DNA : Deoxyribonucleic acid デオキシリボ核酸 核酸の一種
ブログ
-
[健康] 自己免疫疾患 – 「PAD4」という酵素 – ID7269 [2020/01/20]
PAD4
自己免疫疾患において、関節リウマチの位置づけは小さくない。
関節リウマチ患者の血清中に存在するケラチンやフィラグリンに対する自己抗体が、シトルリン化されたペプチドと反応することが明らかにされている。
関節リウマチの発症に関与する主要組織適合系複合体[MHC II (HLA-DRB1*0401)]がシトルリン化されていないペプチドよりもシトルリン化されたペプチドと高い親和性を示す。これは免疫系がシトルリン化ペプチドに反応するそもそも備わった免疫系である。
関節リウマチ患者ではPAD遺伝子の変異が高いことと正相関していることは、遺伝的要因、即ち、個人差が間接リウマチの罹患率に関わっている。
keyword
- 関節リウマチ
- ケラチン
- フィラグリン
- シトルリン化
- MHC II
- PAD4
参考文献(1)
https://user.spring8.or.jp/sp8info/?p=2650
関節リウマチ原因タンパク質PAD4の構造生物学
Volume 11, No.5 Pages 319 – 328
2. 最近の研究から/FROM LATEST RESEARCH -
[Trip] 大阪から奈良、信貴山の「朝護孫子寺」に行く
朝護孫子寺に行く
朝護孫子寺は、毘沙門天を祀るお寺です。大きなはりこのトラも有名です。
外環状線から八尾-十三峠(じゅうさんとうげ)に入り、峠を越えて奈良に入ります。登りの途中大阪平野を一望することができます。
信貴山スカイライを下から直交して横切り、後は下っていけば、大きな道にでます。これを南に下って突き当たりを右に折れて、5分程度進みば「朝護孫子寺」の駐車場に着きます。1日¥500です。ここを通り過ぎて、500m程先にもお土産や近くの駐車場があります。信貴山観光ホテルへは、こちらの駐車場が近くて便利です。
お正月の「おせち」は、毎年、逢乃里でお昼に頂きます。その後、朝護孫子寺でお払いです。(2020/01)
蓬乃里
朝護孫子寺の駐車場から蓬乃里(ほうのさと)に行く途中の橋では、バンジージャンプの施設があります。いちどどうですか。
css-1 css-2 css-3 css-4 css-11 バンジージャンプを体験できます。 css-12 バンジージャンプを体験できます。 css-6 css-5 css-7 css-8 css-9 css-10 毎年、お節と思って頂く
css-food バンジージャンプ
css-11 バンジージャンプを体験できます。 css-12 バンジージャンプを体験できます。 朝護孫子寺
css-15 css-14 css-18 css-17 css-16 css-13 朝護孫子寺、毘沙門天 -
[ホテル] 大阪では最もスイートルームが高価という大阪人憧れの「ザ セント・レジス」、先ずは雰囲気を味わいにThe St. Regis Bar に行く! [2020/01/18]
最寄駅
大阪メトロ、心斎橋筋線、または、御堂筋線で下車して7番出口を出て地上に上がれば、セント・レジス・ホテル大阪 (ST. REGIS HOTEL OSAKA)の出入り口です。
セント・レジス・ホテル
ロビーといえば
ホテルのロビーといえば、誰でも出入りできて待ち合わせにも利用されるものだと、考えていましたが、ST. REGIS HOTEL OSAKAには、なかなか入れません。
予約
今回、ザ・セント・レジス・バーを一休.comで予約して12Fのロビー、その奥にあるバーに行ってきました。コース(90分)は、¥6,000/人、最初にスパークリングワインをいただきました。¥8,000/人コースだと、シャンパンになります。飲み物はメニューからフリードリングです。途中、軽食が出されます。
玄関
地下鉄から地上にで、出入り口には、ベルポーイがいます、これが最初の関門です。自信を持って食事ですとこたえましょう。
玄関
1Fのドアを入ると、複数のホテルマンがいます。その奥にエレベーターがあり12Fに行きます。これが、2番目の関門です。「バーはどこですか」、「12Fへどうぞ」
ロビー
12Fは、ロビーです。ホテルマンがデスクに座っています。3番目の関門です。「バーはどこですか」、「奥へどうぞ」予約名なども聞かれます。奥に向かっていくと、突き当たりがザ・セント・レジス・バーの入り口になります。更に奥には、イタリアン・レントランがありました。
https://www.marriott.co.jp/hotels/travel/osaxr-the-st-regis-osaka/
ラウンジ
席に通されます。
まずは、スパークリングワインで乾杯して、その後、好きなカクテルを注文しました。
食事は、最初にチーズ、ハム、サラミや野菜の「オードブル」、次に、隣のイタリアン・レストランで調理したという、「パスタ」、最後に、3種類のケーキを盛り合わせた「スウィーツ」でした。
- Subtotal 18,000
- Taxable Total 10% 18,000
- Tax 10% 1,635
- Net 10% 16,365
- Item Tax 1,635
フォト
12F ロビー
SRH-3 SRH-2 SRH-1 バー
SRH-4 SRH-5 SRH-6 カクテル
SRH-7 SRH-8 SRH-9 SRH-10 SRH-12 SRH-11 軽食
SRH-13 オードブルは、3人分です。 SRH-14 SRH-15 庭園の夜
SRH-17 SRH-16 SRH-17 まとめ
一人8,000円で,大阪で最も高級と言われるセント・レジス・ホテルに足を踏み入れてきました.
なかなか来れるものではないので,じっくり雰囲気を味わってきました.
帰りは,もちろん電車で自宅まで–)
編集履歴
2020/01/18, はりきり(Mr)
2022/07/01,文言修正
-
[健康] 高尿酸血症にフェブリクとコーヒー併用し利尿作用を高めて効果倍増を狙う- [2020/01/16]
ID7273
はじめに
尿酸の値が高いと、腎機能にも影響する。できるだけ適正値にすることで、腎機能への影響がないようにすることが重要です。フェブリクを投薬することで、尿酸を低く抑えることができますが、利尿剤などによる尿酸の排泄にも気を使うことも必要です。
腎機能
若い頃から血中の尿素窒素、尿酸、クレアチニンが少し高く、正常値の上限で推移していました。
50歳ごろに、尿酸値が8を超えたため、フェブキソスタッド(フェブリク)の服用をはじめました。
これまで5年間(2018年現在)、フェブリク20mg錠剤/日で、尿酸値は5程度に安定させることができていますが、それだけでは十分ではないと考えています。生活面での工夫も必要です。
生活面の工夫
血中クレアチニン(Cr)の値から理論的に腎機能の計算ができます。 僕の場合、慢性腎不全手前の計算結果です。
腎臓に負担をかけないように、フェブリクの服薬を始めて以来、以下の排尿量を上げる工夫をしています。
排尿量を上げることは、尿酸値の低減化に多少の寄与があると思っています。
ブラック・コーヒーを毎日飲むこと。
- コーヒーを最低でも朝、昼前、3時に1杯ずつ
- 夕方4時以降は睡眠に影響が出るらしいので、積極的には飲まないが、休日の前などには、スタパで飲むこともある
実際、2015年のアメリカの大規模研究では、高尿酸血漿になるリスクは、毎日6杯以上コーヒーを飲んでいると、リスクは、0.4倍とのことで、高尿酸血漿のリスクを下げることが期待できます1)。
それまで、コーヒーを生活の中で飲むことは滅多にありませんでした。実際にコーヒーを飲みだすと、その利尿作用を実感できました。
最初は、缶コーヒーで実践していましたが、当時の缶コーヒー製品には,糖分が多く含有しているものが多かったので、ソルブルコーヒーをブラックで飲むようにしました。苦くて美味しいとは思いませんでしたが、今では、コーヒーの苦さには、慣れてしまいました。
効用を考察する
水分摂取は重要です。血液の粘度が高く(ドロドロに)なると腎臓への負担が高まるため、腎臓の損傷が進むと考えられます。以下は、個人的な考えです。
- 血液の粘度が高いと、血圧があがるため腎臓の毛細血管を壊しやすくなると考えられます
- 尿量が少ないと、腎臓による血液のろ過による老廃物の排泄効率が低下する。そのため、その老廃物による腎臓に対する損傷が間接的に生じ安くなると考えています。
- 水での水分補給では、利尿作用が高くないため、腸への水分量が多くなり、下痢になり易くなるのでは無いかと考えています。僕の場合は、コーヒーを飲むようになってから、下痢症が改善しました。
まとめ
以上の考えから、生活に取り入れやすく簡単で継続可能な血液への水分補給として、コーヒーを飲むこと選択しました。コーヒーは、ブラックで飲む(飲める)ようにしました。余分な糖や脂質は、体に悪影響を及ぼしかねないためです。
以上
1) コーヒーは高尿酸血漿のリスクを下げる・・・
血液中の尿酸値と寿命 (2015)
http://www.hhk.jp/kenko-telservice/2015/0702-181713.php編集履歴
2020/02/25 文言整備
2020/05/07 追記 (関連記事)
2021/10/31,記載整備(タイトルと内容) -
[Bio-Edu] RNA とは – mRNAはタンパク質を作る直接的な設計図 – その他 rRNA, tRNA – ID7254 [2020/01/15]
主なRNAは3種類
- mRNA: messenger RNA
- rRNA: ribosomal RNA
- tRNA: transfer RNA
DNAには機能領域、すなわち遺伝子配列を持っており、それを鋳型としてmRANが作られます。
更にmRNAはタンパク質の鋳型となります。生体内での生物機能を果たすための最終形態である蛋白質をmRNAをもとにつくるということです。
- mRNAの構造 : 5’末端非翻訳領域 – 翻訳領域- 3’末端-ポリA
- 非翻訳領域は、翻訳効率に影響する
- 翻訳領域は、効率的翻訳を狙うにはコドンの最適化が必要
- 3’末端非翻訳領域は、安定性に影響する
mRNAが鋳型として使われる場所は、細胞内のリボソームという機関です。
リボソームはrebosomal RNA (rRNA)と呼ばれるRNAと蛋白質が結合した特殊な構造をしています。
リボソーム RNA (rRNA) 転写調節機構の存在が明らかになってきており,rRNA は細胞内外の状態に応答して転写され,結果としてリボソーム量および細胞のもつタンパク質合成能が調節されています。
このリボソームにmRNAが端から取り込まれて、3コドンごと読まれて、そのコドンに応じたアミノ酸をtRNAが運んできます。
mRNAが、その情報を最後までリボソームにより読まれれると、アミノ酸が繋がった蛋白質が完成します。リポソームは、小胞体 (Endplasmi reticulumn)、特に粗面小胞体に付着(それを粗面と称した)して存在しています。
tRNA 編集履歴
2020/01/15, Mr. Harikiri
2022/06/14, 文言整備ウィキペディア-転移RNA より
https://ja.wikipedia.org/wiki/転移RNAヤクルト研究所 – リボソームRNA (rRNA, ribosomal RNA))
https://institute.yakult.co.jp/dictionary/word_6697.php核小体・rDNA 構造とリボソーム RNA 転写 I―3 リボソーム RNA 遺伝子の転写調節, 2013
http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2014/06/85-10-05.pdf -
[Bio-Edu] 遺伝子 – 生体内におけるDNAからタンパク質の合成 ・基礎知識 – [2020/06/13]
ID2216
遺伝子
遺伝子組換え技術を知るには、遺伝子の知識が必要だ。基礎知識について以下記載した。
遺伝子からタンパク質まで
細胞核にはDNAがあり、その遺伝子が働く時、mRNAに変換されます。mRNAは、タンパク質の鋳型となってタクパク質が合成されます。
- 細胞
- 核 {染色体;
- chromosomes →
- (unpackaging) →
- Nucleosome structure (Histone + DNA; 構造を意味する = genome; 全遺伝子情報を意味する) →
- スプライシング (必要な遺伝子のみを取り出す工程) →
- gene (遺伝子) →
- DNA(と呼び変える) →
- (RNA polymerase, by Transcription )→
- mRNA} → (核からmRNAが飛び出る)
- mRNA →
- 細胞質
- 細胞質 {mRNA →
- Ribosome (tRNAとAmino Acid, rRNA(ribosomal RNA), RibosomeはERに付着している )でタンパク質合成, by Translation ) →
- protein →
- ER; 小胞体 (folding, glycosylation ) →
- Golgi body (de-mannosylation, fucosylation, galactosylation and sialylation) }
遺伝子 (gene)はDNAであり、それを鋳型として転写酵素 (RNA polymerase)によりmRNAが合成される。RNAの場合は、構成ヌクレオチドは、DNAの場合の 「T」が、「U」に置き換わる。
構成物質
以下の示すヌクレオチドは、A(or U)はT、GはCと結合します。この相補性が鋳型となる基本機能となって働いています。
DNAを構成するプリン塩基、即ちヌクレオチドは4種類
- A アデニン
- T チミン
- G グアニン
- C シトシン
mRNAを構成するプリン塩基も4種類(AがUに替わる)
- U ウラシル
- T チミン
- G グアニン
- C シトシン
コドン
開始コドン
一般的にメチオニン(AUG)が開始コドンである
終止コドン
対応するアミノ酸(とtRNA)が存在しないコドン。一般的に以下の3つがある。
- UAA(オーカー)
- UAG(アンバー)
- UGA(オパール)
翻訳の場所
細胞内にあるリボソームの中でmRNAからproteinへの翻訳が行われる。
細胞 (Cell) 希少なコドン
プリン塩基(U, T, G, C)の3の組み合わせでコドンが作られます。最も多い種類のコドンで同じアミノ酸を作れたり、1つのコドンでしかそのアミノ酸を作れなかったり、アミノ酸によって異なっています。プリン塩基はコドンの原材料、コドンは、アミノ酸の原材料です。原材料は、生体に依存しています。原材料が枯渇することもあります。
6種のコドンで作ることができるアミノ酸は、Arg, Leu, Ser, の3つです。この3種類のアミノ酸は、これらを作る原材料であるプリン塩基が枯渇しにくいと言えます。一方、生体には沢山必要としているとも言えます。
一方1種類のコドンでしか作ることができないアミノ酸は、Metです。Metの場合は、枯渇しやすい/少量でしか必要でない、と言えます。
残りのアミノ酸は、コドン種が2種類、3種類、4種類で作ることができます。
まとめると、1種類、2種類、3種類、4種類、および6種類のコドンでアミノ酸は作られます。
アミノ酸コドン
厳密には、(mRNAの)コドンがアミノ酸なのではなく、コドンがアミノ酸に変換されることを意味します。コドンに相補的に一致するtRNAがアミノ酸を結合して連れてきます。これがアミノ酸への変換です。
3文字記号 1文字記号 呼称 (link to wikipedia) コドン Ala A アラニン GCU、GCC、GCA、GCG Arg R アルギニン CGU、CGC、CGA、CGG、AGA、AGG Asn N アスパラギン AAU、AAC Asp D アスパラギン酸 GAU、GAC Cys C システイン UGU、UGC Gln Q グルタミン CAA、CAG Glu E グルタミン酸 GAA、GAG Gly G グリシン GGU、GGC、GGA、GGG His H ヒスチジン CAU、CAC Ile I イソロイシン AUU、AUC、AUA Leu L ロイシン UUA、UUG、CUU、CUC、CUA、CUG Lys K リシン AAA、AAG Met M メチオニン AUG Phe F フェニルアラニン UUU、UUC Pro P プロリン CCU、CCC、CCA、CCG Ser S セリン UCU、UCC、UCA、UCG、AGU、AGC Thr T トレオニン ACU、ACC、ACA、ACG Trp W トリプトファン UGG Tyr Y チロシン UAU、UAC Val V バリン GUU、GUC、GUA、GUG — 開始コドン AUG、(AUA)、(GUG) — 終止コドン UAG、UGA、UAA https://ja.wikipedia.org/wiki/コドン#コドンはmRNA上にある 遺伝情報の発現、転写と翻訳 ~ 転写 > なぜ直接DNAから蛋白質を作らないのか?
https://www.nig.ac.jp/museum/genetic/03_c.htmlコドン – ウィキペディア より
https://ja.wikipedia.org/wiki/コドンリボソーム - ウィキペディア
https://ja.wikipedia.org/wiki/リボソームDNAからタンパク質に変換
以下の動画は、染色体のDNAがmRNAに変換され、細胞質にあるRibosomeというタンパク質でできた装置とtRNAによりタンパク質が合成される様をわかりやすく3D動画で説明されています。
YouTubeより 編集履歴 2020/01/13 はりきり(Mr) 2020/06/13 追記(希少なコドン) 2021/10/30 文言整備
- 細胞
-
[WordPress] 用語の説明を吹き出しする「Glossary / Tooltip 」プラグインを導入すべきか [2020/04/20]
ID7146
はじめに
blog記事の中で、一般的でない用語について説明した方が読者にとっていいはずです。しかし、読みづらくなるのは本末転倒。手頃なプラグインはあるでしょうか?
WordPressの投稿にGlossaryまたはTooltipsはあった方がいい
説明したい用語について、末尾に説明しておき、投稿内でアンカーを貼るのもいい。しかし、記事を読んでいる途中で用語の意味を知りたくてジャンプしてしまうと読書性が低下する。
それなら、吹き出し式のGlossaryかTooltipsではどうかと考えた。吹き出しなら本文を読みながら、必要な用語の意味を確認が可能であり、今回の目的にマッチする。
日本語環境で使えるものは?
4つをテストしてみた。WordPress TooltipsとEncyclopediaが、日本語環境でも使えそうです。
- CM Tooltip Glossary : 英語と日本語が混じっている場合、その間に空白がないと英単語を抽出できない
- Glossary : 同上
- WordPress Tooltips : 英語日本語混じりでも、登録した単語を正確にTooltipしてくれる
- Encyclopedia : WordPress Tooltipsと同等の機能を持ってる(ドイツ製)。
Text Hover
ワードを登録する形式である。エディタに一括入力する(ex. WP => wordpress)
Tooltip CK
ワードを登録する形式ではない。
CM Tooltip Glossary
ワードを登録する形式である
Glossary
WordPress Tooltips
ワードを登録する形式である
Enclyclopedia
ワードを登録する形式である
2020/02/23
結局、Encyclopedia(有料版)を導入することにした。iPhone/iPadを使っていて、Pageにジャンプせず吹き出し表示が可能だったこと、日本語/英語まじり可能なこと、などが決め手になった。
2020/04/20
「amp」を登録すると「Sample」が「Sample」となってしまう。この場合、設定を以下のようにすることで、完全な単語にマッチさせることで回避できる。
Complete words ☑️
総評
GlossaryやTooltipsのPluginは、最も古いもので11年前のものが確認できた。3~5年のGlossary Pluginは結構ごろごろあり、忘れ去れている感じだ。
最近でもUpdateしていてメンテナンスされているものは、5個程度である。
それでは、なぜ、忘れ去られたものが多数あり、最近のももは少ないのか。全てのGlossary Pluginは、Getenbergエディターには対応していない。旧エディター(Classic)で編集するようになっている。
GlossaryのWordPress上での原理を考えてみた。投稿を保存する前に、その記事からワードを拾い出し、Glossaryに登録してあれば、リンクや吹き出しコードを付加してから、保存される。
AMP対応
2020/04/20
これらコードは、JavaScriptが用いられているため、ページをAMPに対応して以来、これらのプラグインが正常に動作しなくなりました。
AMPは、基本的にJavaScriptを許さない。その代わりにAMP版のJavaScriptのサブセットが開発されており、AMPに対応するためには、そのルールに従った前処理が必要です。AMP対応、且つ,吹き出しの機能の付加は、ちょっとハードルが高そうです。現在のところAMPに対応している「吹き出し」プラグインはありません。
-
[健康] タンパク質を摂取して、最終産物である「尿素」ができるまで – ID7105 [2020/01/13]
尿素は、余分なタンパク質の最後の姿
摂取したタンパク質は、アミノ酸に分解されます。余分なアミノ酸は、最終的に尿素になり、尿として体外に排泄されます。よって、尿素の量は、タンパク質の摂取状態により、変動することになります。
尿素の分子量
- 約60
尿素 – KEGG –
https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?dr_ja:D00023尿素の量
尿素の量は、直接措定できないため、間接的にその値を求めます。酵素分解法によって尿窒素の量を求め、尿素の値に変換する方法です。
タンパク質から尿素
- 蛋白質(食事) →
- (塩酸分解) →
- アミノ酸(に分解) →
- 腸から吸収 →
- 門脈(腸から肝臓までのホットライン) →
- 肝臓 →
- (超過アミノ酸は、アミノ酸骨格からアミノ基がアンモニアに変換) →
- アンモニア(グルタミン、アラニンの形で血中に滞留) →
- 肝臓 →
- アミノ基転移によりグルタミン酸 →
- アンモニアは能毒性があるので →
- 尿素に変換 →
- 腎臓でろ過 →
- 膀胱 →
- 尿として排泄
クレアチニン
クレアチニンは、尿以外からの排泄がないため、血中クレアチニン濃度は、腎機能の指標になっています。クレアチニンは、筋肉を動かすエネルギーを作るときに生成されます。アスリートは、クレアチニンを多く生成しています。女性より男性の基準値が高くなっているのは、筋肉量の違いが理由です。
分子量
クレアチニンの分子量(113 Da)は、尿素 (60 Da)より大きいため、腎臓での濾過効率は、尿素よりも低いと考えられます。
厳密には、腎臓での濾過する生体膜と濾過される物質との親和性(インタラクション)に影響されるため、正確なことは分かりません。しかし、濾過の原理の1つは篩(ふるい)の目と「こされる」対象物との単純な関係性が、最も大きな濾過要因と考えられるので、大きく外れた考え方ではないと思います。
- 約113 Da (ダルトン)
クレアチニン – KEGG –
https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?dr_ja:D03600基準値
以下の「eGFR計算機」のサイトに、クレアチニンの数値を入力すると、腎機能を数値として計算してくれます。
- 男性:0.65~1.09 mg/dL
- 女性:0.46~0.82 mg/dL
おしっこと採血から分かること – クレアチニン値がたかかったら
eGFR計算機
https://jin-lib.jp/pb/creatinine.html尿素回路
過剰のアミノ酸を分解する代謝回路、尿素回路または、オルチニン回路).過剰アミノ酸の窒素源はアンモニアに分解され、グルタミンとアラニンの形で体内で滞留し、肝臓で最終的に尿素に変換される。
http://www.sc.fukuoka-u.ac.jp/~bc1/Biochem/ureacycl.htm尿素窒素(BUN)とは、尿素の測定は直接的にできないので、尿素を特異的に分解できる酵素を添加して生じるアンモニアを測定することで、尿素を間接的に定量した値。
尿素窒素測定法森下 芳孝 1
https://webview.isho.jp/journal/detail/abs/10.11477/mf.1543906015蛋白質の摂り過ぎやエネルギー摂取不足→(BUN/Cr比)⤴︎
2.高窒素血症(老廃物の増加) ~食欲はありますか?~
http://www.twmu.ac.jp/NEP/mansei-gappei/gappeishou-kouchisso.htmlシスメックス 尿素窒素 – より
https://primary-care.sysmex.co.jp/speed-search/index.cgi?c=speed_search-2&pk=124血清尿素窒素(BUN)が少し高いと言われました – より
http://www.jrcla.or.jp/kensanohanashi/img/h30_07.pdf「慢性腎不全(CKD)だけどあんとドアを楽しむ人のブログ」より
http://utsubokun.hatenablog.com/entry/2019/12/28/192245「慢性腎不全(CKD)だけどあんとドアを楽しむ人のブログ」より
http://utsubokun.hatenablog.com/entry/2019/01/24/134710