&u=https://en.wikipedia.org/wiki/Lentivirus&prev=search&pto=aue
    編集履歴
    2020/11/14 Mr.Harikir
  • [用語] Poliovirus; ポリオウイルス – 腫瘍溶解性 [2021/02/06]

    [用語] Poliovirus; ポリオウイルス – 腫瘍溶解性 [2021/02/06]

    ポリオウイルス

    脳のグリア細胞に感染するウイルス。数%で弛緩性麻痺を引き起こす。

    • 直径30nm、RNAウイルス
    • 約7,500bpからなる1本鎖RNA(ssRNA)のブラス鎖ゲノム
    • プラス鎖RNAを鋳型としてマイナス鎖RNAが複製される
    • マイナス鎖RNAから多数のプラス鎖RNAが合成され、カプシドに封入され、娘ウイルス粒子が完成し、細胞外に放出される
    • エンベロープを持たない
    • カプシドタンパク質で、正20面体を構成
    • 感染は、受容体CD155を介する (脳のGlioma Cellに多い)
    • CD155に結合した後、エンドサイトーシスで細胞内に侵入し、細胞内でRNAが放出される
    • ウイルスRNAは、IRES(リボソーム進入領域)依存的に翻訳される
    • IRES : internal ribosome entry siteは、ポリオウイルスの740塩基あまりの5’-NCRのうち5つのstem-loop構造にまたがる400塩基程度の領域。
    • 弱毒株は、消化管では増殖し免疫誘導するが、神経毒素としては低い。その理由は、IRESの変化にあると言われている

    細胞溶解性を利用して

    脳の細胞に感染することを利用して、脳腫瘍の治療用ウイルスとして開発が行われている。

    • IRESをヒトライノウイルスに置き換えて、ポリオを起こさない組換えたポリオウイルスを作り、悪性脳腫瘍グリオブラストーマを溶解し殺す治療法の臨床試験が行われている

    悪性脳腫瘍(グリオブラストーマ)をポリオウイルスで治療する – Yahoo News, 2018/7/19, 西川伸一 | NPO法人オール・アバウト・サイエンスジャパン代表理事

    https://news.yahoo.co.jp/byline/nishikawashinichi/20180719-00089821/

    Poliovirus To Treat Brain Cancer: A Curious Chronology (2017)

    ポリオウイルスはグリア細胞のCD155抗原と親和性があり感染することができ。脳腫瘍の一種である「」の腫瘍細胞を溶解させて腫瘍の治療効果があり、臨床試験も行われている。

    https://dnascience.plos.org/2017/09/28/poliovirus-to-treat-brain-cancer-a-curious-chronology/

    ポリオウイルス – Wikipedia –

    https://ja.wikipedia.org/wiki/ポリオウイルス

    6. ポリオウイルスの標的組織特異性決定構造 – ウイルス 第54巻 第2号, pp.205-212, 2004 –

    IRESに関する記述がある。

    http://jsv.umin.jp/journal/v54-2pdf/virus54-2_205-212.pdf
    編集履歴
    2020/11/14 Mr.Harikir
  • 今日の英語 – most expensive ~ 高価であること [2020/10/14]

    今日の英語 – most expensive ~ 高価であること [2020/10/14]

    most expensive

    the most expensive model
    最も高価なモデル
    The $349 price tag (since reduced to $299) was hundreds of dollars more than the most expensive models from Amazon and Google..
    訳 : $349の表示価格は、AmazonとGoogleの最も高いモデルより更に100ドル以上(hundredsの複数形による訳)高価である。

    Apple HomePod Mini review: Remarkably big sound – Yahoo – 2020/11/12

    AppleのSmart Speakerについて、高価であることの記事より抜粋 – Harikiri(Mr)

    https://www.yahoo.com/finance/news/apple-homepod-mini-review-remarkably-140037586.html
    編集履歴
    2020/11/14 Harikiri(Mr)
  • 今日の英語 – side-by-side ~ – 横並びの意味 [2020/10/14]

    今日の英語 – side-by-side ~ – 横並びの意味 [2020/10/14]

    side-by-side

    side-by-side
    並びに、および、並行してのイメージ
    release testing and side-by-side extended characterization analysis.
    訳 : リリーステスト並びに拡張分析